太祖洪武三年夏四月，詔封皇子棣為燕王，太祖第四子也。
十一年冬十二月，定諸王宮城制式。太祖曰：「除燕王宮殿仍元舊，諸王府營造不得引以為式。」
二十三年春二月，命潁國公傅友德為將軍，聽燕王節制，征沙漠。初，燕王既之國，太祖欲諸王知軍旅，乃敕秦王、晉王、燕王督諸將分道北征。已而秦王、晉王師久不出，燕王率友德等北出，至迤都山，擒其將乃兒不花還。
二十五年夏四月丙子，皇太子薨。皇太孫生而額顱稍偏，性聰穎，善讀書，然仁柔少斷。太祖每令賦詩，多不喜。一日，令之屬對，大不稱旨；復以命燕王，語乃佳。太祖常有意易儲，劉三吾曰：「若然，置秦、晉二王何地？」太祖乃止。
二十八年，初，諸王封國時，太祖多擇名僧為傅，僧道衍知燕王當嗣大位，自言曰：「大王使臣得侍，奉一白帽與大王戴。」蓋白冠王，其文皇也。燕王遂乞道衍，得之。道衍至燕邸，薦鄞人袁珙相術。燕王使召之至，令使者與飲於酒肆。王服衛士服，偕衛士九人入肆沽。珙趨拜燕王前曰：「殿下何自輕如此？」燕王陽不省，曰：「吾輩皆護衛校士也。」珙不對。乃召入，詳叩之，珙稽首曰：「殿下異日太平天子也。」燕王恐人疑，乃佯以罪遣之。行至通州，既登舟，密召入邸。
三十一年閏五月，太祖崩，建文皇帝即位，遺詔止諸王入臨會葬。燕王入，將至淮安。齊泰言於帝，令人齎敕使還國，燕王不悅。
秋七月，帝命李景隆訊周王橚，逮至京，廢為庶人。燕王見周王被執，且齊泰、黃子澄用事，遂簡壯士為護衛，以勾逃軍為名，異人術士多就之。
冬十月，熒惑守心。四川岳池教諭程濟通術數，上書言：「北方兵起，期在明年。」朝議以濟妄言，召入，將殺之。濟曰：「陛下幸囚臣，至期無兵，殺臣未晚也。」乃囚濟於獄。
十一月，燕、齊有告變者，帝問黃子澄曰：「孰當先？」子澄曰：「燕王久稱病，日事練兵，且多置異人術士左右，此其機事已露，不可不急圖之。」復召齊泰問曰：「今欲圖燕，燕王素善用兵，北卒又勁，奈何？」泰對曰：「今北邊有寇警，以防邊為名，遣將戍開平，悉調燕藩護衛兵出塞，去其羽翼，乃可圖也。」從之。乃以工部侍郎張昺為北平左布政使，以謝貴為都指揮使，俾察燕王動靜，圖之。魏國公徐輝祖，燕王妃同產兄也，時以燕事密告之帝，大見信用，詔加太子太傅，與李景隆同掌六軍，協謀圖燕。
建文元年春正月，燕王遣長史葛誠入奏事，帝密問燕邸事，誠具以實告。遣誠還燕，使為內應，至則燕王察其色異，心疑之。
二月，燕王入覲，行皇道入，登陛不拜。監察御史曾鳳韶劾王不敬，帝曰：「至親勿問。」戶部侍卓敬密奏曰：「燕王智慮絕人，酷類先帝。夫北平者，強乾之地，金、元所由興也，宜徙封南昌以絕禍本。」帝覽奏，袖之。翼日曰：「燕王骨肉至親，何得及此。」敬曰：「隋文、楊廣非父子耶！」帝默然良久，曰：「卿休矣。」
三月，燕王還國，帝以都督耿瓛掌北平都司事，都御史景清署北平布政司參議，皆使覘燕邸事，尋皆召還。又遣官為採訪使，分巡天下。都御史暴昭採訪北平，具以燕邸事密聞於朝，請為之備。北平按察司僉事湯宗上變，告按察使陳瑛受燕金，有異謀，逮瑛安置廣西。遂敕都督宋忠率兵三萬，及燕府護衛精銳，俱選隸忠麾下，屯開平，名備邊。仍命都督耿瓛練兵於山海關，徐凱練兵於臨清，密敕張昺、謝貴嚴為之備。又召燕番騎指揮關童等入京師。燕王歸國即托疾，久之，遂稱篤。
夏四月，太祖小祥，燕王遣世子及其弟高煦、高燧入臨。或曰：「不宜偕往。」王曰：「令朝廷勿疑也。」及至京，齊泰請並留之。黃子澄曰：「不可。疑而備之，殆也，不若遣還。」世子兄弟，皆魏國公徐輝祖甥。輝祖察高煦有異志，密奏曰：「三甥中，獨高煦勇悍無賴，非但不忠，且叛父，他日必為大患。」帝以問輝祖弟增壽及駙馬王寧，皆庇之，乃悉遣歸國。高煦陰入輝祖廄，取其馬以行，輝祖使人追之，不及。初，世子入京，燕王大憂悔，暨歸，喜曰：「吾父子復得相聚，天贊我也。」已而燕兵起，高煦戮力為多。帝曰：「吾悔不用輝祖之言！」
六月，燕山護衛百戶倪諒上變，告燕官校於諒、周鐸等陰事，逮繫至京，皆僇之。有詔責燕王。王乃佯狂稱疾，走呼市中，奪酒食，語多妄亂，或臥土壤，彌日不甦。張昺、謝貴入問疾，王盛夏圍爐搖顫曰：「寒甚。」宮中亦杖而行。朝廷稍信之。長史葛誠密告昺、貴曰：「燕王本無恙，公等勿懈。」會燕王使其護衛百戶鄧庸詣闕奏事，齊泰請執訊之，具言王將舉兵狀。齊泰即發符遣使，往逮燕府官屬，密令謝貴、張昺圖燕，使約長史葛誠、指揮盧振為內應。以北平都指揮張信為燕王舊所信任，密敕之，使執燕王。信受命，憂甚，不敢言。母疑問之，信以告。母驚曰：「不可。吾故聞燕王當有天下。王者不死，非汝所能擒也。」信益憂未決。亡何，敕使趣之，信艴然曰：「何太甚也！」乃往燕邸請見，不得入，乘婦人車，逕至門求見。乃召入，拜於牀下。燕王佯為風疾，不能言。信曰：「殿下無爾也。有事，當以告臣。」燕王曰：「疾，非妄也。」信曰：「殿下不以情語臣，上擒王矣，當就執；如有意，勿諱臣。」燕王見其誠，下拜曰：「生我一家者子也！」乃召僧道衍至謀事。適暴風雨，簷瓦墮，燕王心惡之，色不懌。道衍以為祥。王謾罵：「和尚妄，烏得祥！」道衍曰：「殿下不聞乎？『飛龍在天，從以風雨』。瓦墜，天易黃屋耳！」王喜。有布政司吏奈亨、按察司吏李友直，密以疏草示燕王，因留匿邸中。燕王出其疏草，示護衛指揮張玉、朱能等曰：「此何為者？」遂令玉等帥壯士八百人入衛。貴等以在城七衛並屯田軍士圍王城，又以木柵斷端禮等門。未幾，削爵及逮官屬詔至。
秋七月，謝貴、張昺督諸衛士皆甲，圍府第，索所逮諸官屬，飛矢入府內。燕王與張玉、朱能等謀曰：「彼軍士滿城市，吾兵甚寡，奈何？」朱能曰：「先擒殺謝貴、張昺，餘無能為也。」燕王曰：「是當計取之。今奸臣遣使來逮官屬，依所坐名收之。即令來使召昺、貴付所逮者，貴、昺必來，來則擒之，一壯士力耳。」
壬申，王稱疾愈，御東殿，官僚入賀。燕王先伏壯士左右及端禮門內，遣人召貴、昺，不來。復遣官屬內官，以所就逮名往，乃至，衛士甚眾，及門，門者呵止之。貴、昺入，燕王曳杖坐，賜宴行酒，出瓜數器，曰：「適有進新瓜者，與卿等嘗之。」燕王自進片瓜，忽怒且詈曰：「今編戶齊民，兄弟宗族尚相恤，身為天子親屬，旦夕莫必其命。縣官待我如此，天下何事不可為乎？」擲瓜於地，護衛軍皆怒，前擒貴、昺，捽盧振、葛誠等下殿。王投杖起曰：「我何病，迫於若奸臣耳！」遂曳貴、昺等，皆斬之。貴、昺諸從人在外者尚未知，見貴、昺移時不出，各稍稍散去。圍王城將士聞貴、昺已被執，亦潰散。北平都指揮彭二聞變，急跨馬大呼市中，集兵千餘人，欲入端禮門，燕王遣健卒龐來興、丁勝格殺二，兵亦散。燕王乃命張玉等率兵乘夜出，攻奪九門，黎明，已克其八，唯西直門未下。王命指揮唐雲單騎往諭守者曰：「汝毋自苦！今朝廷已聽王自制一方矣，汝等亟下，後者誅。」眾聞言，皆散。乃下令安集軍民。三日，城中大定。都指揮使余瑱既與謝貴合謀不遂，乃走守居庸關，馬宣巷戰不勝，東走薊州。宋忠自開平率兵三萬至居庸關，不敢進，退保懷來。
癸酉，燕王誓師，以誅齊泰、黃子澄為名，去建文年號，仍稱洪武三十二年。署官屬，以張玉、朱能、丘福為都指揮僉事，擢李友直為布政司參議，拜卒金忠為燕紀善。金忠，浙江鄞縣人，精於卜。燕師將起，召忠卜之，以大吉告，遂署為紀善，命侍帷幄，用其謀策。時布政司參議郭資、按察司副使墨麟、都指揮同知李濬、陳恭等皆降。下令諭將士曰：「予太祖高皇帝之子，今為奸臣謀害。《祖訓》云：『朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側之惡。』用率爾將士誅之，罪人既得，法周公以輔成王，爾等其體予心。」乃上書曰：「皇考太祖高皇帝艱難百戰，定天下，成帝業，傳之萬世，封建諸子，鞏固宗社，為盤石計。奸臣齊泰、黃子澄包藏禍心，橚、榑、柏、桂、楩五弟，不數年間，並見削奪。柏尤可憫，闔室自焚。聖仁在上，胡寧忍此！蓋非陛下之心，實奸臣所為也。心尚未足，又以加臣。臣守藩於燕，二十餘年，寅畏小心，奉法循分。誠以君臣大分，骨肉至親，恒思加慎，為諸王先。而奸臣跋扈，加禍無辜。執臣奏事人，棰楚刺熱，備極苦毒，迫言臣謀不軌。遂分宋忠、謝貴、張昺等於北平城內外，甲馬騎突於街衢，鉦鼓喧鞠於遠邇，圍守臣府。已而護衛人執貴、昺，始知奸臣欺詐之謀。竊念臣於孝康皇帝，同父母兄弟也，今事陛下，如事天也。譬伐大樹，先剪附枝，親藩既滅，朝廷孤立，奸臣得志，社稷危矣。臣伏睹《祖訓》有云：『朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之。』臣謹俯伏俟命。」書奏，詔削燕王屬籍。甲戌，燕王以郭資守北平，出師次通州，指揮房勝以城降。張玉曰：「不先定薊州，將為後患。」時都督指揮馬宣嚴兵守薊州，燕王命玉帥兵往攻。玉使人諭之，不下。環城攻之，宣率眾出戰，敗，被執，罵不絕口，遂死之。指揮毛遂以薊州降。玉撫定薊州，乘夜趨遵化，戒將士止殺曰：「行師以得人心為本。」因簡勇士，以夜四鼓登城，開門而入，城中始覺。遵化衛指揮蔣玉、密雲衛指揮鄭亨，皆以城降。
甲申，燕兵攻懷來。時余瑱守居庸，簡練關卒，得數千人，將進攻北平。燕王曰：「居庸險隘，北平之咽喉，我得此，可無北顧憂，瑱若據此，是拊我背也。宜急取之，緩則增兵繕守，後難圖矣。」令指揮徐安、鍾祥等擊瑱，瑱且守且戰，援兵不至，乃棄關走懷來，依宋忠。燕王曰：「宋忠握兵懷來，必爭居庸，宜乘其未至，擊之。」諸將皆曰：「彼眾我寡，難以爭鋒，擊之未便，宜固守以待其至。」王曰：「當以智勝，難以力取。彼眾新集，其心不一，宋忠輕躁寡謀，狠愎自用，乘其未定，擊之必破矣。」遂帥馬步精銳八千，卷甲倍道而進。王據鞍指揮，有喜色。
先是，宋忠紿將士云：「爾等家在北平，城中皆為燕兵所殺，屍積道路。」欲以激怒將士。燕王令其家人張樹旗幟為先鋒，眾遙識旗幟，呼其父兄子弟，相問勞無恙，輒喜，謂「宋都督欺我」，倒戈走。宋忠帥餘眾倉皇列陣，未成，王麾師渡河，鼓噪而前。都指揮孫泰先登，頗有斬獲；燕王擇善射者，射泰中之，流血被甲，慷慨裹血而戰，奮呼陷陣死。忠軍大敗，奔入城，燕兵乘之而入。忠匿於廁，搜獲之，並執余瑱，皆不屈死。都指揮彭聚亦力戰死。當時諸將校為燕帥所俘者百餘人，皆不肯降，發憤死。燕兵既克懷來，山後諸州皆不守，而開平、龍門、上谷、雲中守將往往降附矣。
丙戌，永平指揮陳旭、趙彝、郭亮以城降。旭等遂從燕將徐忠分兵克灤河。庚寅，大寧都指揮卜萬，與其部將陳亨、劉貞引兵號十萬，出松亭關，駐沙河，進攻遵化。燕王聞之，援遵化，萬等退保松亭關。萬有智勇，陳亨陰欲輸款於燕，畏萬不敢發。燕王貽萬書，盛稱萬而詆亨，緘識之，召所獲大寧卒，解縛賞勞，俾歸密與萬，故使同獲卒見之。尋遣與俱，至則同歸卒發其事。陳亨、劉貞搜得與萬書，遂縛萬下獄，聞於朝，籍其家。
時帝方銳意文治，日與方孝孺等討論《周官》法度，以北兵為不足憂。黃子澄謂：「北兵素強，不早禦之，恐河北遂失。」乃以長興侯耿炳文佩大將軍印，駙馬都尉李堅為左副將軍都督，甯忠為右副將軍，帥師北伐。子澄又請命安陸侯吳傑、江陰侯吳高、都督都指揮盛庸、潘忠、楊松、顧成、徐凱、李文、陳暉、平安等，帥師並進。擢程濟為翰林編修，充軍師，護諸將北行。吳傑等各帥偏師步騎，號百萬，數道並進，期直搗北平。檄山東、河南、山西三省合給軍餉。帝誡諸將士曰：「昔蕭繹舉兵入京，而令其下曰：『一門之內，自極兵威，不祥之極。』今爾將士與燕王對壘，務體此意，毋使朕有殺叔父名。」
八月己酉，耿炳文等率兵三十萬至真定，徐凱率兵十萬駐河間，潘忠駐莫州，楊松帥先鋒九千人據雄縣，約忠為應。張玉往覘炳文營，還報燕王曰：「炳文軍無紀律，其上有敗氣，無能為。潘忠、楊松扼吾南路，宜先擒之。」燕王悅，躬擐甲冑，帥師至涿州。壬子，屯於婁桑，令軍士抹馬蓐食。晡時，渡白溝河，謂諸將曰：「今夕中秋，彼不備，飲酒為樂，此可破也。」夜半，至雄縣，緣城而上，松與麾下九千人皆戰死，獲馬八千餘匹。燕王度潘忠在莫州未知城破，必引眾來援，諭諸將曰：「吾必生擒潘忠。」諸將未喻。遂命譚淵領兵千餘，渡月樣橋，伏水中，領軍士數人伏路側，望忠等接戰，即舉礮。既而忠等果至，王進兵逆擊之，路傍礮舉，水中伏兵起據橋。忠戰敗，趨橋不得，燕兵腹背夾擊，遂生擒忠，餘眾多溺死。燕王問諸將帥所向，眾未有定。玉曰：「當逕趨真定。彼眾新集，我軍乘勝，可一鼓破之。」燕王曰：「善！」即趨真定。耿炳文部將張保來降，保言：「炳文兵三十萬，先至者十三萬，分營滹沱河南北。」燕王厚撫保，遣歸。詐言保兵敗被執，幸守者困得脫，竊馬歸。又令言雄、莫敗狀，燕兵旦夕且至。諸將請曰：「今由間道，不令彼知，蓋掩其不備，奈何遣保告之為備？」王曰：「不然！始不知彼虛實，故欲掩襲之。今知其半營河南北，則當令知我至，其南岸之眾必移於北，並力拒戰，一舉可盡殲之，兼使知雄縣莫州之敗，以奪其氣，兵法所謂『先聲後實』也。若逕薄城下，北岸雖勝，南岸之眾乘我戰疲，鼓行渡河，是我以勞師當彼逸力也。」
壬戌，燕王率三騎先至真定東門，突入其運糧車中，擒二人，訊狀，南岸營果北移。率輕騎數十，繞出城西南，破其二營。炳文出城迎戰，張玉、譚淵、馬雲、朱能等率眾奮擊，燕王以奇兵出其背，循城夾擊，橫貫南陣，炳文大敗，奔還。朱能與敢死士三十餘騎，追奔至滹沱河東。炳文眾尚數萬，復列陣向能。能奮勇大呼，衝入炳文陣，陣眾披靡，自相蹂躪，死者無算，棄甲降者三千餘人。騎士薛祿引槊中李堅墜馬，獲之。甯忠、顧成及都指揮劉燧皆被執。燕王謂堅至親，送北平，道卒。謂成先朝舊人，解其繫，與語曰：「皇考之靈，以汝授我。」因語以故，言已泣下，成亦泣。遂遣人護送北平，令輔世子居守。炳文奔入真定，軍爭門，門塞不得入，相蹈藉死者甚眾。炳文入，闔門固守。吳傑帥師來援，兵潰遁還。燕兵攻城三日，不能下，燕王還北平。以擒李堅功，授薛祿指揮。帝聞，怒曰：「老將也，而摧鋒，奈何？」子澄曰：「勝敗常事，毋足慮。聚天下之兵，得五十萬，四面攻北平，眾寡不敵，必成擒矣。」曰：「孰堪將者？」子澄曰：「李景隆可。比用景隆，今破矣。」遂遣景隆代炳文。臨行，賜景隆通天犀帶，親餞之江滸，復賜斧鉞，俾專征伐，不用命者僇之。召耿炳文回。
九月朔，監察御史康郁上言：「臣聞人主親其親，然後不獨親其親。今諸王，親則太祖之遺體也，貴則孝康之手足也，尊則陛下之叔父也。乃殘酷豎儒，持一己之偏見，廢天下之大公。方周王不軌，進言則曰六國反叛，漢帝削地；執法則曰三叔流言，周公是征。遂使周王父子流離播遷。周王既竄，湘王自焚，代王被廢，而齊臣又告王反矣。為計者必曰：『兵不舉，則禍必加。』是則朝廷激變之也。及燕之舉兵，迄今兩月，前後調兵者不下五十餘萬，而乃一夫無獲，謂之國有謀臣可乎？陛下不察，臣愚以為不待十年，必有噬臍之悔矣。伏願興滅繼絕，釋齊王之囚，封湘王之墓，還周王於京師，迎楚、蜀為周公，俾其各命世子持書勸燕，以罷干戈，以敦親戚，天下不勝幸甚！」疏上，帝不能用。
鎮守遼東江陰侯吳高與耿瓛、楊文帥師圍永平。
李景隆乘傳至德州，收集耿炳文敗亡將卒，並調各路軍馬五十萬，進營於河間。燕王聞之，呼景隆小字曰：「李九江膏粱豎子耳！寡謀而驕，色厲而餒，未常習兵見陣，輒予以五十萬眾，是自坑之也。」復聞景隆軍中事，燕王笑曰：「兵法有五敗，景隆皆蹈之。為將政令不修，上下異心，一也。北平早寒，南卒裘葛，不足披冒霜雪，又士無贏糧，馬無宿藁，二也。不量險易，深入趨利，三也。貪而不治，智信不足，氣盈而愎，仁勇俱無，威令不行，三軍易撓，四也。部曲喧嘩，金鼓無節，好諛喜佞，專任小人，五也。九江五敗悉備，保無能為。然吾在此，彼不敢至。今往援永平，彼知我出，必來攻城，回師擊之，堅城在前，大軍在後，必成擒矣。」諸將曰：「北平兵少，奈何？」王曰：「城中之眾，以戰則不足，以守則有餘。兵出在外，奇變隨用，吾出非專為永平，直欲誘九江來就擒耳！吳高怯不能戰，聞我來必走，是我一舉解永平圍，且破九江也。」遂行。而誡世子居守曰：「景隆來，堅守毋戰也。」
壬申，燕軍援永平，諸將請守盧溝橋。王曰：「方欲使九江困於堅城之下，奈何拒之！」燕師猝至永平，吳高不能軍，退保山海關。燕兵奔之，斬首數千級。燕王曰：「高雖怯，行事差密，楊文勇而無謀，去高，文不足慮也。」乃遣人貽二人書，盛譽高而詆文。帝聞之，削高爵，徙廣西，獨命文守遼東。耿瓛數請攻永平，以動北平，不聽。
冬十月，燕兵趨大寧。初，太祖諸子，燕王善戰，寧王善謀。洪武間，燕王受命巡邊，至大寧，與寧王相得甚歡。大寧領朵顏諸衛，多降人，驍勇善戰。燕王既起兵，謀取之，而朝廷亦疑寧王與燕合，削其三護衛。燕王聞，喜曰：「此天贊我也，取大寧必矣！」乃為書貽寧王，而陰率師兼程趨之。諸將曰：「劉貞守松亭關，急未易破。李景隆兵方盛，不如還師救北平，以為後圖。」燕王曰：「今從劉家口逕趨大寧，不數日可達。大寧將士悉聚松亭關，其家屬在城，皆老弱居守。師至，不日可拔。城破之日，撫綏其家，松亭之眾不降且潰矣。北平深溝高壘，縱有百萬之眾，未易以窺。吾正欲其頓兵堅城之下，還兵擊之，如拉朽耳！諸公第從予行，毋憂也。」乃自逕道旆登山，從後攻，度關，至大寧，克其西門，獲都指揮房寬，殺卜萬於獄。都指揮朱鑒戰死。劉貞、陳亨引軍還援，陳亨竟襲破貞，率其眾降。貞單騎負敕印走遼東，浮海歸京師。
大寧既拔，燕王駐師城外，遂單騎入城，會寧王，執手大慟，言：「北平旦夕且破，非吾弟表奏，吾死矣！」寧王為草表謝，請赦。居數日，情好甚洽。燕王銳兵出伏城外，諸親密吏士稍稍得入城，遂令陰結三衛渠長及閭左思歸士，皆喜，定約。燕王辭去，寧王出餞郊外，伏兵起，執寧王。諸騎士卒一呼皆集，遂擁寧王入關，與俱西。燕兵既得朵顏諸衛，兵益盛，分遣薛祿下富峪、會川、寬河諸處。於是寧府妃妾世子，皆攜其寶貨，隨寧王還北平。
李景隆聞燕兵攻大寧，帥師進渡盧溝橋，喜曰：「不守此橋，吾知其無能為矣。」遂薄城下，築壘九門。景隆攻麗正門，幾破，城中婦女並乘城擲瓦礫。景隆令不嚴，驟退，北平守益堅。景隆遣別將攻通州，又結九營於鄭壩村，親督之以待燕王。號令壘營，人各為戰，非受命不得輕動，遂攻燒順城門。燕府儀賓李讓與燕將梁明等拒守甚力。世子嚴肅部署，選勇士時時夜縋城砍營，南軍擾亂，退營十里。唯都督瞿能奮勇，與其二子帥精騎千餘，殺入張掖門，銳不可當，後不繼，乃勒兵以待。景隆忌能成功，使人止之，候大軍至，俱進。於是連夜汲水灌城，天寒冰結，明日不得登。燕王至會州，簡閱將士，立五軍，命都指揮張玉將中軍，朱能將左軍，李彬將右軍，徐忠將前軍，房寬將後軍，軍各置左右副將，以大寧歸附之眾分隸各軍。
十一月庚午，李景隆移營向河西，先鋒都督陳暉渡河而東。燕王率兵至孤山，列陣於北河西，河水難渡。是日雪，默禱曰：「天若助予，則河冰合。」是夜冰果合，遂率師擊敗前哨都督陳暉兵。暉眾跳冰遁，冰乃解，溺死無算。燕王見景隆兵動，以奇兵左右夾擊，遂連破七營，逼景隆營。張玉等列陣而進，至城下，城中亦出兵，內外交攻，景隆不能支，宵遁。翌日，九壘猶固守，北兵次第破其四壘。諸軍始聞景隆走，乃棄兵糧，晨夜南奔，景隆遂還德州。燕諸將頓首賀王神算。王曰：「偶中耳！諸君所言，皆萬全策也。」都督火真焚敝韉以煖，燕王鎧者趨焉，楯人呵之。王曰：「止！是皆壯士。」景隆師既敗，黃子澄等匿不以聞。帝曰：「外間近傳軍不利，果何如？」子澄曰：「聞交戰數勝，但天寒，士卒不堪，今暫回德州，待來春更進。」子澄遂遣人密語景隆，隱其敗，勿奏。
乙亥，燕王上書自理，以誅齊泰、黃子澄，傳檄天下。
十二月，加李景隆太子太師。景隆之敗，子澄不以聞，且云屯德州，合各處軍馬，期以明年春大舉，故有是命，兼賜璽書、金幣、珍醞、貂裘。燕王諭諸將曰：「李九江集眾德州，將謀來春大舉，我欲誘之以敝其眾。今帥師征大同，大同告急，景隆勢必來援，南卒脆弱，苦寒之地，疲於奔命，凍餒逃散者必多。善戰者因其勢而利導之。」諸將曰：「善！」遂帥師出紫荊關，攻廣昌，守將楊忠以城降。
罷兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄，以燕王疏列二人罪也。二人名雖罷退，實籌劃治兵如故。薊州鎮撫曾濬起兵攻北平，不克，死之。河北指揮張倫等率兩衛官軍，自拔南歸，曰：「矢死報國。」參贊軍務高巍上書言：「臣願使燕，曉以禍福。」遂遣至燕。上書燕王曰：「太祖升遐，皇上嗣位，不意大王與朝廷有隙，張皇六師。臣以為動干戈，不若和解，君臣之義大明，骨肉之親愈厚。故願奉明詔，置死度外，親見大王。昔周公聞流言，即避位居東。若大王能割首計者送京師，解去護衛，質所愛子孫，釋骨肉猜忌之疑，塞殘賊離間之口，不與周公比隆哉！慮不及此，遂檄遠邇，大興甲兵，襲疆宇，任事者得借口，以為殿下假誅左班文臣，實欲效漢吳王倡七國誅晁錯，大王獲罪先帝矣。今大王據北平，取密雲，下永平，襲雄縣，掩真定，數月以來，尚不能出區區蕞爾之地，較以天下，十五而未有一焉，大王將士殆亦疲矣。大王同心之士大約不過三十萬。大王與天子，義則君臣，親則骨肉，尚在離間，以三十萬異姓之士，可保終身困迫，死於殿下乎！大王信臣言，上表謝罪，按甲休兵，天意順，人心和，太祖在天之靈亦安矣。不然，執迷不回，幸而兵勝得成，後世公論謂何！倘有蹉跌，取譏萬世，於斯時也，追復臣言，可得乎？」書再上，不報。
二年春正月，燕王進兵圍蔚州，指揮王忠、李遠以城降，遂進攻大同。李景隆帥師救大同，出紫荊關。燕王由居庸關入，還北平。景隆軍凍餒死者甚眾，墮指者十二三，委棄鎧仗於道，不可勝紀。
二月，韃靼率眾助燕。
夏四月朔，李景隆會兵德州，武定侯郭英、安陸侯吳傑等，進兵真定以圖燕。帝賜景隆斧鉞、旌旄，中官齎往。忽風雨舟壞，沉於江，復賜之。景隆自德州進兵北伐，軍過河間，前鋒將至白溝河，郭英等過保定，期於白溝河合勢同進。燕王率諸將進駐固安，燕王謂丘福等曰：「李九江等皆匹夫，無能為，惟恃其眾耳。然眾豈可恃也！人眾易亂，擊前則後不知，擊左則右不應，將帥不專，政令不一，甲兵糧餉，適足為吾資耳。爾等但秣馬厲兵以待！」張玉請先往駐白溝，以逸待勞。王從之，命率眾先往。既至三日，景隆前鋒都督平安至白溝河。是日燕兵渡五馬河，駐蘇家橋。其夜大雨，平地水深三尺。燕王坐胡牀待旦，忽見兵刃有火光如球擊，燁然上下，金鐵錚錚作聲，弓弦皆鳴。燕王喜曰：「此勝兆也！」帝慮景隆輕敵，乃遣魏國公徐輝祖帥京軍三萬為殿，星馳會之。
己未，李景隆及郭英、吳傑等合軍六十萬，號百萬，次於白溝河，列陣以待。平安伏精兵萬騎游擊。燕王曰：「平安豎子，從吾出塞，識吾用兵，以故敢為先鋒。今日吾先破之。」安驍勇善戰，鋒初交，安奮矛率眾而前，都督瞿能父子亦奮躍，所向披靡，殺傷燕兵甚眾，燕兵遂卻。燕有內官狗兒者，亦敢勇，率千戶華聚力戰河北岸。百戶谷允入陣，得級七，王親率兵夾擊，殺數千人，都指揮何清被執。時已暝，戰猶未巳，至夜深，始各收軍還。是日也，兩軍互相殺傷，安軍哨馬失百餘匹而已。景隆、英、傑藏火器地中，人馬遇之，輒爛。戰既解，燕王從三騎殿後，迷失道，下馬伏地，視河流，辨東西，始知營，自上流倉猝渡河而北。燕王既收軍還營，擢谷允指揮，夜秣馬待戰。使張玉將中軍，朱能將左軍，陳亨將右軍，為先鋒，丘福將騎兵繼之，馬步十餘萬。黎明，燕軍畢渡，瞿能率其子搗房寬陣，平安翼之，寬陣披靡，擒斬數百人。張玉等見寬敗，有懼色。王曰：「勝負常事耳！彼兵雖眾，不過日中，保為諸君破之。」即麾精銳數千突入左掖，高煦率張玉等軍齊進。王先以七騎馳擊之，且進且退，如是者百餘合，殺傷甚眾。南軍飛矢如注，射王馬，凡三被創三易之，所射矢，三服皆盡，乃提劍左右奮擊，劍鋒折缺，不堪擊，馬卻，阻於堤，幾為瞿能所及。燕王急走登堤，佯麾鞭若招後繼者。景隆疑有伏，不敢上堤。而燕王復率眾馳入陣，斬其騎數人。平安善用槍刀，所向無敵，北將陳亨、徐忠皆被創。已而安斬亨於陣，忠兩指被砍，未斷，自斷而擲之，裂衣裹創而戰。高煦見事急，帥精騎數千，前與王合。高煦接戰，彼此相持，而王亦疲矣。日薄午，瞿能復引眾躍而前，大呼滅燕，斬其騎百餘人。越巂侯俞通淵、陸涼衛指揮滕聚復引眾赴之。會旋風起，折大將旞，南軍相視而動。王乃以勁騎繞出其後，突入馳擊，與高煦騎兵合，殺瞿能父子於陣。平安與朱能戰，亦敗。於是列陣大崩，奔走之聲如雷，通淵與聚等皆死。燕兵追至其營，乘風縱火，燔其營壘。郭英等潰而西，李景隆潰而南，委棄器械輜重山積，斬首及溺死者十餘萬。燕兵追至鞾山月樣橋，殺溺蹂躪死者復數萬，橫屍百餘里。景隆單騎走德州。其降軍，燕王悉慰遣之，南師聞者皆解體。是戰也，魏國公徐輝祖帥軍為殿，獨全軍而還。
壬戌，燕王進攻德州。
五月辛未，李景隆自德州奔濟南，燕兵遂入德州，籍吏民，收府庫，獲糧百餘萬，自是兵食益饒。哨騎至濟陽縣，執教諭王省，既而釋之。省還，升明倫堂，集諸生曰：「此堂明倫，今日君臣之義何在？」遂大哭，諸生亦哭，以頭觸柱而死。
先是，山東參政鐵鉉方督餉赴景隆軍，會景隆師潰東奔，次臨邑，諸城堡皆望風瓦解，鉉與參軍高巍酌酒同盟，收集潰亡，守濟南，相與慷慨涕泣，以死自誓。及景隆奔就鉉，燕王令諸將乘勝倍道而進。庚辰，至濟南，景隆眾尚十餘萬，倉猝出戰，佈陣未定，燕王帥精騎馳擊之，景隆復大敗，單騎走。於是燕兵列陣圍之，鉉督眾悉力捍禦。事聞，乃升鉉為山東布政司使。召李景隆還，以左都督盛庸為大將軍，右都督陳暉副之。景隆還朝，帝赦不誅。黃子澄痛哭曰：「景隆出師觀望，懷二心，不亟誅，何以謝宗社，勵將士！」副都御史練子寧執而數之朝，以哭請，卒不問。
燕王圍濟南久，令人射書城中促降。有儒生高賢寧在城中，乃作《周公輔成王論》，請罷兵，不報。燕王圍濟南已三月，不下，乃堰城外諸谿澗水灌城，城中人大懼。鉉曰：「無恐。計且破之，不三日遁矣！」鉉乃議令軍中詐降，迎燕王入，約壯士懸鐵板伏城上闉，王且入，則下鐵板，拔橋。計定，使守陴之卒晝夜哭曰：「濟南魚矣，亡無日矣！」乃撤守具，出居民伏地請曰：「奸臣不忠，使大王冒霜露，為社稷憂。誰非高皇帝子？誰非高皇帝臣民？其降也。然東海之民，不習兵革，見大軍壓境，不識大王安天下、子元元之意，或謂聚而殲之。請大王退師十里，單騎入城，臣等具壺漿而迎。」燕王大喜。時王苦兵間，謂濟南降，即不得金陵，可斷南北，畫中原自守，亟下令退軍。王乘駿馬徐行，張蓋，率勁騎數人渡橋，直至城下，城門開，守陴者皆登城，伏堵間。燕王比入門，門中人呼千歲，鐵板亟下，傷燕王馬首。王驚，易馬而馳。濟南人挽橋，橋則堅，燕王竟從橋逸去，複合兵圍濟南。鉉令守陴罵，燕王大怒，乃以駁擊城。垂破，鉉書高皇帝神牌懸城上，燕兵不敢擊。鉉每出不意，募壯士突擊燕兵，破之。燕王憤甚，計無所出。僧道衍進曰：「師老矣！請暫還北平以圖後舉。」於是撤圍，還北平。鉉及盛庸等兵乘勢追之，遂復德州，兵勢大振。上即軍中擢鉉為兵部尚書，贊理大將軍軍事。封盛庸為歷城侯。
九月朔，詔大將軍盛庸總平燕諸軍北伐，副將軍吳傑進兵定州，都督徐凱等屯滄州。
宋參軍說鉉曰：「濟南，天下之中。北兵南來，其留守者類老弱，且永平、保定雖叛，諸郡堅守者實多。郭布政輩書生，公能出奇兵，陸行抵真定，南朝諸將潰逸者稍稍收合，不數日可至北平。其間豪傑有聞義而起者，公便宜部署，號召招徠之，北平可破也。北兵回顧家室，必散歸。徐、沛間素稱驍勇，公檄諸守臣倡義集勇，候北兵歸，合南兵征進者晝夜躡之。公館穀北平，休養士馬，迎其至，擊之。彼腹背受敵，大難旦夕平耳！」鉉以「軍餉盡於德州，城守五月，士卒困甚，而南將皆駑材，無足恃，莫若固守濟南，牽率北兵，使江、淮有備。北兵不能越淮，歸必道濟，吾邀而擊之，以逸待勞，全勝計也」。乃設宴天心水面亭，犒問辛苦，激發忠義。
冬十月，燕王聞盛庸兵北向，欲出兵攻滄州，恐南師為備，乃陽下令征遼東。諸將士聞之，不樂。至通州，張玉、朱能請曰：「今密邇大敵，而勤師遠征，遼地寒早，士卒不堪，恐非利也。」燕王屏左右，語之故，曰：「今盛庸駐師德州，吳傑、平安守定州，徐凱、陶銘築滄州，相犄角為吾梗。德州城壁堅，且敵眾所聚，定州修築已完，城守亦備，皆難猝下。獨滄州土城，潰圯日久，天寒地凍，雨雪泥淖，築城不易。我乘其未備，急趨攻之，必有土崩之勢。今佯言往征遼東，因其懈怠，偃旗卷甲，由間道直搗城下，破之必矣。」玉與能頓首稱善。徐凱諜知北兵征遼東，不為備，遣兵四出伐木，晝夜築城。燕師至天津，過直沽，王語諸將曰：「彼所備者惟青縣、長蘆，今磚垛、灶兒等坡無水，彼不為備，由此可逕至滄州城下。」乃下令軍士循河而南。軍士疑曰：「征東，何南也？」王曰：「夜有白氣二道，自東北指西南，占曰『利南』。」乃自直沽一晝夜疾行三百里，遇偵騎，盡殺之。比曉，至滄州，凱猶不知，督眾運土築城如故。兵至城下，乃覺，亟命分守城堞，眾皆股栗不能甲。燕兵四面急攻之，玉帥壯士由城東北隅肉薄而登，遂拔其城。先遣兵斷歸路，生擒凱及都督陳暹，都指揮俞琪、趙滸、胡原等，斬首萬餘級，餘眾悉降，燕將譚淵盡坑殺之，械凱等至北平。
十二月，燕王移直沽之舟至長蘆，載降獲輜重，順流而北。王自率眾循河而南，盛庸出兵襲後，不克。燕王遂至臨清，移屯館陶，掠大名，焚軍餉。
甲午，燕王至汶上，掠濟寧。盛庸、鐵鉉率兵躡其後，營於東昌。先鋒將孫霖營滑口，燕將朱榮、劉江襲破霖軍，都指揮唐禮被執，霖走。
乙卯，燕師至東昌，庸與鉉等聞燕兵且至，宰牛宴犒將士，誓師勵眾，簡閱精銳，背城而陣，具列火器毒弩以待。時燕軍屢勝，見庸軍，即鼓噪前薄，盡為火器所傷。會平安兵至，與庸軍合，於是庸麾兵大戰。燕王以精騎衝左掖，入中堅。庸軍厚集，圍燕王數重，燕王自衝擊不得出。朱能、周長率番騎奮擊東北角，庸等撤西南兵往御，圍稍緩。能衝入，奮力死戰，翼燕王出。張玉不知王已出，突入陣救之，沒於陣。庸軍乘勝擒斬萬餘人，燕兵大敗，遂北奔。庸趣兵追之，復擊殺者無算。是役也，燕王數危甚，諸將奉帝詔，莫敢加刃。燕王亦知之，故挺身出，輒短兵接戰。王騎射尤精，追者每為所殺。至是奔北，獨以一騎殿後，追者數百人，不敢迫。適高煦領指揮華聚等至，擊退庸兵，獲部將數人而去。燕王喜，以煦肖已，慰勞之。薛祿亦數擊退南兵。燕王聞張玉敗歿，乃痛哭曰：「勝負常事，不足慮。艱難之際，失此良輔，殊可悲恨！」師還，與諸將語，每及東昌事，曰：「自失張玉，吾至今寢食不安。」遂涕下不已，諸將皆泣。後舉報功之典，謂侍臣曰：「論靖難功，當以張玉為第一。」追封榮國公、河間王。
三年春正月辛酉朔，東昌捷至，詔褒賞將士，召齊泰、黃子澄還朝，仍預軍事。享太廟，告東昌之捷。初，燕王師出，僧道衍曰：「師行必克，但費兩日耳！」及自東昌還，道衍曰：「兩日，昌也，自此全勝矣！」
二月，燕王自撰文，流涕祭陣亡將士張玉等，脫所服袍焚之，以衣亡者，曰：「雖其一絲，以識餘心！」將士家父兄子弟見之，皆感泣。燕王因激勸將吏，召募勇敢，以圖進取。乙未，帥師南出，進諸將士，諭曰：「爾等懷忠奮勇，每戰必勝，可謂難矣！比者，東昌之役，接戰即退，遂棄前功。夫懼死者必死，捐生者必生。白溝河之戰，南軍先走，故得而殺之，所謂懼死者必死也。爾等奮不顧身，故能出萬死，全一生，所謂捐生者必生也。自今無輕敵，無選懦，違者殺無赦！」己酉，師至保定，盛庸合諸軍二十萬駐德州，吳傑、平安出真定。燕王與諸將議所向，丘福等言：「定州府民新集，城池未固，攻之可拔。」王曰：「野戰易，攻城難。今盛庸聚德州，吳傑、平安駐真定，相為犄角，攻城未拔，頓師城下，必合勢來援。堅城在前，強敵在後，勝負未可決也。今真定相距德州二百餘里，我軍界其中，敵必出迎戰，取其一軍，餘自膽破。」諸將曰：「軍介兩敵，使彼合勢夾攻，吾腹背受敵，奈何？」王曰：「百里之外，勢不相及。兩軍相薄，勝敗在呼吸間，雖百步不能相救，況二百里哉！」明日，遂移軍東出。
三月朔，師次滹沱河，遣游騎哨定州、真定，多為疑兵誤之。諜報盛庸軍夾河為營，平安駐師單家橋。燕兵由陳家渡過河逆之，相距四十里。辛巳，盛庸軍及燕兵遇於夾河，燕王以三騎覘庸陣，庸結陣甚堅，陣旁火車、大銃、強弩齊列。王掠陣過，庸遣騎追，皆射卻之，乃以步騎萬餘薄庸陣，攻其左掖，庸軍擁盾自蔽，矢刃不能入。燕軍預作長䂎，約六七尺，橫貫鐵釘於端，釘末有逆鉤，令勇士直前擲之，直貫其盾，亟不得出，動則牽連。乘隙急攻之，庸軍棄盾走。燕兵蹂陣而入，南軍奔潰。燕將譚淵從軍中望見塵起，遽出兵逆擊之。莊得帥眾死戰，淵與其部下指揮董中峰皆為得軍所殺。朱能、張輔率眾並進，王自以勁騎繞出南軍背，貫陣前，出與能軍合。庸軍火器不及發，遂卻。都指揮莊得陷陣沒，驍將楚智被執，不屈，死之。張皂旗亦戰死。張皂旗者，常以皂旗先登，燕軍畏之，呼「皂旗張」，及死，猶執皂旗不仆。是日戰酣，迫暮，皆斂兵入營。燕王以十餘騎迫庸營，野宿。天明，見四面皆庸兵，左右請亟去，燕王曰：「毋恐。」日出，乃引馬鳴角，穿敵營，從容去。諸將相顧，莫敢發一矢。燕王既還營，復嚴陣約戰，謂諸將曰：「昨日譚淵逆擊太早，故不能成功。彼雖少挫，尚銳，必欲絕其生路，安得不致死我也。今日爾等嚴陣戰，我以精騎往來陣間，敵有可乘之隙，即入擊之。兩陣相當，將勇者勝，此光武之所以破王尋也。」
壬午，復戰，庸軍西南，燕軍東北，燕王臨陣督戰，張奇兵，往來衝擊，自辰至未，兩軍互勝負，屢退屢進，將士皆疲，各坐息。少頃，復起戰，相持不決，忽東北風大起，塵埃漲天，沙礫擊面，兩軍眯目，咫尺不見人。北軍乘風大呼，縱左右翼橫擊之，鉦鼓之聲振地，庸軍大敗，棄兵走。燕兵追至滹沱河。踐溺死者不可勝計，降者，燕王悉縱遣之。盛庸走德州。當是時，盛庸恃東昌之捷，輕敵，將士咸攜金銀扣器、錦繡衣袍，曰：「破北平，張筵痛飲。」至是盡為燕兵所獲。燕王戰罷還營，塵土滿面，諸將不能識，聞語聲，始趨進見。
詔竄逐齊泰、黃子澄於外，令有司籍其家，以謝燕人。有司奉行，徒為文具，實使出外募兵也。
閏三月己亥，吳傑等自真定引軍出，欲與盛庸軍合，未至八十里，聞庸敗，復還真定。燕王語諸將曰：「吳傑若嬰城固守，為上策；若軍出即歸，避我不戰，是謂中策；若來求戰，則下策也。我料其將出下策，破之必矣。」乃下令軍士出取糧，戒勿遠，故令校尉荷擔，抱嬰兒，佯作避兵狀，奔入真定，報云：「燕軍各散出糧，營中無備。」傑等信之，乃謀輕師掩不備，遂出軍滹沱河，距燕軍七十里。燕王聞之，大喜。薄暮，趣兵渡河。諸將請俟明旦，王曰：「機不可失也。稍緩之，彼退守真定，城堅糧足，攻之難矣。」遂進，王先策馬渡河，河水深，麾騎兵由上流並渡，遏水令淺，輜重步卒得由下流畢渡。循河行二十里，與傑軍遇於藁城。會日暮，燕王恐傑軍道去，親率數十騎逼敵營宿，以綴之。明日，吳傑等列方陣於西南以待，燕王謂諸將曰：「方陣四面受敵，豈能取勝！我以精兵攻其一隅，一隅敗，則其餘自潰矣。」乃以軍糜其三面，而親帥精銳攻東北隅，大戰，右軍稍卻。薛祿馳赴奮擊，出入敵陣，馬蹷，為南軍所執，奪敵刀，斬數人，復跳而免，督戰益力。燕王親率驍騎，循滹沱河，繞出陣後突入，大呼奮擊，南軍矢下如雨，集王所建旗，如蝟毛焉。燕師多被殺傷。平安於陣中縛高樓，上可數丈，登以望燕軍。燕王以精騎衝之，將及樓，平安墜而走。會大風起，發屋拔樹，燕軍乘之，傑等師大潰。燕王麾兵四向蹙之，斬首六萬餘級，追奔至真定城下，又擒其驍將鄧戬、陳鵬等，盡獲軍資器械，吳傑、平安走入城。南兵降於燕，燕王悉釋之南還。王遣使送所建旗還北平，諭世子曰：「善藏之，使後世勿忘也。」燕兵自白溝河至藁城，三捷，皆有風助之。
癸丑，燕兵略順德、廣平，河北郡縣多降。
夏四月，燕兵次於大名，大名官吏迎燕兵。諜者言齊泰、黃子澄皆竄逐，有司已簿錄其家。王乃上書稱臣燕王棣，大略言：「齊、黃剪削宗藩，欲加死地，故以兵自防，誠不得已。大軍之至，每自摧衄，臣不敢為喜，輒用傷悼。比聞齊泰、黃子澄皆已竄逐，臣一家喜有更生之慶。而將士皆曰：『恐非誠心，姑以餌我。不然，吳傑、平安、盛庸之眾當悉召還，而今猶集境上，是奸臣雖出而其計實行。』臣思其言，恐亦人事或然也，故不敢遽釋兵。惟陛下斷而行之，毋為奸邪所蔽。」書上，帝以示方孝孺及侍中黃觀。孝孺對曰：「諸軍大集，燕兵久羈大名，暑雨為沴，不戰自罷。急令遼東諸將入山海關，攻永平，真定諸將渡盧溝橋搗北平。彼顧巢穴歸援，我以大軍躡其後，必成擒矣。今宜且與報書，往返踰日，彼心解而眾離，我謀定而勢合，機不可失也。」帝曰：「善！」命孝孺草詔，赦燕王父子及諸將士罪，使歸本國，勿預兵政，仍復王爵，永為藩輔。遣大理少卿薛喦齎往燕師，又為榜諭數千言授喦，令至燕軍中，密散諸將士。喦遂齎詔至燕軍。燕王讀之，怒，問喦：「臨行，上何言？」喦曰：「上言殿下旦釋甲，謁孝陵，暮即旋師。」燕王曰：「嚄！是不可紿三尺兒。」而指侍衛將士曰：「有丈夫者！」喦惶恐不能對。諸將盡譁，請殺喦。王曰：「奸臣不過數人，喦，天子命使，母妄言！」喦戰慄，流汗被體。燕王乃耀武，令各軍連營百餘里，戈甲旗鼓相接，而馳射其中，使喦觀之。留數日，遣中使送出境，語之曰：「歸，為老臣謝天子，天子於臣至親，臣父，天子大父；天子父，臣同產兄。臣為藩王，富貴已極，復何望！天子素愛厚臣，一旦為權奸讒構，以至於此。臣不得已，為救死計耳。幸蒙詔罷兵，臣一家不勝感戴。但奸臣尚在，大軍未還，臣將士存心狐疑，未肯遽散。望皇上誅權奸，散天下兵，臣父子單騎歸闕下，唯陛下命之。」喦歸至京，方孝孺私就問燕事，喦具以告，且曰：「燕王語直而意誠。」又言：「其將士同心，南師雖眾，驕惰寡謀，未見可勝。」孝孺默然。喦入見帝，亦備述前意。帝語孝孺曰：「誠如喦言，曲在朝廷，齊、黃誤我矣！」孝孺惡之，曰：「此為燕游說也。」
五月，燕師駐大名，吳傑、平安發兵斷北平餉道。燕王遣指揮武勝復奏書於朝，大略言：「朝廷許罷兵，而盛庸等攻北，絕糧餉，與詔旨背馳。」帝得書，有罷兵意，以示方孝孺曰：「此孝康皇帝同產弟，朕叔父也。吾他日不見宗廟神靈乎！」孝孺曰：「陛下果欲罷兵耶！即兵一罷散，不可復聚，彼長驅犯闕，何以禦之？今軍聲大振，計捷書當不遠，願陛下毋惑甘言。」上然之。縛勝下錦衣獄。燕王聞，怒曰：「俟命三月，今武勝見執，是其志不可回矣。彼軍駐德州，資糧所給，皆道徐、沛，以輕騎數千邀焚之，德州必困。若來求戰，吾嚴師待之，以逸待勞，可必勝。」諸將皆曰：「善！」乃遣都指揮李遠等帥輕騎六千詣徐、沛，令易士卒甲冑，與南師同，插柳枝於背為識。遠等至濟寧穀亭，盡焚軍興以來儲積。丘福、薛祿合兵攻濟州，塞濠登陴，破其城，遂潛兵掠抄沙河，沛縣，南軍不之覺，糧船數萬艘、糧數百萬悉為所焚，軍資器械俱為煨燼，河水盡熱，漕運軍士散走。京師大震，德州糧餉遂艱。李遠率兵還，盛庸遣將袁宇以三萬人邀遠軍，遠設伏擊敗之，斬首萬餘級。
秋七月，燕兵襲彰德。時都督趙清守彰德，燕王遣數騎日往來城下，擾其樵採，清遣兵追之，則引而去。於是城下乏薪，拆屋而炊。既而王令伏兵城傍山麓，仍遣數騎至城下誘之。清果遣兵出，入伏，擒殺千餘人。南軍據尾尖寨，梗餉道，險隘難下，燕王遣張禮間道夜襲擊，下之。乃使人招清，清對使者言：「殿下至京城日，但以二指許帖召臣，臣不敢不至，今未敢也。」王悅其言，為之緩攻。
平安自真定率兵攻北平，營於平村，離城五十里，擾其耕牧。燕世子督眾固守，遣人如燕王軍告急。燕軍還次定州，聞北平被圍，王召劉江，問：「策將安出？」江慷慨請行，且曰：「臣方思之。」高煦請與江先往，江曰：「此不可。疲於奔命，徒為敵笑耳！」俄而曰：「臣策成矣！」王喜，呼酒送其行。江與王約曰：「臣至北平，以礮響為號，二次礮響則決圍，三次礮響則進城。若不聞第三礮，則臣戰死矣。臣若入城中，既聞外間救至，則守城軍士勇氣自倍，宜令軍士人帶十礮為殿者，放礮常不絕聲，則遠近皆謂大軍既來，平保兒必駭散矣。」保兒，安小字也。王大喜，然其計。江乃率兵渡滹沱，由間道行，張旗幟，夜多舉火炬。至則與安戰，果如其策，大敗之，斬獲數千人，安還走真定。
方孝孺門人林嘉猷嘗居北平邸中，知高煦、高燧弗恭於燕世子。中官黃儼素奸險，儼方曲事高燧。高燧與世子協守北平，高煦從燕王軍，時時傾世子。而是時河北師老無功，德州餉道絕，方孝孺乃言於上曰：「兵家貴間，燕父子兄弟可間而離也。世子誠見疑，王必北歸；王歸而我餉道通，事乃可濟。」上善之，立命孝孺草書，遣錦衣衛千戶張安如燕貽世子，令歸朝廷，許以王燕。世子得書，不啟封，遣人並安等送軍前。中官黃儼者，比書至北平，則已先使人馳報燕王曰：「世子且反。」王疑之，問高煦。高煦曰：「世子固善太孫。」語未竟，世子所遣使以書及張安至。燕王啟視，遽曰：「嗟乎！幾殺吾子！」乃囚安等。
盛庸等檄大同守將房昭引兵入紫荊關，略保定諸縣，駐兵易州西水寨。寨在萬山中，昭欲據險為持久計，窺北平。燕王在大名，聞之，曰：「保定股肱郡，保定失，即北平危矣，豈可不援。」遂下令班師。
八月，師北渡滹沱河，至完縣，諸山寨民來附，悉慰遣之，令孟善填保定。諜報吳傑遣都指揮韋諒以兵萬餘轉餉房昭軍。燕王曰：「昭據西水寨，寨所乏糧耳。使真定饋餉入，昭得固守，未易拔也。」率精騎三萬邀擊，破之。又命朱榮等以兵五千圍定州。燕王曰：「我圍房昭寨急，真定必來援，然摧敗之餘，進必不銳。我姑輕騎往定州，彼聞必速來，來則據險以待，我還兵合擊，必敗之。援兵敗，寨可不攻下也。」時圍寨久，寨軍多南人，天寒衣薄，會夜霜月，燕王令四面皆吳歌，南軍聞之，多淚下，有潛下寨降者。十月，真定援兵果至，燕王自定州還，與圍寨兵合擊南兵於峨眉山下，令勇士卷旆登山，潛出陣後，張旗幟，寨中望見大駭，與真定兵俱潰。斬首萬餘級，墜崖死者甚眾，獲其將花英、鄭琦、王恭、詹忠等，惟房昭、韋諒走免。遂破西水寨，還師北平。
十一月，遣駙馬都尉梅殷鎮守淮安。殷尚太祖女寧國公主，有才智，太祖特眷注之。臨崩，帝與殷侍側，受顧命，太祖謂帝曰：「燕王不可忽！」顧語殷曰：「汝老成忠信，可托幼主。」出誓書及遺詔授之，曰：「敢有違天者，為朕伐之。」言訖，崩。至是，燕兵漸逼，諸將多選懦觀望，乃召募淮南兵民，令軍士號四十萬，命殷統之，駐淮上以扼燕師。既而燕王遺殷書，以進香金陵為辭。殷答曰：「進香，皇考有禁，遵者為孝，不遵者不孝。」割使者耳鼻，口授數語，詞甚峻，王怒。
遼東守將楊文與王雄等引兵圍永平，略薊州、遵化諸郡縣。燕王遣劉江率眾趨永平。命江曰：「爾至永平，敵必遁歸山海，勿追之，但聲言還歸北平。既出，則以夜卷旗囊甲，復入永平城中，楊文聞爾還北平，復來，爾速出擊之，必大獲。」江如言，果敗文兵於昌黎，殺數千人，獲將士王雄等。燕王還北平，悉縱遣之，仍令歸諭楊文等。時燕王起兵三年，所得止永平、大寧、保定，旋得旋棄，戰死者甚多。南軍分佈頗盛，時時告捷，廷議多謂燕出沒勞苦，軍少不足慮。帝又御內臣甚嚴，皆怨望，遂密謀戴燕王，告以金陵空虛，宜乘間疾進。王亦太息曰：「頻年用兵，何時可已？政當臨一決，不復返顧矣。」於是踰城不攻，決計趨金陵。
十二月，燕師出北平，駐軍蠡縣，復移營汊河，命李遠率輕兵前哨。
四年春正月，命魏國公徐輝祖率京軍往援山東。燕李遠兵至藁城，遇德州裨將葛進領馬步萬餘為前鋒，乘冰渡滹沱河，半渡，遠進擊之。進望見遠兵少，斂退，繫馬林間，以步卒來戰，遠佯卻。進來追，遠分兵潛出其後，解縱所繫馬，前軍奮擊之。進軍退，失馬，遂大敗，斬首四千餘級，進僅以身免。燕將朱能率輕騎千人，哨至衡水，遇都督平安遣兵復通州，能擊之，斬首七百餘級，生擒部將賈榮等。燕王乃以師由館陶渡，見一病卒，仆道傍，王命左右以從馬載之，曰：「壯士為我也。」聞者感泣。進攻東阿，破之，指揮詹璟被執，吏目鄭華死之。攻汶上，都指揮薛鵬被執。師至沛縣，知縣顏伯瑋知勢不敵，遣縣丞胡先詣徐州告急，預送其子有為出走，令還告其父母云：「子職弗能盡矣。」賦詩書公署壁間。夜二鼓，師至東門，指揮王顯以城降，師遂入。伯瑋衣冠南向再拜，慟哭曰：「臣無以報國。」乃自縊死。子有為不忍去，復還自剄以從。無何，將士擒主簿唐子清、典史黃謙至，皆死之。胡先還，收伯瑋父子屍，葬之城南。沛縣既破，燕師遂向徐、淮。燕王久不見南師出，遣番騎指揮款臺帥十二騎前覘，至鄒縣，遇南師轉餉卒三千人，款臺大呼，馳入其陣，曰：「燕王大軍至矣！」轉餉卒驚潰，擒千戶二人歸。燕王曰：「款臺以十二騎破三千人，真壯士。」命左右錄其功。遂進師徐州，守將閉城不出。燕王欲驅兵南進，而士卒多散出取糧，恐後至者為城中兵所掩，乃伏兵九里山，又先匿百餘騎演武亭，令數騎往來城下誘之。城中兵不出，乃嫚罵，焚其廬舍，徐發一矢射城上，抵暮乃去。明日復如之。城中不勝怒，乃開門，以兵五千出追。所遣騎按轡徐行，既渡河，礮舉伏發，燕王親率勁騎馳西門，斷其歸路，腹背夾擊之。城中兵大潰，爭渡橋，橋壞，溺死千餘人，斬首數千級，餘皆奔入城。後單騎往來城下，城中兵竟不敢出，乃以師南行。
三月，師趨宿州，燕王謂諸將曰：「敵綴我，當備之。」乃留都指揮金銘將游騎百人哨其後，戒之曰：「敵至，見爾孤軍，必追襲，爾列隊徐行，彼疑爾為誘，必不敢進。吾令都指揮冀英先以數騎伏河南，覘爾渡河，如敵來追，即舉礮。敵疑有伏，猶豫未決，爾師畢渡矣。」銘往，果遇南軍萬餘，徐行臨河。南軍來追，冀英連舉礮，南軍即斂退，銘遂得渡河，與燕王會宿州，乃進兵蒙城、渦河等處。平安率馬步兵四萬躡燕軍，燕王曰：「此濱河多林木，彼必疑有伏；淝河地平少樹，彼不疑，可伏兵。」遂親率騎二萬，持三日糧，至淝河按伏，敕諸軍皆束炬相屬於道，戒之曰：「俟與敵戰，則舉火。一炬舉，餘炬皆應。敵見舉炬火多，必驚潰。」按兵數日，敵不至，糧且盡，諸將請還師。燕王曰：「彼遠來，銳氣求戰，肯委之而去耶！但一敗其前鋒，彼自奪氣，姑按甲待之。」時迫暮，令番騎指揮款臺以數騎往哨，去南營四十里，聞其更鼓，還報：「南軍且必至。」王喜，命王真、劉江各將百騎往逆之，戒以緣路按伏，遇敵，誘入伏，與戰。又令王真束草置囊中，如束帛狀，載馬上，南軍來追，擲於地，使往取亂之。真等進與安軍遇，相接戰，南軍追至，擲囊餌之，南軍競往取囊，陣稍亂。又入伏內，伏發，南軍還走，燕王率兵至，平安以三千騎走北岸，燕王以數十騎當之。平安裨將火耳灰者，故燕番騎指揮，素驍勇，被召入京師，遂隸平安麾下，持槊直犯燕王。相距十步許。燕王令胡騎指揮童信射其馬，蹷，遂獲火耳灰者。其部曲哈三帖木耳亦勇，見火耳灰者被獲，持矟突陣，亦射擒之。平安易服以數騎走，燕王率兵追之，南軍大敗，驍將林帖木兒等被執。平安退屯宿州。是日，釋火耳灰者，令入宿衛，諸將以為言，不聽。
燕兵破蕭縣，知縣陳恕死之。燕王以師向臨淮，諭將士曰：「我師利在速戰。敵駐宿州，為持久計，若斷其糧餉，彼不攻自潰矣。」乃遣譚清帥兵至徐州，擊轉餉兵，大破之，南至淮河，又燒餉舟甚眾。清還，南軍圍之。燕王見清旗幟，亟馳往援，鐵鉉來戰，燕軍不利，卻。王馳入陣，火耳灰者翼之，殺南軍數十人，南軍披靡，欲南遁，燕王常以騎兵綴之。又遣陳文、李遠哨淮河，擊敗守淮兵數千人。
夏四月，平安營於小河，燕兵據河北，燕王令陳文扼要處為橋，先渡步卒輜重，騎兵隨之。遂分兵守橋。明日，總兵何福列陣十餘里，張左右翼，緣河而東，燕王帥騎兵戰。福麾步兵而前，爭所守橋，福率後軍來援，奮擊，破之，俘獲數百人，遂斬陳文於陣。平安轉戰，圍王真數重，真身被十餘創，自刎馬上。平安遇王於北坂，王急，幾為安槊所及，馬蹷，不得前，燕番騎指揮王騏躍馬入陣，援燕王，得脫。南軍奪橋而北，勇氣百倍。燕將張武率勇敢士自林間突出，與王騎合，擊卻之。指揮丁良、朱彬被執，燕將都指揮韓貴亦戰死。於是南軍駐橋南，北軍駐橋北，相持者數日。南軍糧盡，採蕪而食。燕王曰：「南軍饑，更一二日，饟稍集，未易破也。」乃留兵千餘守橋，而潛移諸軍輜重去南營三十里，夜半，渡兵而南，繞出其後，比旦，始覺。時徐輝祖軍至。甲戌，大戰齊眉山，自午至酉，勝負相當。蔚州衛千戶李斌馬蹷，為南軍所擒，猶力斬數人乃死。是時南軍再捷，王真、陳文、李斌皆驍將，敗沒，燕諸將皆懼，說燕王曰：「軍深入矣。暑雨連綿，淮土蒸濕，且疾疫。小河之東，平野多牛羊，二麥將熟，若渡河擇地，休息士馬，觀釁而動，可持久也。」燕王曰：「兵事有進無退。勝形成矣，而復北渡，士不解體乎？公等所見拘攣耳！」下令曰：「欲渡河者左，不欲渡河者右！」諸將多趨左。王怒曰：「公等自為之！」朱能曰：「諸君勉矣！漢高十戰而九不勝，卒有天下，豈可有退心！」燕王不解甲者數日，南軍相慶。時廷臣有曰：「燕且北矣，京師不可無良將。」帝因召輝祖還，何福軍聲遂孤。時南軍所至，掘塹作壘為營，軍士通夕不得休，暨成而將旦復行，往往虛敝人力，故臨陣之際，卒先罷困。燕王行營，不為塹壘，但分佈隊伍列陣為門，敵不敢犯，故將士至營即得休息自便，暇則射獵周覽地勢，得禽輒頒將士，每拔破壘，悉以所獲財物賚之，人樂為用。至是對壘日久，諜報南師糧運且至。燕王語諸將曰：「敵慮我擾，必分兵護之，乘其兵分勢弱，必不能支。」遂遣朱榮、劉江等率輕騎截南軍餉道，又令游騎擾其樵採。何福乃下令移營靈壁就糧。
時南軍運糧五萬，平安帥馬步六萬護之，使負糧者居中。燕王覘知之，分壯士萬人遮援兵，而令高煦伏兵於林間，戒伺敵戰疲即出擊。於是躬率師逆戰，以騎兵為兩翼。安引軍突至，殺燕兵千餘，矢下如雨。王麾步軍縱擊，橫貫其陣，斷而為二，南軍遂亂。何福等出壁，與安合擊，殺燕兵數千，卻之。高煦窺見南師罷，即帥眾自林間突出，王還兵掩擊其後。福等大敗，殺傷萬餘人，喪馬三千餘匹，燕師盡獲其糧餉。福等以餘眾入營，塞壘門堅守。是夜，福下令：期明日聞礮聲三，即突圍出，師就糧於淮河。庚辰，燕軍攻靈壁營，王躬率諸將先登，軍士蟻附而上。燕兵三震礮，福軍誤為已礮，急趨門，門塞不得出，營中紛擾，人馬墜濠塹皆滿，燕兵急擊之，遂破其營。指揮宋垣力戰死，何福遁走，副總兵陳暉、平安，參將都督馬溥、徐真，都指揮孫晟、王貴等皆被執，參贊軍務禮部侍郎陳性善、大理寺丞彭與明，皆死之。平安被俘見王，曰：「淝河之戰，公馬不躓，何以遇我？」安大言曰：「刺殿下如拉朽耳。」王太息曰：「高皇帝好養壯士！」釋之，遣還北平。自是南軍益衰矣。黃子澄聞之，撫膺大慟曰：「大事去矣！吾輩萬死不足贖誤國之罪！」是月，上用齊泰、黃子澄謀調遼兵十萬，至濟南與鐵鉉合，以絕燕兵後。總兵楊文至直沽，遇燕將宋貴截殺，師潰，文被執，竟無一人至濟南者。
五月，燕兵至泗州，守將周景初舉城降燕。
燕王謁祖陵，泣曰：「橫罹權奸幾不免矣。幸賴祖宗，得今日拜陵下！」陵下父老來見，悉賜牛酒，慰勞遣之。師抵淮，盛庸領馬步兵數萬，戰艦數千，列淮之南岸，燕兵列北岸相對。燕王命艤舟編筏，揚旗鼓噪，指麾若將渡者，南軍望之，有懼色。潛遣丘福、朱能、狗兒等將驍勇數百，西行二十里，以小舟潛濟，南軍不之覺也。及漸近營舉礮，南軍駭愕，福等前奔之，南軍棄甲走。庸股栗不能上馬，其下掖之登舟，單舸脫去。北兵盡獲其戰艦，遂濟淮駐南岸是日攻下盱眙，燕王乃會諸將，議所向。或欲先取鳳陽，遏其援兵，乃以兵趨滁、和，集舟渡江，別遣一軍西搗廬州，出安慶據長江之險。或欲以淮、揚為根本，次取高郵、通、泰以及真、揚，遂可渡江無後顧憂。燕王曰：「鳳陽城守固非盡力攻取不易下，恐震驚皇陵。淮安高城深池，兵強糧足，若攻之不拔，曠日持久，援兵四集，力屈形見，非我之利。今宜乘勝直趨揚州，指儀真。兩城勢單弱，兵至可招之而下。既得真、揚，則淮安、鳳陽人心自懈，我聚舟渡江，久則必有內變。」諸將皆頓首稱善。遂以師趨揚州，遣使吳玉招諭守將王禮。
先是禮聞燕師至，謀舉城降。時監察御史王彬巡江、淮，治揚州，倚任指揮崇剛練兵，繕濬城濠，晝夜不解甲，與彬共守揚州城禮既有異謀，彬與剛知之，執禮及其黨繫獄。有力士能舉千斤，彬常以自隨，燕兵飛書城中，有縛王御史降者官三品，左右憚力士莫敢縛。禮弟宗者，厚誘力士母，呼其子出。會彬解甲浴盤中，為千戶徐政、張勝所縛，遂出禮於獄，開門降。庚子，燕兵至天長，禮等縛二人以獻不屈，皆死。燕王遂至揚州，命禮同指揮吳庸等，諭下高郵、通、泰諸城，並集舟以備渡江。燕兵至高郵，指揮王傑降。遂克儀真，立大營於高資港儀真既破，北舟往來江上，旗鼓蔽天。京師聞北兵漸近，益危懼，遣侍中許觀、修撰王叔英募兵廣德諸郡，都御史練子寧募兵杭州。燕王駐師江北，朝廷六卿大臣多為自全計，求出守城，都城空虛。帝下詔罪已，遣使四出，征勤王兵。方孝孺曰：「事急矣，宜以計緩之，遣人許割地。稽延數日，東南募兵當至，長江天塹，北兵不閒舟楫，相與決戰於江上，勝敗未可知。」帝從之，乃以呂太后命，遣慶城郡主如燕師議和，以割地分南北為請。郡主，燕王從姊也。燕王見郡主哭，郡主亦哭。燕王問：「周、齊二王安在？」郡主言：「周王召還，未復爵；齊王仍拘囚。」燕王益悲不自勝。郡主徐申割地議，燕王曰：「凡所以來，為奸臣耳。皇考所分吾地且不能保，何望割也！但得奸臣之後，謁孝陵，朝天子求復典章之舊，免諸王之罪，即還北平，祗奉藩輔，豈有他望。此議蓋奸臣欲緩我師，俟遠方兵至耳！」郡主默然，辭歸。燕王送之出，曰：「為我謝天子，吾與上至親相愛，無他意，幸不終為奸臣所惑。更為我語諸弟妹，吾幾不免，賴宗廟神靈，得至此，相見有日矣。」郡主還，具言之。帝出，語方孝孺，且問曰：「今奈何？」孝孺曰：「長江可當百萬兵。江北船已遣人燒盡，北師豈能飛渡。」
寧波知府王璡、永清典史周縉，募兵勤王。
六月癸丑朔，燕王命都指揮吳庸集高郵、通、泰船於瓜州，命內官狗兒（狗兒後賜名彥回。）領都指揮華聚為前哨。兵至浦子口，盛庸諸將逆戰，敗之。燕王欲且議和北還，會高煦引北騎至，王大喜，遽起按甲，仗鉞撫煦背曰：「勉之！世子多疾。」於是煦殊死戰燕王率精騎直衝庸陣，庸軍小卻。朝廷大臣多遣使來燕軍獻渡江及入京城策者。帝方遣都督僉事陳瑄率舟師往援庸，瑄乃降燕。時兵部侍郎陳植督師江上，麾下謀迎降，金都督首欲叛去，植以大義責之，遂為所殺。金率眾降燕，且邀賞，燕王立誅之，具棺斂植，遣官護葬於白石山。
乙卯，陳瑄具舟至江上來迎，燕王乃祭大江之神，誓師渡江，舳艫相銜，旌旗蔽空，金鼓大震，微風輕揚，長江不波。盛庸所駐海艘，列兵沿江上下二百里，皆大驚愕。師漸近岸，庸等整眾以禦。燕王麾諸將鼓噪先登，以精騎數百衝庸軍，庸師潰，追奔數十里，庸單騎遁，餘將士皆解甲降。諸將請逕薄京城，燕王曰：「鎮江咽喉之地，若城守不下，往來非便。先下鎮江，則彼勢益危矣。」乃令來降海舟懸黃幟往來江中，鎮江城中望見，驚曰：「海舟皆已降，吾將何為？」其守將童俊率眾降。帝聞江上海舟暨鎮江皆降，甚憂鬱，徘徊殿廷間，召方孝孺問計。孝孺即班中執李景隆，請誅之，曰：「壞陛下事者，此賊也。」群臣鄒公瑾等十八人，即殿前毆景隆幾死請亟加誅，不聽。孝孺曰：「城中尚有勁兵二十萬，城高池深，糧食充足。盡撤城外居民驅入城，城外積木，皆令民運入彼無所據，其能久駐乎！」帝從之，下令軍民商賈晝夜撤屋運木。盛暑中，饑渴勞苦，死者相枕藉。民憚於運木，多自縱火焚其居火連日不息。西南城崩，役兵民修築，未竟，東北復崩，民晝夜不得息。方孝孺請令諸王分守城門，乃命谷王橞、安王楹分守都城門，遣李景隆及兵部尚書茹瑺、都督王佐往龍潭，仍以割地講和為辭，觀虛實以待援兵。景隆、瑺至龍潭見燕王，伏地叩頭而已。燕王笑曰：「勤勞公等至此，有言乎？」景隆等惶恐叩頭，稍稍及割地事。燕王曰：「公等說容耶！始吾未有過舉輒加之大罪，削為庶人，云：『大義滅親。』吾今救死不暇，何用地為！且今割地何名？皇考裂土分封吾故有地矣。此又奸臣計也。凡所以來，欲得奸臣耳。公等歸奏上，但奸臣至，吾即解甲謝罪闕下，謁孝陵，歸奉北藩，永祗臣節天地神明在上。」景隆、瑺還報命。帝令景隆再如師，言罪人已竄逐，候執至來獻。景隆趑趄，帝令諸王與偕。既至燕王見諸王相勞苦，諸王具述帝意。燕王曰：「諸弟試謂斯言誠偽。」諸王曰：「大兄洞見矣。」燕王曰：「吾來，但欲得奸臣耳，不知其他。」遂宴諸王，遣歸。帝會群臣慟哭。或勸帝且幸浙，或曰不若幸湖湘。方孝孺請堅守京城以待援，萬一不利，車駕幸蜀，收集士馬，以為後舉。齊泰奔廣德州，黃子澄奔蘇州逃難，且促徵兵。時王叔英在廣德募兵，無應者。子澄欲航海徵兵於外洋，不果。帝太息曰：「事出汝輩，而今皆棄我去乎！」長吁不己。
癸亥，燕先鋒將劉保、華聚哨至朝陽門外。燕王慮京城完繕，四方或有勤王者，日夜為攻城計，乃命保等領先鋒騎兵千餘，哨至朝陽門。覘知無備，還報，燕王大喜乃整兵而進。先是，左都督徐增壽謀應燕，御史魏公冕等請誅之，不聽。至是，燕兵進屯金川門，帝乃命左右捽增壽至，責以大義，斬之。時谷王橞與李景隆守金川門，燕兵至，遂開門降。魏國公徐輝祖率師迎戰，敗績。王馳千餘騎衛周、齊二王。周王曰：「吾死矣同！」曰：「燕王之騎兵也。」乃喜，入見，拜且哭，燕王亦哭。已，並轡至金川門，下馬登樓。燕王具言被讒罹禍，不得已舉兵之由，與周王相勞苦。時朝廷文武俱降，來迎。帝左右唯數人，遂盡閉諸后妃宮內，縱火焚之，挈三子變服出走，倉皇復棄三子於宮門，被燕軍執寘師中，帝遂遜國去。是日，茹瑺先群臣叩頭勸進，文臣迎附知名者：吏部右侍郎蹇義，戶部右侍郎夏原吉，兵部侍郎劉俊，右侍郎古樸、劉季篪，大理寺少卿薛喦，翰林學士董倫，侍講王景，修譔胡靖、李貫，編修吳溥、楊榮、楊溥，書黃淮、芮善，待詔解縉，給事中金幼孜、胡濙，吏部郎中方賓，禮部員外宋禮，國子助教王達、鄭緝，吳府審理副楊士奇，桐城知縣胡儼。
揭榜左班文臣二十九人：太常寺卿黃子澄，兵部尚書齊泰，禮部尚書陳迪，文學博士方孝孺，副都御史練子寧，禮部侍郎黃觀，大理少卿胡閏，寺丞鄒瑾戶部尚王鈍，侍郎郭任、盧迥，刑部尚書侯泰，侍郎暴昭，工部尚書鄭賜，侍郎黃福，吏部尚書張紞，侍郎毛太亨，給事中陳繼之，御史董鏞、曾鳳韶、王度、高翔、魏冕、謝升，前御史尹昌隆，宗人府經歷宋徵、卓敬，修譔王叔英，戶部主事巨敬。燕王指以上諸人為奸臣，別其首從。先是，出賞格：凡文武官員軍民人等綁縛奸臣，為首者升官三級，為從者升二級；綁縛官吏，為首者升二級，為從者升一級。有司奉旨出示。
自是擒獲得官者甚眾，乘機報私讎，劫掠財物者紛紛，雖禁不能止也。既而鄭賜、王鈍、黃福、尹昌隆皆迎駕歸附，自陳為奸臣所累，乞宥罪；令復其官。以茹瑺、李景隆言，並宥張紞，復為吏部尚書，餘皆不宥。尋復揭榜於朝堂，增徐輝祖、葛成、周是修、鐵鉉、姚善、甘霖、鄭公智、葉仲惠、王璉、黃希範、陳彥回、劉璟、程通、戴德彝、王艮、盧原質、茅大芳、胡子昭、韓永、葉希賢、林嘉猷、蔡運、盧振、牛景先、周璇等共五十餘人。丙寅，諸王及文武臣請即位，燕王曰：「予始遘於難，不得已以兵救禍，誓除奸惡，安宗社，庶幾周公之勳。不意少主不亮予心自絕於天；今纘承洪業，當擇有才德者，顧予菲薄，豈敢負荷。」諸王及文武大臣皆頓首曰：「天生聖人，為宗社生民主。今天下者太祖之天下，生民者，太祖之生民，天下豈可一日無君。殿下為太祖嫡嗣，德冠群倫，功在社稷，宜正天位，使太祖萬世之洪業，永有所托。」
丁卯，諸將上表勸進，戊辰，諸王上表勸，進燕王再辭。諸王群臣頓首固請，燕王乃命駕。將入城，學士楊榮迎駕，前曰：「殿下先入城耶？先謁孝陵耶？」燕王悟，遂謁孝陵，畢，入城。燕王曰：「諸王群臣以為奉宗廟宜莫如予，宗廟事重，予不足稱；今辭弗獲，勉徇眾志諸王群臣各宜協心，輔予不逮。」遂詣奉天殿即皇帝位，諸王文武群臣皆上表稱賀。復周王橚、齊王榑封爵。先是，建文中，有道士歌於途曰：「莫逐燕，逐燕日高飛，高飛上帝畿。」已而忽不見。人莫能測，至是始驗其言云。
清宮三日，諸宮人、女官、內官多誅死，惟得罪於建文者乃得留。上詰問宮人內侍以建文帝所在，皆指認后屍應焉。乃出屍於煨燼中，哭之曰：「小子無知，乃至此乎？」召翰林侍讀王景問：「葬禮當何如？」景對曰：「當葬以天子之禮。」從之。復諸殿門舊名。革去興宗孝康皇帝廟號，仍舊諡，號懿文皇太子。遷太后於懿文陵。降封吳王允熥為廣澤王，衛王允熞為懷恩王，徐王允熙為敷惠王。尋復降允熥、允熞為庶人，允熙改封甌寧王，後皆不得其死。
追封都督徐增壽為武陽侯。帝念增壽之死，痛悼不已，故即位首褒封之，尋進爵定國公子孫世襲。中山王之後，一門二公焉。下魏國公徐輝祖於獄。時武臣無一人不歸附者，惟輝祖不屈，帝親召問，輝祖不出一語始終無推戴意。法司迫取供招，輝祖默然，操筆惟書其父開國功臣，子孫免死而已。帝大怒，以元勳國舅，欲誅又輒中止，徘徊久之，竟從寬典，止勒歸私第，革其祿米而已。
錄用建文中所罷斥諸臣馬興、張得、李諒等，宥前御史尹昌隆，命為北平按察司知事。初，燕兵南下，昌隆上書言：「今事勢日去，而北來奏章有周公輔成王之語，不若罷兵息戰，許其入朝。彼既欲伸大義於天下，不應便相違戾。設有蹉跌，便須舉位讓之，猶不失藩王也。若沈吟不斷，禍至無日，進退失據，雖欲求為丹徒布衣，不可得矣。」不報。及是，按名捕治奸黨，昌隆被執，將就刑，當陛大呼曰：「臣曾上章勸以位讓陛下，奏牘尚存可覆案也。」帝乃命停刑，閱其奏，流涕曰：「火燒頭，若早從此言，南北生靈可免酷禍，朕亦無此勞苦也。」詔貸其死。
得建文時群臣封事千通，命解縉等閱視，凡言兵食事宜者留覽，餘有干犯者，悉焚之。既而從容問縉等曰：「爾等宜皆有之。」眾稽首未及對，修譔李貫對曰：「臣實無之。」帝曰「爾以獨無為賢耶！食其祿，則思任其事。當國危之際，近侍獨無一言，可乎？朕非惡乎盡心於建文者，但惡導誘建文，壞祖宗法，亂政經耳！爾等前日事彼，則忠於彼，今日事朕，則忠於朕，不必曲自隱蔽也」
帝臨朝，詰問建文中變亂官制，顧侍臣太息曰：「只如群臣散官一事，前代沿襲，行之已久，何關利害，亦欲改易；且陵土未乾，何忍紛紛為此。」又曰：「凡開創之主，其經歷多，謀慮深，每作一事，必籌度數日乃行，亦欲子孫世守之。故《詩》、《書》所載後王之言，必曰『不愆不忌，率由舊章』。乾戒警後王，必曰『率乃祖攸行』，曰『監於先王成憲』，此皆老成之言。後世輕佻慆諛之徒，以其私智小見導嗣君改易祖法，嗣君不明，以為能而寵任之，徇小人之智謀，至於國弊民叛而喪其社稷者有之矣，豈可不以為戒！」時吏部尚書張紞懼，退而自經死。
秋七月壬午朔，大祀天地於南郊，以即位詔天下，大赦，仍以洪武三十五年為紀，改明年為永樂元年。建文以來祖宗成法有更改者，悉復舊制。幽建文帝少子於中都廣安宮，後莫知所終。
召前北平按察使陳瑛至京，以為都察院右副都御史。初，瑛坐交通藩邸，謫廣西。帝即位，首召用之。瑛怨建文諸臣最深，既而瑛奏言：「建文之臣如黃觀、廖升、王叔英、周是修、顏伯瑋皆不順天命而效死於建文，計其存心，與叛逆無異，宜加追戮。」帝曰：「朕初舉義，誅奸臣，不過齊、黃數輩耳。其後二十九人中，如張紞、王鈍、鄭賜、黃福、尹昌隆等，皆宥而用之。今汝所言數人，其身已死，況有不與二十九人之數者，彼食其祿，自盡其心耳。」不聽。
擢戶部侍郎夏原吉為戶部尚書。初，原吉自福建召還，帝欲大用之，忌者或沮之曰：「彼建文用事之臣，豈宜置之高位。」上曰：「原吉，父皇太祖之臣也，彼忠於太祖，故忠於建文，豈不忠於朕哉！」逾月，遂進擢尚書。
九月，封賞從征將士，封丘福為淇國公，朱能為成國公，張武為成陽侯，鄭亨為武安侯，顧成鎮遠侯，王聰武成侯，陳珪泰甯侯，孟善保定侯，郭亮成安侯，王忠靖安侯，徐忠永康侯，張信隆平侯，李遠安平侯，徐祥興安伯，徐理武康伯，李濬新城伯，唐雲新昌伯，孫巖應城伯，趙彝忻城伯，陳旭雲陽伯，張玉子張輔信安伯，譚淵子譚忠新寧伯。已上並子孫世世承襲。封房寬為思恩侯，子孫世襲指揮；房勝為富昌伯，劉才廣恩伯，子孫世襲指揮同知。以曹國公李景隆，兵部尚書茹瑺，都督王佐、陳瑄有默相事機功，增景隆祿一千石；封茹瑺忠誠伯，王佐順昌伯，陳瑄平江伯，子孫世襲指揮使。以駙馬都尉王寧罹誣陷，封永春侯，子孫世世承襲。餘將士論功有差。
成祖永樂元年，詔以北平布政司為北京，設留守及行部官。改北平為順天府。
谷應泰曰：
天未厭兵，孝康蚤世。燕王在北怏怏，非少主臣也。然而高帝賓天，太孫即位，令帝開誠佈公，杜釁修睦，几杖之賜頻及，智囊之計不行，獄詞燒燬，曲庇梁王，朝士留章，封還錢俶，羈縻之道亟行，柴草之謀未決也。若謂事憂厝火，計決徙薪，季友進酒而叔牙亡，玄武喋血而建成敗，當其堂皇不避，升陛不拜，則相如奏築，血犯秦王，朱虛行酒，追斬呂氏，抑數武士力耳，齊、黃獨不能乎！建文仁柔類元帝，舉事則學景、宣，齊、黃迂謹類王陵，進謀則效鼂錯。先主已去，操乃追擊當陽，劉裕辭歸，玄乃悔使京口。為燕王者，將散甲歸兵，縛見天子乎？抑束手無策，闔門自焚也？遣張昺，遣謝貴，彼豈能擒燕王者哉！速之反而假以名也。
燕既起兵，非帝殺王，即王弒帝。其傳檄天下，自比周公，上書帝闕，欲清君側，呼忱日月，指誓河山。藉令帝囚縛齊、黃，歸致燕館，亦或開門延叔，握手迎師，王敦既收伯仁，安能反臣姑孰，侯景朝見太極，惟有幽帝東堂。史稱文帝伏犀日角，皇孫落月偏顱，天生兩人，聚於一宮，久無瓦全之理矣。而齊、黃用兵，罪自難逭。真定之戰，炳文所將三十萬；鄭灞村之戰，景隆所將五十萬；白溝河之戰，景隆合兵又三十萬；滹沱河之戰，盛庸所將猶二十萬，合天下之兵，握一人之手。不知燕王單旅孤城，利於戰不利於守，利於合不利於分。向令山東、北平堅城深溝，繕甲儲粟，驍將數十輩，各將數萬眾，分據險阻，出沒敵間，進破滎陽，彭越燒其糧道，南追漢王，韓信收其河北，燕王雖百戰百勝，久且左支右詘，寧能縱馬飲濟水之西，加矢及聊城之上乎！奈何挾萬全之勢，搏匹夫之勇，驚飈掃葉，疾電奔雷，執九江於朝堂，哭包胥於海外，嗚呼！晚已。
獨是建文之初，昇平繼體，海宇晏清。而燕王橫貪天位，腼顏人上。子突入而昭公出奔，曲沃盛而孝侯遇弒，毋亦弱肉強食，豈為天與人歸。宜乎練子寧噀血地上，書成王安在，而方孝孺衰絰大罵，以為不立成王之子弟也。當其大內灰飛，緇衣宵遁，為燕王者急宜降德音，下明詔，咸與維新，計安反側。而乃縣賞討奸，清宮戮御，斬祛之怨旁及五宗，射鉤之嫌蔓延婦寺，國君含詬，固如是乎！至若司馬之心久暴於路人，齊鸞之謀早形於咨議，乃猶南向讓三，連章勸進者，欺天乎？吾誰欺也！
幸而即位之後，山東首給農器，雲南不輕用兵，省視旱蝗，周諏郡縣，敕吏部以拔幽隱，顧學士以求直言，而且耀武邊陲，尊崇先聖，政事之美，頗斑斑可考焉。然以予論之，梁皇弒主，肺石達冤，衛武篡兄，賓筵好學，蓋曲終奏雅，逆取順守，亦晚蓋之常規，非哲王之天性也。
本章完!