太祖洪武二年夏四月，時倭寇出沒海島中，數侵掠蘇州、崇明，殺略居民，劫奪貨財，沿海之地皆患之。太倉衛指揮僉事翁德帥官軍出海捕之，遇於海門之上幫，及其未陣，麾兵衝擊之，斬獲不可勝計，生擒數百人，得其兵器海艘。命擢德指揮副使，其官校賞綺幣白金有差，仍命德領兵往捕未盡諸寇。
三年三月，遣萊州同知趙秩，持詔諭日本國王良懷，令革心歸化。日本，古倭奴國，在東海中，綰波而宅。自玄菟、樂浪底於徐聞、東筦，所通中國處，無慮萬餘里。國君居山城，所統五畿、七道、三島，為郡五百七十有三。然皆依水附嶼，大者不過中國一村落而已。戶可七萬，課丁八十八萬三千有奇。自元帥討日本者沒於水，不得志，日本亦不復來貢。至是，帝遣使諭降之。
四年冬十月癸巳，日本國王良懷遣其僧祖朝來進表箋，貢馬方物，並僧九人來朝，又送至明州、臺州被掠男子七十餘人，詔賜文綺答之。
十二月，詔靖海侯吳楨籍方國珍所部溫、臺、慶元三府軍士，及蘭秀山無田糧之民嘗充船戶者，凡十一萬一千七百餘人，隸各衛為軍。仍禁濱海民不得私出海，時國珍餘黨多入海剽掠故也。禎既至，三郡每挾私意，多引平民為兵，瀕海大擾。寧海知縣王士弘曰：「吾寧獲死罪，不可誣良民為兵。」即上封事，詞甚切，上立罷之。
六年春正月，德慶侯廖永忠上言：「今北邊遺孽，遠遁萬里之外，獨東南倭寇負禽獸之性，時出剽掠，擾瀕海之民。陛下命造海舟，剪捕此寇，以奠生民，德至盛也。然臣竊觀倭彝竄伏海島，因風之便，以肆侵略，來若奔狼，去若驚鳥。臣請令廣洋、江陰、橫海水軍四衛添造多櫓快船，令將領之。無事則沿海巡徼，以備不虞。倭來則大船薄之，快船逐之。彼欲為內寇，不可得也。」上從之。
七年夏六月，倭寇胶海，靖海侯吳禎率沿海各衛兵，捕至琉球大洋，獲倭寇人船，俘送京師。
十三年春正月，胡惟庸謀叛，約日本，令伏兵貢艘中。會事覺，悉誅其卒，而發僧使於陝西、四川各寺中，示後世不與通。
十七年春正月，倭頻寇浙東，命信國公湯和巡視海上。築山東，江南、北，浙東、西海上五十九城，咸置行都司，以備倭為名。
二十年二月，置兩浙防倭衛、所。夏四月戊子，命江夏侯周德興往福建福、興、漳、泉四郡視要害，築海上十六城，籍民為兵，以防倭寇。增置巡檢司四十有五，分隸諸衛。
二十二年冬十二月，倭寇寧海，尋犯廣東。
二十七年春二月，倭寇浙東，命都督楊文、劉德、商暠巡視兩浙。復命魏國公徐輝祖、安陸侯吳傑往浙，訓練海上軍士，同楊文等防倭。
秋八月，命吳傑同永定侯張全往廣東，訓練海上軍士防倭。
冬十月，倭寇金州。
三十一年春二月，倭寇山東、浙東。
成祖永樂元年，日本王源道義遣使入貢，賜冠服文綺，給金印。四年冬十月，平江伯陳瑄督海運至遼東。舟還，值倭於沙門，追擊至朝鮮境上，焚其舟，殺溺死者甚眾。
九年春正月丙戌，命豐城侯李彬、平江伯陳瑄等率浙江、福建舟師剿捕海寇。三月，中軍都督劉江守遼東，不謹斥堠，海寇入寨，殺邊軍。上怒，遣人斬江首；既而宥之，使圖後效。
夏五月，倭寇浙東。
十四年夏五月，敕遼東總兵、都督劉江及緣海衛、所備倭寇，相機剿捕。命都督同知蔡福等率兵萬人，於山東沿海巡捕倭寇。
六月，倭舟三十二艘泊靖海衛楊村島，命福等合山東都司兵擊之。
十二月，置遼東金州旅順口望海堝、左眼、右眼、三手山、西沙洲、山頭、爪牙山敵臺七所。
十五年春正月，倭寇浙江松門、金鄉、平陽。冬十月，遣禮部員外郎呂淵等使日本。先是，帝命太監鄭和等齎賞諭諸海國，日本首先歸附，詔厚賚之。封其鎮山，賜勘合百道，與之期，期十年一貢。無何，捕倭將士寇數十俘獻京師，俱日本人，群臣請誅之，以正其罪。上乃遣淵賜敕切責之。
十七年夏六月，遼東總兵、都督劉江大破倭寇於望海堝。先是，江巡視各島，至金州衛金線島西北望海堝上。其地特高廣，可駐兵千餘。詢諸土人，云：「洪武初，都督耿忠亦嘗於此築堡備倭，離金州城七十餘里。凡寇至，必先經此，實濱海咽喉之地。」上疏：「請用石壘堡，置煙燉瞭望。」上從之。一日，瞭者言：「東南夜舉火有光。」江計寇將至，亟遣馬步官軍赴堝上堡備之。翼日，倭寇二千餘乘海□直逼堝下，登岸魚貫行。一賊貌醜惡，揮兵率眾，勢銳甚。江令犒師秣馬，略不為意。以都指揮徐剛伏兵於山下，百戶江隆帥壯士潛燒賊船，截其歸路。乃與之約曰：「旗舉伏起，鳴礮奮擊，不用命者，以軍法從事。」既而賊至堝下，江被髮舉旗鳴礮，伏盡起。繼以兩翼並進。賊眾大敗，死者橫仆草莽，餘眾奔櫻桃園空堡。官軍追圍之，將士奮勇，請入堡剿殺。江不許，特開西壁以待其奔，分兩翼夾擊之。生擒數百，斬首千餘。間有脫走□者，又為隆等所縛，無一人逸者。凱還，將士請曰：「將軍見敵，意思安閒，惟飽士馬。及臨陣，作真武披髮狀。迨賊入堡，不殺而縱之，何也？」江曰：「窮寇遠來，必勞且饑。我以逸飽待饑勞，固治敵之道。賊始魚貫而來，為蛇陣，故披髮作此狀以鎮服之。所以愚士卒之耳目，作士卒之銳氣。賊既入堡，有死而已。我師攻之，彼必致死，未必無傷。寇出，縱其生路，即『圍師必缺』之意。此固兵法，顧諸君未察耳。」事聞，上賜敕褒進，封江廣寧伯，子孫世襲，將士賞賚有差。先是，元末瀕海盜起，張士誠、方國珍餘黨導倭寇出沒海上，焚民居，掠貨財，北自遼海、山東，南抵閩、浙、東粵，濱海之區，無歲不被其害。至是，為江所挫，斂跡不敢大為寇。然沿海稍稍侵盜，亦不能竟絕。
英宗正統四年夏四月，倭寇浙東。先是，倭得我勘合，方物戎器滿載而東。遇官兵，矯雲入貢。我無備，即肆殺掠，貢即不如期。守臣幸無事，輒請俯順倭情。已而備禦漸疏。至是，倭大暠入桃渚，官庾民舍焚劫，驅掠少壯，發掘塚墓。束嬰孩竿上，沃以沸湯，視其啼號，拍手笑樂。得孕婦卜度男女，刳視中否為勝負飲酒，積骸如陵。於是朝廷下詔備倭，命重師守要地，增城堡，謹斥堠，合兵分番屯海上，寇盜稍息。
世宗嘉靖二年五月，日本諸道爭貢，大掠寧波沿海諸郡邑。鄞人宋素卿者，初奔日本。正德六年，與其國人源永壽來貢。其從父澄識之，告素卿附倭狀。守臣以聞，置不問。至是，其主源義植幼闇不能制命，群臣爭貢，各強給符驗。左京兆大夫內藝興遣僧宗設，右京兆大夫高貢遣僧瑞佐及宋素卿先後至寧波，爭長不相下。故事：番貨至，市舶司閱貨及宴坐，並以先後為序。時瑞佐後，而素卿狡，賄市舶太監。先閱佐貨，宴又坐設上。宗設不平，遂與佐相讎殺。太監又以素卿故，陰助佐，授之兵器。而設眾強，拒殺不已，遂毀嘉賓堂，劫東庫，逐瑞佐及餘姚江，佐奔紹興。設追之城下，令縛佐出，不許，乃去。沿途殺掠至西霍山洋，殺備倭都指揮劉錦、千戶張鏜。執指揮袁璡、百戶劉恩。又自育王嶺奔至小山浦，殺百戶胡源，浙中大震。設負固據海岙，巡按御史歐珠、鎮守太監梁瑤奏聞，逮素卿下獄待訊。倭自是有輕中國心矣。
給事中夏言上言：「倭患起於市舶。」遂罷之。初，太祖時雖絕日本，而二市舶司不廢。市舶故設太倉黃渡。尋以近京師，改設福建、浙江、廣東。七年罷，未幾復設。蓋以遷有無之貨，省戌守之費，禁海賈，抑奸商，使利權在上也。自市舶內臣出，稍稍苦之。然所當罷者市舶內臣，非市舶也。至是，因言奏，悉罷之。市舶罷，而利權在下。奸豪外交內詗，海上無寧日矣。
四年二月，宋素卿伏誅。初，宗設遁海島不獲，獨素卿及瑞佐下獄。會朝鮮兵徼海者，得其魁仲林望、古多羅等三十三人，國王李懌奏獻闕下。於是發仲林等至浙，責與素卿對簿，備鞫遣貢先後及符驗真偽。既悉，有司以爰書上請，乃論素卿死，釋瑞佐還本國。
十八年，國王源義植復以修貢請，許之。期以十年，人無過百，船無過三。然諸夷嗜中國貨物，人數恒不如約，至者率遷延不去，每失利云。
二十五年，倭寇寧、臺。自罷市船後，凡番貨至，輒主商家。商率為奸利，負其責，多者萬金，少不下數千，索急，則避去。已而主貴官家，而貴官家之負甚於商。番人近島坐索其負，久之不得，乏食，乃出沒海上為盜。輒構難，有所殺傷，貴官家患之。欲其急去，乃出危言撼當事者。謂：「番人泊近島，殺掠人，而不出一兵驅之，備倭固當如是耶！」當事者果出師，而先陰泄之，以為得利。他日貨至，且復然。如是者久之，倭大恨，言：「挾國主貲而來，不得直，曷歸報？必償取爾金寶以歸。」因盤據島中不去。並海民生計困迫者糾引之，失職衣冠士及不得志生儒亦皆與通，為之鄉導，時時寇沿海諸郡縣。如汪五峰、徐碧溪、毛海峰之徒，皆華人，僭稱王號。而其宗族妻子田廬，皆在籍無恙，莫敢誰何。
巡按浙江御史陳九德：「請置大臣，兼巡浙、福海道。開軍門治兵捕討，聽以軍法從事。」從之。乃以朱紈為右副都御史，巡撫浙江兼攝福、興、泉、漳。未至，而泊寧波、臺州諸近島者已登岸，攻掠諸郡邑無算，官民廨舍焚毀至數百千區。巡按御史裴紳劾防海副使沈瀚，守土參議鄭世威因乞：「敕紈嚴禁泛海通番，勾連主藏之徒。」從之。紈乃下令禁海，凡雙檣艅艎，一切毀之，違者斬。乃日夜練兵甲，嚴糾察，數尋舶盜淵藪，破誅之。因上言：「去外盜易，去中國盜難。去中國群盜易，去中國衣冠盜難。」遂鎸暴貴官家渠魁數人姓名，請戒諭之。不報。於是福建海道副使柯喬、都司盧鏜捕獲通番九十餘人以上，紈立決之於演武場，一時諸不便者大嘩。蓋是時通番，浙自寧波、定陽，閩自漳州月港，大率屬諸貴官家，咸惴惴重足立，相與詆誣不休。諷御史周亮、給事中葉鏜奏改紈為巡視。
未幾，紈復上言：「長嶼諸處大俠林參等，號稱『刺達總管』，勾連倭舟，入港作亂。更有巨奸，擅造艅艎，走賊島為鄉導，躪海濱。鞫論明確，宜正典刑。」章下兵部，侍郎詹榮覆奏：「中國待外裔，不以向背責之，以昭天地之量。紈所論坐，俱關重刑。乞下都察院覆核。」從之。於是御史周亮等劾紈「舉措乖方，專殺啟釁」。因及福建防海副使柯喬、都指揮使盧鏜「黨紈擅殺，宜置於理」。帝遂奪紈官，命還籍聽理。遣給事中杜汝禎往福建，會巡按御史陳宗夔訊喬等，並核紈事。汝禎、宗夔勘紈「聽信奸回，柯喬、盧鏜擅殺無罪，皆當死」。奏下兵部，尚書丁汝夔如其議上。帝從之，命喬、鏜繫福建按察司待決。紈恚自殺，士論惜之。遂罷巡撫御史，不復設。
三十年夏四月，浙江巡按御史董威、宿應參前後請寬海禁，下兵部尚書趙錦復議，從之。自是舶主土豪益自喜，為奸日甚，官司莫敢禁。
三十一年夏四月，倭寇犯臺州，破黃巖，大掠象山、定海諸邑。
汪直者，徽人也。以事亡命走海上，為舶主渠魁，倭人愛服之。倭勇而戇，不甚別死生。每戰輒赤體，提三尺刀舞而前，無能捍者。其魁則皆浙、閩人，善設伏，能以寡擊眾。大群數千人，小群數百人，而推直為最，徐海次之。又有毛海峰、彭老生不下十餘帥，列近洋為民害。至是，登岸犯臺州，破黃巖、四散、象山、定海諸處，猖獗日甚。知事武偉敗死，浙東騷動。
秋七月，廷議復設巡視重臣。以都御史王忬提督軍務，巡視浙江海道及興、漳、泉地方。忬巡撫山東，聞命即日至浙。度所治軍府皆草創，而浙人柔脆不任戰。所受簡書輕，不足督率吏士。乃上疏請假事權，誅賞得便宜。且欲嚴內應之律，寬損傷之條。剿撫勿拘。從之，改巡視為巡撫。忬乃任參將俞大猷、湯克寬為心膂，征狼、土諸兵及募溫、臺諸下邑桀黠少年，分隸諸將，布列瀕海各鎮堡，嚴督防禦。浙人恃以無恐云。
三十二年春三月，王忬破倭於普陀諸山。初，忬廉知俞大猷、湯克寬材勇，既虛已任之。而都指揮盧鏜坐前都御史朱紈事，尹鳳坐贓累，俱繫獄。忬知其能，奏釋之，以為別將，亦募兵分帥之，日犒撫激勵，欲得其死力。倭魁汪直等結砦海中普陀諸山，時出近洋襲官軍。忬偵知之，乃夜遣俞大猷帥銳兵先發，而湯克寬以巨艘佐之，逕趨其砦，縱火焚之。倭倉皇覓艅艎走，官軍隨擊，大破之，斬首一百五十餘級，生獲一百四十三人，焚溺死者無算。值颶風發，兵亂，汪直等乘間率眾逸去。都指揮尹鳳復以閩兵邀擊於表頭、北茭諸洋，斬首百餘級，生獲二百餘人。先後以捷聞，賜白金、文綺有差。
夏四月，汪直、毛海等既潰散，剽忽往來不可測，溫、臺、寧、紹俱罹其患。參將湯克寬率兵循海堧，護城堡，捕奔輳，斬獲亦相當。於是賊移舟而北，犯蘇、松郡。二郡素沃饒，賊至捆載而去。有蕭顯者，尤桀狡，率勁倭四百餘，屠上海之南匯、川沙，逼松江而軍。餘眾圍嘉定、太倉，所過殘掠不可言。王忬遣都指揮盧鏜倍道掩擊，斬蕭顯。餘眾復奔入浙，俞大猷等邀殺殆盡。先是，吳、浙間人習選懦，而文武大吏復不能以軍法繩下，遂至破昌國、臨山、霩□、乍浦、青村、柘林、吳松江諸衛所，圍海鹽、平湖、餘姚、海寧、上海、太倉、嘉定諸州縣。忬不欲冒功，有所隱沒，隨擊走之。計倭所得亦不償失，前後俘斬共三千餘級，東南賴之。
五月，給事中賀涇奏：「留都根本重地，海洋密邇；鎮江、京口乃江、淮咽喉；瓜步、儀真又漕運門戶。請設總兵駐鎮江。」從之。
秋七月，太平府同知陳璋，敗倭於獨山，斬首千餘，餘眾浮海東遁。
冬十月，倭寇太倉州，攻城不克，分掠鄰境。有失舟倭三百人，突至平湖、海寧等縣。自獨山之敗，倭東遁，江南稍寧。惟崇明南泊失風者，幾三百人，不能去。總兵湯克寬及僉事任環留兵守之。
環屬兵三百，皆新募，勵以必死。不入與家人訣，為書赴之而去。親介冑臨陣，士無敢不用命者。環敝衣芒履，與士雜行伍，依草舍間，囓糒飲水，同甘苦。至是，相守不下，賊潛出沒，環常夜追之，出其前後。宰夫佩恐有失，衣環衣，介馬而馳，故賊不知所取。環嘗匿溝中，賊過之不知。匿至明，士始得之。又遇矢石，士以死捍環。環被傷，舁之至水濱，梁已撤丈餘，超而過。追急，宰夫留禦之，死焉。環求其首，為流涕，親酬之。相拒數月，不克。克寬復督邳、漳等兵擊之，敗績，失亡四百人。官軍疫，不能攻，乃開壁東南陬，倭遂潰圍出，掠蘇、松各州縣。百餘人由華亭縣漴缺登岸，流劫至木涇、金山衛，移舟泊寶山。克寬引舟師迎擊，及於高家嘴，毀其舟，斬七十三級，生擒十四人。倭別隊失風至興化，殺千戶葉臣卿。知府黃士弘、指揮張棟擊殲之。時沿海諸奸民乘勢流劫，真倭不過十之二三。
三十三年三月，倭自太倉潰圍出，乃掠民舟入海，趨江北，大掠通州、如臯、海門諸州縣，復焚掠鹽場。有漂入青、徐界者，山東大震。
改王忬為右副都御史，巡撫大同，以徐州兵備副使李天寵代之。忬在浙江，薦盧鏜，釋柯喬，激勵諸將。鄧城、劉堂、孫敖等爭奮逐北，以死綏著節。復廣為偵刺，凡沿海大猾為倭內主者，悉繫之，按覆其家。自是倭不復知中國虛實與所從嚮往。而艅艎在海中者，亦無以菽粟火藥通，往往食盡自遁。又行視諸郡邑未城者，計寇緩急，次第城之，凡三十餘所。杭州官吏以烽火不時發，日集坊民登陴守，多怨苦。忬曰：「吾斥堠明，無慮弗及，奈何先敵受困耶！」令罷之，一郡皆歡。至是去，以徐州兵備副使李天寵為僉都御史代忬。忬去，而浙復不寧矣。初，忬薦盧鏜為參將鎮閩。閩人故忌鏜，劾鏜「兇險不可用」。罷之。而沿海大猾且言「忬令大猷搗巢非計」。欲搖動忬，忬不為動。已而南京各官復薦鏜，乃用鏜為參將，而以俞大猷為浙直總兵。以南京兵部尚書張經總督浙、福南畿軍務。時朝議方征狼、土兵剿倭，以經嘗總督兩廣有威惠，為狼、土所戴服，故用之。敕令節制天下之半，便宜從事，開府置幕，自辟參佐。經亦慷慨自負，中外忻然，謂倭寇不足平。
夏四月乙亥，倭寇自海鹽趨嘉興，參將盧鏜禦之，稍卻。次日，復戰於孟宗堰。伏發，殺官軍四百人，溺死無算，都司周應禎等死之。賊乘勝入據石墩山，分兵四掠。攻嘉興府，城副使陳宗夔帥兵禦卻之，焚其舟。賊遯入乍浦，與長沙灣寇合犯海寧諸縣。既而東掠入海至崇明，夜襲破其城，知縣唐一岑死之。倭自崇明進薄蘇州，大掠。
六月，倭自吳江掠嘉興，都指揮夏光禦之，背王江涇而陣。倭鼓噪而前，我兵大潰。光急入舟，中流矢溺死。蘇州倭寇至嘉善，轉掠松江出海，總兵俞大猷擊敗之於吳松，所擒七人，斬二十三級。
八月，倭寇自嘉興還屯採淘港、柘林諸處，進薄嘉定。會募兵，參將李逢時、許國以山東民鎗手六千人至，與賊遇於新涇橋。逢時率麾下先進，敗之。賊退據羅店，官軍追及之，斬八十餘人。許國恨逢時與同事，不約已。乃別從間道擊賊，欲分逢時功。追至採淘港，乘勝深入，伏起，大潰，溺水死者千人，指揮劉勇等死之。
工部侍郎趙文華上言：「倭寇猖獗，請禱祀東海以鎮之。」帝命往祀，兼督察沿海軍務。文華至浙，凌轢官吏，公私告擾，益無寧日。
三十四年，柘林倭奪舟犯乍浦、海寧，攻陷崇德，轉掠塘西、新市、橫塘、雙林、烏鎮、菱湖諸鎮，杭城數十里外，流血成川。巡撫李天寵束手無策，惟募人縋城，自燒附郭民居而已。張經駐嘉興，援兵亦不時至。副使阮鶚、僉事王詢竭力禦之，僅免失陷。致仕僉都御史張濂目擊時事，痛之，乃上言：「臣本杭人，頃復家居五載，頗知海寇始末。始以海禁乍嚴，遂致猖獗。而督、撫因循玩愒，養成賊勢。夫堂堂會城，閉門旬日，已有垂破之勢。徒以意得志滿而去，更無一兵一旅阻其去來。城寇野心，欲如谿壑，能保其不復至哉？臣恐賊退之後，又復收拾傷殘首級，虛張功次，以欺陛下。仍有從而庇之者，則罰罪之典，又移而為賞功之命矣。臣寓父母之邦，同舟共濟，志惟切於報君，嫌何避於出位，敢以三策為陛下陳之。一曰重軍法以作積弱之氣。士惟力戰而後克敵，亦惟畏法而後力戰。今江南非無義勇也，迎敵九死，退走十生，何怪其有退而無進哉。軍法之行，不在行陣而在平時，誠得必死之士萬夫，海寇百萬不足平矣。一曰選民兵以收必勝之功。夫江南衛、所，已成虛設，地方有急，輒假外兵。餬口而來，原非義勇；掉臂而去，莫可勾查。臣愚以為莫若盡散調募之兵，專責州縣立保伍，更番較閱，期於不擾。一遇有警，按籍而呼，共保身家。寇小至，則率眾以攻之；大至，則堅壁以守之。一曰復海市以散從賊之黨。夫海市舊制，原非創設。向使瀕海之軍衛如故，則市舶未為害也。惟武備日弛，不能制變。而後海禁漸嚴，倭寇乏食，海寇由之以起。惟軍民既練，寇掠則懼遭斬獲，交易則可保首領。彼雖至愚，必不以彼易此。然後相機稍復海市之舊，不惟散已聚之黨，而瀕海窮民假此為生，又足以收未潰之人心。」
夏四月，廣西田州土官婦瓦氏引狼、土兵至蘇州，總督張經分隸總兵俞大猷等殺賊。時倭據川沙窪、柘林為巢，經冬涉春，新倭日至，地方甚恐。聞狼兵至，人心稍安。賊分眾三千過金山衛，俞大猷遣游擊白泫及瓦氏兵邀之，稍有斬獲。趙文華至松江，因謂狼兵可用，厚犒之。使擊賊至漕涇，遇倭數百人，戰不勝，頭目鍾富、黃維等十四人俱死，失亡甚眾。於是賊知狼兵不足畏，復縱掠如故。
倭犯江北淮、揚諸處，前後由通州之餘東場、海門之東夾港登岸，流劫狼山、利河諸鎮，呂四、余西諸場。復突入通州南門，燒民屋二十餘間而去。三丈浦倭賊分掠嘗熟、江陰村鎮，兵備任環督保靖土兵及知縣王秩統兵三千攻其巢，破之。賊奔江陰川沙窪，駕舟出海。官兵縱火焚其巢。賊舟一至戚家墩，游擊白泫、劉恩邀獲之，江陰賊亦出江東遁。
五月，張經破倭於王江涇。逮經及巡撫都御史李天寵，俱下詔獄，論死。初，經至浙中，用將佐何卿、沈希儀輩，名位已抗，驕不為用，而新拔士又慓猾不任兵，所征田州兵瓦氏、山東鎗手俱不受律，連戰敗衄，望大損。侍郎趙文華出視師，頤指凌經。經自以大臣位出文華上，文華恚，則連疏劾經，謂：「其才足辦賊，特以閩人避賊讎，故縱賊耳。」帝大怒，會臺諫亦有言者，趣官校逮捕經。時倭寇自柘林犯嘉興，經遣參將盧鏜督狼、土兵水陸攻之，大敗賊於石塘灣。賊北走平望，俞大猷邀擊，奔平望至王江涇，永順宣慰官舍彭翼南攻其前，保靖宣慰使彭藎臣躡其後，遂大敗之。斬首二千級，溺死者稱是。餘眾奔柘林，縱火焚其巢，駕舟二百餘艘出海遁。自有倭患來，此為戰功第一。而文華論經之疏已上矣。捷聞，兵科言：「宜留經平倭以自贖。」不聽，並李天寵、湯克寬俱逮至京，以縱寇論死。文華既疏劾經，奏以巡按御史胡宗憲為僉都御史，代天寵巡撫。而以周珫代經。未幾，復罷珫，以南京戶部侍郎楊宜為總督。
倭寇自海洋突犯蘇州，南京都督周於德來援，一戰而敗，鎮撫蘇憲臣被殺。賊中分其眾：一由齊門、撞馬頭而北，轉掠滸墅關、長洲、五都地。一由胥門、木櫝而南，轉掠吳縣、橫鎮，蔓延嘗熟、江陰、無錫之境。出入太湖，莫能禦者。
御史屠仲律上言：「宜守平陽港，拒黃花澳，據海門之險，則不得犯溫、臺。塞寧海關，絕湖口灣，遏三江之口，則不得窺寧、紹。扼鱉子門，則不得近杭州。防吳淞江，備劉家河，則不得掩蘇、松、嘉興。責江南守令，以訓練土兵，保全境內為殿最。沿海沙民鹽徒及打生手，宜收錄並力禦賊。」詔從之。
川沙窪倭賊犯閘港、周浦，僉事董邦政、游擊周藩擊之，遇賊驚潰，藩被創死。賊屯石塘橋，流劫崑山、石浦。六月，倭寇蘇、常諸縣，嘗熟知縣王秩、江陰知縣錢錞及居鄉參政錢泮各督士民出禦，力屈死之。旋復寇蘇州，民爭入城。門不啟，號呼震野，乘陴者望之而歎。攀援上者，又縋絕而下。任環還自儀真，曰：「奈何坐視之？縱有覘諜，我在無患也。」乃出辟門，令男女以列進，所活蓋數萬人。復率解明道兵出城力戰，賊退入太湖。遣舟師邀之，乃棄所獲逸去。環以功進副使。環復擊賊馬跡山，圍逃倭嘉定民家，投火爇之，盡死。既而環有親喪，詔留之，任事如故。
八月，倭賊百餘自上虞爵溪所登岸，犯會稽高埠，奪民居據之。知府劉錫、千戶徐子懿圍之。賊潛縛木筏由東河夜渡，潰圍而出。居鄉御史錢鯨，遭於蟶浦見殺。賊自杭州西掠於潛、昌化，至嚴州淳安。以浙兵迫急，突入歙縣，流劫至南陵，趨太平，操江兵扼之。賊引而東，犯江寧鎮，指揮朱襄率勇士數百人禦之。是時賊已至板橋，襄等不知，方袒裼縱酒。突遇，盡為所殲。遂由安德、鳳臺、夾岡沿鄉搶掠，趨秣陵關。時應天府推官羅節卿、指揮徐承宗率兵千人守關，望風奔潰。賊過關而去，自南京出秣陵，流劫溧水、溧陽，趨宜興、無錫，一晝夜奔一百八十里至滸墅關。南直巡撫曹邦輔慮與柘林賊合，且為大患。乃親督兵備王崇古，會集各部兵，扼其東路，四面蹙之，隨地與戰。親召僉事董邦政、指揮樓宇以沙兵助剿，一戰斬首十九級。賊始卻奔吳舍，欲走太湖。覺之，追及於楊家橋，盡殲其眾。賊自紹興高埠流劫杭、嚴、徽、寧、太平，犯南都，六七十人經行數千里，殺傷無慮四五千人，歷八十餘日始滅。邦輔以捷聞，歸功僉事邦政。時趙文華聞寇且滅，欲攘功，急趨赴之。比奏，則邦輔己先之。文華怒，會柘林賊進據陶家港，文華乃悉簡浙兵，得四千人。文華及胡宗憲親將之，營於松江之磚橋。約邦輔以直兵會剿。浙兵分四道，直兵三道，東西並進。賊悉銳衝浙兵，諸營皆潰，損失軍士千餘人。直兵亦陷賊伏中，死者二百餘人，賊勢大張。文華恨邦輔。至是，乃以罪委之，及僉事邦政。詔下邦政總督逮問。既而刑科給事中孫濬言：「後期之罪，不在直兵。今蘇、松士民交稱邦輔實心任事。而流劫留都之倭，又為邦輔所滅，功績顯然。遽請罪斥，文華非是。」兵科給事中夏栻亦言之。上乃申飭文華「秉公視師，以圖大效」。已而邦政及指揮樓宇賞竟不及，文華惡之也。邦輔旋亦謫戌邊，巡按直隸御史張雲路為論奏，不報。
十一月，止徵狼、土諸兵。土兵瓦氏等至浙，驕悍不受約束。所過殘掠，百姓苦之。於是總督楊宜力請止徵，從之，命兩廣督臣隨路掣止。
閏十一月，給事中孫濬上言：「防倭諸臣既有巡撫、督兵，又有總督及都察重臣，事權不一，牽掣靡定，迄無成功。」兵部覆奏：「諸臣職守：督察主竭忠討寇，實核布聞；總督主徵集官兵，指授方略；巡撫主督理軍務，措置糧餉；總兵主設法教練，身親戰陳。至於有司，責在保安地方，固守城隍。」帝然之，命行諸臣，各遵敕諭施行。
十二月，趙文華疏乞還京，許之。文華初奉命至浙，適狼兵瓦氏等至，知倭厚畜，銳意請戰。文華惑之，亟趨張經進戰，不得，則上書痛詆。經被逮，代經者周珫、楊宜皆無遠略，賊勢益熾。及瓦氏戰敗，攻陶宅餘倭，復大衄。始知賊未易圖，有歸志。至是，川兵破周浦賊，俞大猷復有海洋之捷。文華遽言：「水陸成功，請還。」然是時海洋回倭泊浦東、川沙窪舊巢。及嘉定、高橋皆倭據如故。
副使任環率永順、保靖土兵剿新場倭寇。時賊眾二千人，皆伏不出，而詐令人舉火於數里外，若將引去者。上舍彭翅先入嘗之，不見一人。於是頭目田菑、田豐等爭入，伏發，皆死之。賊豕突去。未幾，復攻上海，環以輕兵三百及之，擊敗於五里橋、習家墳。又以兵援崑山，而身間行抵太倉、毛家、葛隆諸屯。賊方會集治攻具，衝梯隊道，肉薄而登。環率死士飛刃砍之，連碎其首，矢石交下，相殺傷甚眾。又縋兵下突而前，賊漸氣奪，遂棄委走。環既居憂哀毀，又積苦兵間，疾作卒。
三十五年春正月，巡撫御史周如斗參總督楊宜、提督曹邦輔「輕率寡謀，致川兵敗於東溝，苗兵敗於新場，東兵敗於四橋，乞罷黜」。時上深以南寇為憂，疑趙文華言餘寇將滅為不實。屢問大學士嵩，嵩曲為營解，上意終不釋。文華懼，因言：「餘寇指日可滅。督、撫非人，一敗塗地，皆因吏部尚書李默恨臣前歲劾其同鄉張經，思為報復。臣繼論曹邦輔，則嗾給事夏栻、孫濬媒孽臣及胡宗憲，黨留邦輔浙直總督，又不用宗憲而用王誥。然則東南塗炭何時可解？陛下宵旰何時可釋也？」默因得罪，宜削籍為民，邦輔亦被逮。罷王誥，以宗憲為兵部侍郎兼僉都御史。
夏四月，倭薄溫州，同知黃釧馳檄出迎擊，被執。倭欲還之，索千金為贖。釧罵之不置，倭怒，磔殺之。江北倭流劫至圌山、山北等港，無為州同知齊恩率舟師迎戰，敗之，斬首百餘級。恩長子尚文，次子嵩，叔仲實，弟寶榮，姪慎、寅、友良、大卿，孫童俱在行間。嵩年十八，驍勇善射，獨前追賊至安港，恩等從之。伏發，恩及其家丁錢鳳等二十一人力戰，皆死之，獨嵩、慎、寅三人得脫。賊遂乘勝至金山，殺鎮江千戶沈宗玉、王世良於江中。
倭率眾數千自乍浦入，欲犯杭州。游擊將軍宗禮帥兵九百禦之，逆戰於三里橋，分左右翼夾擊，三戰三捷，獲首功七十餘級。賊首徐海等皆辟易，稱為神兵。會橋陷軍潰，禮與鎮撫侯槐、何衡，義官霍貫道力戰，俱陷陣死之。禮驍勇敢戰，所部箭手三千人皆壯士。事聞，贈恤有差。
總督胡宗憲奏：「遣生員蔣洲、胡可願使倭砦，傳諭渠魁，令無犯順」。從之。已而可願等還，言「倭渠欲通貢市」。宗憲以聞，下兵部集議，不可，乃止。
倭圍巡撫阮鶚於桐鄉。初，鶚督學浙江，開武林門納難民，全活數萬人，超擢巡撫。方倭之寇嘉興也，鶚議主剿，而胡宗憲議主撫，不相能。倭自嘉興轉寇桐鄉，氛益銳，去來實徐海、麻葉領之，陳東附焉。東，薩摩王弟書記也。宗憲謀間之，遣辯士說海。海心動，私語桐鄉守兵曰：「吾已款督府矣。城東門陳黨，善備之。」是夕，海道崇德而西，東方急攻桐鄉。宗憲說海縛麻葉，因偽為麻葉書致東，令圖海，故達海所。東、海中自疑，始解圍去。
五月，御史邵惟忠上言：「倭薄通州，圍未解。餘眾自狼山轉掠瀕江諸郡縣。而瓜、儀為留都門戶，鎮、常乃漕運咽喉，不可視為緩圖。宜大集兵，敕諸臣戮力靖亂。」下兵部議，「請調河南睢、陳及山東八衛，陝西延綏兵及徐、沛募兵，敕遣才望大臣一人總督，以為犄角，保障留都」。帝然之。已命兵部侍郎沈良才矣，嚴嵩揣知上覺趙文華欺罔，且見譴，乃令文華自以其意請復視師。嵩為言：「良才不勝任，江南人引領俟文華至。」上乃止良才，命文華以工部尚書兼右副都御史總督浙、福、直隸軍務。文華既至浙，假監督權凌脅百官，搜括庫藏百萬計。兩浙、江、淮、閩、廣所在徵兵集餉，留漕粟，除京帑，給醝課，迫富民脫兇惡，浪授官職。於是外寇未寧，而內憂益甚。
六月，倭入慈溪縣，知縣柳東伯亡。初，王忬在浙，計城各邑未城者，慈溪士人獨持不可。至是，倭眾大至，知縣不知所御，攜印組亡去。殘殺民人無算，而縉紳尤甚，始悔失計。東伯失守，當坐死。以無城可憑，削籍為民。省祭官杜槐與其父文明率兵追敗倭於王家團。海道劉起宗委槐防餘姚、慈溪、定海。未幾，與賊遇於白沙。一日三戰，殺賊三十餘人，斬其一帥，槐被創墜馬死。文明別將兵擊倭於演武場，斬白眉倭帥一，從七，生擒二。倭驚遁，呼為「杜將軍」。已而追至奉化楓樹嶺，以兵少無繼，陷陣死。倭薄海鹽，指揮徐行健、程祿，百戶方存仁逆戰死之。
八月，海寇徐海伏誅。初，胡宗憲以簪珥遺徐海侍女翠翹、綠珠，令日夜說海，縛陳東以報朝廷。海且感，而趙文華方治兵擊海，宗憲佯曰：「彼且縛陳東，何戰為？」海果賂薩摩王弟縛東以獻。於是海勢日孤。海自念數有功，又信羅龍文誘，約八月入謁督府於平湖。海先期以數百人冑而入，宗憲、文華、鶚坐堂上，海等叩罪，復謝宗憲。宗憲下堂摩其頂，曰：「朝廷且赦若，慎勿再虞。」厚犒遣之。海既出，知官兵大集，自疑。宗憲使使諭之曰：「官兵防東黨，爾毋恐。」海請居東沈莊，陳東居西沈莊。又令東詐為書遺其黨，曰：「海約官兵夾剿汝矣。」東黨果疑相攻。海令裨將辛五郎歸島，宗憲密遣盧鏜計擒之。文華調兵六千既集，移營薄沈莊。督之急，宗憲猶心憐海不欲遽戰。文華迫之，宗憲乃下令與總兵俞大猷整師前進。海知事變，掘深塹自守，柵數重，官兵望之不敢入。阮鶚檄趨之，大猷乃從海鹽進攻東沈莊，破之。又追擊於梁莊，會大風，縱火，諸軍鼓噪乘之，賊大潰，斬獲一千六百餘級，海倉徨溺水死。引出，斬其首。浙、直海寇平。海，故杭之虎跑寺僧，雄海上，稱「天差平海大將軍」。至是，捷書上，文華皆襲為已有。帝命械繫首惡至京正法。時浙東仙居、浙西桐鄉二寇略平。其分掠海門者，把總張成敗之。江北寇流入常、鎮者，總兵徐珏敗之，蘇、松、寧、紹相繼告捷。兵部奏文華功，帝從之，降敕令文華還京。論平倭功，加文華少保，宗憲右都御史，各任一子錦衣千戶，餘升賞有差。倭俘麻葉、陳東等械繫至京，禮、兵部請獻俘，從之，群臣俱賀。
時倭略平，惟舟山賊據險結巢未下，官兵環守之不能克。諸狼、土兵俱已遣歸，而川、貴兵六千人始至。胡宗憲方留防春汛，隸俞大猷經營舟山之賊。會夜大雪，大猷乃督兵四面攻之。賊悉銳出敵，官軍競進。賊敗歸，乃以棕蓑卷火擲之，賊四散潰出，斬首一百四十餘級，餘悉焚死。
三十六年冬十一月，海寇汪直伏誅。徐海等既死，汪直復糾眾三千餘入寧波岑港，大掠四境。汪直，徽人也。宗憲亦徽人，乃以金帛厚賂誘之，云：「若降，吾以若為都督。」置海上通互市，乃迎直母與其子入杭厚撫之。而奏遣生員蔣洲往諭，與之盟。直信之，遂自奮言：「能肅清海波，贖死命。」與其黨毛海峰、葉碧川等從蔣洲來杭州。洲至，而直未至，人疑其詐。巡按週斯盛請罷貢罪洲，於是逮洲獄，洲乃陳諭倭始末，及言「直以誠來，其未至，必風阻耳」。已而直果乘巨舟，遣頭目數十人隨來，泊舟定海。蓋初舟實為颶風所損也。宗憲使人招直，直願見洲，洲方對理。疑其觖望不遣，遣千戶夏正質其舟。直素與正善，不疑。遂詣軍門請罪，具言自效狀。宗憲待以賓禮，使指揮為其館主，給輿夫出入，復出蔬米酒肉供饋其舟人，日費數百金，且交質為信。因具狀聞，請赦之。科臣王國禎力持不可。疏入，上謂「直元凶不可赦」。宗憲乃密檄按察司收直等斬之。論平倭功，加宗憲太子太保，餘皆遷賞。然直雖就誅，而三千人皆直死士無所歸，益恚恨，復大亂。
三十七年春二月，倭犯潮州之鮀浦，攻蓬州千戶所。僉事萬仲分部水陸兵馬，東西哨攻之。臨敵而哨兵皆潰，領哨千戶魏岳、高洪俱死。尋犯福州，巡撫阮鶚不能禦，取庫銀數萬兩賂之。以新造大舟六艘，俾載而去。
夏四月，倭掠臺州臨海之三石鎮，約數千人，總督胡宗憲擊走之。
倭攻福清，破之，執知縣葉宗文。舉人陳見率家僮禦賊不克，與訓導鄔中涵俱罵賊死。
五月，自海口出港，參將尹鳳引舟師擊之，沈其舟七，斬首六十餘級，生擒七人，餘眾遁去。鳳追擊東洛外洋，復敗之，銃傷及溺水死者甚眾，福、興患少熄。
倭攻惠安，知縣林咸乘城禦之，攻五晝夜不克，丁壯死者數百人。倭亦失亡相當，乃引去。咸率兵擊倭鴨山，乘勝追奔，陷伏中死之。倭分犯同安、長樂、漳、泉諸處。
秋七月，以浙江岑港海寇未平，詔奪總兵俞大猷、參將戚繼光職，期一月蕩平，命胡宗憲督之。初，宗憲遣毛海峰誘降汪直，直至，下獄，海峰遂與倭目善妙等五百餘人燒船登岸，列柵舟山，阻岑港而守。官軍四面圍之，屢斬獲。然海中數苦毒霧，賊憑高死鬥，先登者多陷沒，新倭復大至。冬十月，岑港倭移巢柯梅，胡宗憲屢督兵討之，不能克。
兵備副使谷嶠捍禦海上，屢破倭。制府以捷聞，進山東參政。
三十八年春三月，倭寇自象山河金、纜井諸處焚舟登岸，海道副使譚綸與賊戰於馬岡，敗之，斬首七十級。
總督胡宗憲上言：「舟山殘孽，移住柯梅，即共焚巢夜徙，力已窮蹙，勢易成擒。而總兵俞大猷、參將黎鵬舉邀擊不力，縱之南奔，播害閩、廣，宜加重治。」上命逮大猷、鵬舉至京訊治。時人言籍籍，謂倭之開洋也，宗憲實陰遣之。倭南行泊浯嶼，焚掠君民。由是福建人大噪，謂宗憲嫁禍。御史李瑚數其三大罪。瑚與大猷俱福建人。宗憲疑大猷漏言，故委罪以自掩。而大猷不善滑刺，素不為嚴世蕃所喜，故有是逮。廷臣惜大猷才，共假貸得三千金，饋世蕃，不死，罷職，發大同立功。
夏四月，江北倭趨通州，總兵鄧城禦之不利，指揮張谷被殺。倭進據白蒲鎮，兵備副使劉景韶以游擊丘升擊白蒲倭於丁堰、如臯、海安，三戰三捷。賊謀犯揚州，景韶復督升等以火攻其老營，擊敗之，焚死二百人。賊逸入潘家莊，盡銳攻之，先後斬首三百餘級。初，賊自南沙登岸犯通州，至是剿絕。廟灣倭合眾攻淮安，參將曹克新禦之，戰於姚家蕩，自寅至申，大敗之，斬首四百七十級。賊遁入姚莊，縱火焚莊，死者二百七十餘，賊退入廟灣拒守。劉景韶督兵擊倭於印莊，斬首四十級。賊西走，次日復戰於新州，賊遁入民家，我兵以火攻之，凡再戰，斬首二百六十級，賊悉焚死，無一人脫者。時江北流倭悉殄，惟廟灣據險固守不出。
五月，江北兵攻倭於廟灣，衝其巢，斬首四千。我兵死傷過當，復退守之。時賊營甚固，巡撫李遂以我軍鼓戰而疲，宜圍守之。賊乏食，且水陸斷其行道，可收全勝。通政唐順之以為玩寇，乃自擐甲持矛麾兵以進。屢挑戰，賊終不出。遂督兵入險，賊盡銳東西衝，殺傷相當。自是復稍稍出掠，覓舟為走計矣。順之知失計，乃駕言經略三沙倭南去。踰月，倭困廟灣既久，劉景韶督卒填壕塹逼壘而陣。令水兵載葦焚其舟，復水陸進擊。倭潛遁入舟，官兵進據其巢，追奔至瑕子港，斬獲頗多。餘倭無幾，不復能戰，乘風開洋而去。
福建新倭大至，多齎攻具。先攻福寧、連江、羅源，流劫各鄉。進攻福州不克，移攻福安破之。參將黎鵬舉以舟師擊倭於海中七星山、屏風嶼，斬首六十七級，生擒六十八人。時沿海長樂、福清等境皆有倭舟，廣東流倭往來詔安、漳、浦間。浙江舟山倭移舟南來者，尚屯浯嶼。福州、漳、泉無地非倭矣。舟山倭屯浯嶼經年，至是乃開洋去。其毛海峰者，復移眾南岙，建屋而居。永、福倭移舟出梅花洋，參將尹鳳擊敗之。巡按樊獻科請趨胡宗憲應援，未及行，巡撫阮鶚往剿之，倭稍創。
六月，倭眾別部二十餘艘屯崇明三沙，總督胡宗憲檄總兵盧鏜帥師攻破之。前後斬首百餘，遁去。宗憲以捷聞，兼言唐順之贊畫功，擢僉都御史。
秋七月，三沙倭突犯江北，由海門縣七星港登岸，流劫過金沙、西亭，將犯揚州。參將丘升禦之，戰於鄧家莊。賊敗走仲家園，復追至鍋團。升輕騎先進，賊覘無後繼，盡銳來衝，升馬蹷被殺。已而官軍大至，賊遁。
八月，倭自鄧家莊敗後，沿海覓舟不得，官軍尾之於劉家橋、白駒沙諸處。倭餒甚，奔劉家莊，我兵圍之。時劉顯兵至先登，各營繼進，縱火衝擊，破其巢，斬首二百餘。賊奔白駒場，追擊，又敗之於七灶莊、花墩，共斬首四百餘，賊盡殄焉。顯驍勇敢戰，江北軍悉屬顯節制，故有功。
三十九年春二月，倭寇六千餘人流劫潮州等處。時浙直倭患稍息，而閩、廣警報日至。
五月，加胡宗憲兵部尚書兼右副都御史。
四十一年春三月，泉州指揮歐陽深率兵擊倭，破之，生擒江一峰，泉寇稍寧。倭陷福建永寧衛，大掠數日而去。復攻永寧城，破之，大殺城中軍民，焚毀幾盡。冬十一月，逮總督、兵部尚書胡宗憲，削籍，從給事中陸鳳儀之言也。獄具，罷浙閩總督大臣，設右僉都御史巡撫其地。
四十二年五月，復逮胡宗憲詣京，宗憲自殺。是時大計京官，復有言宗憲未盡法者，有旨逮治，宗憲至京自殺。宗憲在浙中與趙文華同事，文華選懦不敢前，宗憲輒自臨陣，戎服立矢石間督戰。方倭圍杭時，宗憲親登城臨視，俯身堞外，三司皆股栗，懼為流矢所加，宗憲恬然視之。殲徐海、汪直皆有功。然稍稍事文華，又握權太重，勳臣總兵者由掖門通謁庭拜，巡撫悉聽節制，如三邊例。宗憲才得展，而禍機亦萌此矣。上好玄修，宗憲進白鹿稱賀，大學士嵩比之。會嵩敗被逮時，歸安茅坤上書頌其冤。
冬十月，倭犯福建。其自浙之溫州來者，合福建連江賊登岸，攻陷壽寧、政和、寧德等縣；自廣之南岙來者，合福清、長樂賊攻陷玄鍾所，蔓延及於龍巖、松溪、大田、古田之境，無非賊者。初，浙江參將戚繼光既連破賊於林墩等處，閩之宿寇盡平。繼光引兵還浙，遇倭自福清東營岙登岸。麾兵擊之，斬首百八十級，遂行。而倭至者日眾，始犯邵武，殺指揮齊天祥。轉掠羅源、連江，殺游擊倪祿。遂攻玄鍾所城及寧德縣，入之。乘勝直抵興化府城，不克，乃合兵薄城下，圍之且匝月。巡撫游震得以狀聞，請「調義烏兵，以繼光統之。起丁憂參政譚綸，與都督劉顯、總兵俞大猷協力共濟」。上從之。
十一月，劉顯率兵援興化。顯大兵留江西剿廣寇，所提入閩卒，不及七百人，且疲屢戰。倭新至，氛甚銳。顯知不敵，乃去府城三十里，隔一江按兵不進，欲掩逗留之罪。遣五卒齎文詣府，約欲率兵赴城禦敵。賊獲五卒殺之，用其職銜偽為顯文，克期入城，約城中「勿舉火作聲，恐賊驚覺」。詐以五人為劉卒齎入。至期，賊陽稱顯兵入城，人莫之疑。賊既大入，猝起格殺，城中驚亂。參政翁時器、參將畢高倉皇縋城走，同知吳時亮被殺。賊遂據城中三閱月，殺掠焚毀。顯卒乘亂攫之，參政王鳳靈妻竟為顯掠去。賊既飽欲，始如平海衛，欲掠舟泛海去。
十二月，兵結巢崎頭城，與都指揮歐陽深相拒，久之不出。深望見兵少，輕之，直前挑戰。伏發，深與其下數百人皆戰死，賊乘勝陷平海衛。事聞，罷巡撫游得，震逮參政翁時器、參將畢高。劉顯坐觀望不救，立功自贖。倭引兵出海，把總許潮光以輕舟抄之，賊還屯平海衛。副總兵戚繼光督浙兵至福建，與劉顯、俞大猷合擊倭於平海衛，大破殲之，斬首二千二百級，墮崖溺水死者無算，福州以南諸寇悉平。
四十三年春二月，舊倭萬餘攻仙游，圍之。
三月，戚繼光引兵馳赴之，大戰城下，賊敗趨同安。繼光麾兵追至王倉坪，斬首數百，餘眾奔漳浦。繼光督各哨兵入賊巢，擒斬略盡，閩寇悉平。其得出者逸出境，至廣東潮州，俞大猷又截殺之，幾無遺類。初，倭既自浙創歸，嘗一犯淮、揚、吳、越，皆不利，遂巢閩中，首尾七八載。所破城十餘，掠子女財物數百萬，官軍吏民戰及俘死者不下十餘萬。雖時有勝負，而轉漕軍食，天下騷動。至是，倭患始息。
谷應泰曰：
島夷卉服，首見《禹貢》。秦、漢以來，罕被倭患。蓋以其俗愛鮮華，地多饒沃，五州、七道、三島，五百七十三郡，率皆樂土，環以大海，君臣自保，不愛慕中國也。若乃海王充牣，居民仰食，雲帆所指，有無懋遷，則又彼此咸賴。高帝時，士誠、友定遺孽竄伏，北遼南粵，歲被創殘。已而通謀逆臣，伏兵市舶。帝乃閉關謝貢，示弗復通。然而創設市舶，互市不絕，計深遠也。
後世識慮迂拘，放失舊典。初開橫海，旋棄珠崖，民競刀錐，吏鮮保障。秦關夜析，楚吏晨疆，勇士蹈險，貪夫忘生。於是內地奸民，勾引潛深，海邦貴幸，藏匿不可勝計矣。貧民勢家，黷貨負直。窮彝困頓，進退咨且。逃生水國，求食波臣。邊吏戒心，搜捕始急。於是沿海不逞之徒，陳涉力耕，怨家日眾，黃巢下第，憤恚思兵，稍稍收聚，倭裔窺竊上國矣。
朱紈下車，不畏強禦。窮治黨與，少所報聞。夫廣漢索酤，先求魏相；李膺破柱，不避黃門。政求亂本，雖得河源；禍發朝堂，竟悲虎尾。紈死而朝貢與海逋交相賀也。代臣畏禍，海禁復弛。浙東再亂，王忬出督。拔大猷於偏裨，出盧鏜於獄中。普陀一戰，幾殲渠帥。遊魂四潰，旋掠江南。而忬隨處邀擊，頗多斬獲。括乃代頗，騎還易毅。大功不終，自古悲歎。此閫外有遙制之憂，中樞失內贊之力也。
嗣是天寵握兵，乃棘門之兒戲；文華祀海，實天雄之誦經。倭患愈劇，張經再出。經以功在銅柱，因而偃蹇凌轢，度亦自大匹夫耳。然視事一月，指揮群帥。王江涇之捷，賊兵宵遁。史稱其兵驕將悍，或亦讒人之蜚語，獄吏之深文也。文華行譛，檻車入國。蓋左豐求賂，盧植徵還；張讓交通，王允下獄。自古未有小人同事，而得剬制成功者。
胡宗憲曲意主撫，因剿成功。賄斬徐海，誘擒汪直。武安誘殺，李廣誅降。長致恨於封侯，空悲冤於賜劍。憲雖引刃，應無顏見二賊於地下也。憲才望頗隆，氣節小貶。側身嚴、趙，卵翼成功。耿秉因竇憲勒勳，杜預事朝貴甚謹。封疆之吏，固應折節乃爾耶？
倭寇披猖，禍延三省。任環效命留都，俞大猷經營兩浙，戚繼光驅馳閩海。類皆大國干城，足以滅此朝食。而乃大戮亟行，更張不一，事權牽制，流毒生民。九閽無金城之任，分宜少裴度之忠。群賢隕喪，國事凌夷，固其宜也。中丞張濂，家居省會，身在圍城。訟言時事，涕淚交頤。觀其疏中所稱：殘難民之首，以償縱寇之功，而督撫可知；移罰罪之典，為賞功之命，而筦樞可知。軍法不重，人無死志。客兵掉臂，士無鬥心，而卒伍可知，嗚呼！鄭監陳圖，莫救當時之充耳，然而睢陽劍在，已成今日之爰書矣。
本章完!