世宗嘉靖四十三年秋七月，以諭德張居正充裕王講官。
穆宗隆慶元年二月，加恩侍從藩邸諸臣，以禮部右侍郎張居正為吏部左侍郎兼東閣大學士，直內閣。
四月，進禮部尚書、武英殿大學士。
二年春正月，進大學士張居正少保。
八月，居正上疏陳大本急務六事：「一曰省議論。凡事不貴無用之虛詞，務求躬行之實效。欲為一事，須審之於初。及計慮已審，即斷而行之，如唐憲宗之討淮、蔡，雖百方沮之而不為搖。欲用一人，須慎之於始。既得其人，則信而任之，如魏文侯之用樂羊，雖謗書盈篋而終不為之動。一日振紀綱。近年以來，綱紀不肅，猥以模稜兩可謂之調停，以委曲遷就謂之善處。伏望刑賞予奪，一歸公道，而不曲徇乎私情。政教號令，一斷宸衷，而勿紛更於浮議。一曰重詔令。近日以來，朝廷詔旨，多格廢不行，至十餘年未竟者。文卷委積，多致沈埋。年月既遠，事多失真。遂使漏網終逃，國有不中之法；覆盆自苦，人懷不白之冤。是非何由而明，賞罰何由而當？伏乞敕下各司，嚴立限期，責令奏報，違者查參。一曰核名實。器必試而後知其利鈍，馬必駕而後知其駑良，今用人則不然。官不久任，事不責成，更調太繁，遷轉太驟，資格太拘，毀譽失實。臣願皇上慎重名器，愛惜爵賞。用人必考其終，授人必求其當。仍敕吏部嚴考課之法，審名實之歸。一曰固邦本。今風俗侈靡，官民服舍俱無定制。外之豪強兼並，賦役不均，花分詭寄，偏累小民。乞敕內外諸司，悉心清理。一曰飭武備。今議者皆曰：兵不多，食不足，將帥不得其人。臣以為此三者皆不足患也。夫兵不患少而患弱。今軍從雖缺，而糧具存。若能按籍徵求，清查冒占，隨宜募補，從實訓練，何患無兵！捐無用不急之費，以撫養戰鬥之士，何患無財！懸重賞以勸有功，寬文法以伸將權，則忠勇之夫孰不思奮，又何患於無將！至於目前自守之策，莫要於選擇邊吏，團練鄉兵，並守墩堡。臣考前代及吾祖宗，俱有大閱之禮，以習武事而戒不虞。今京師內外，守備單弱，伏乞敕戎政大臣，申嚴軍政，設法訓練。每歲農隙之時，恭請大閱，以試將帥之能否，軍士之勇怯。注意武備，整飭戎事，亦足以伐外寇之謀，銷未萌之患。」
疏入，上曰：「覽卿奏，皆深切時務，具見謀國忠悃，所司詳議以聞。」於是都御史王廷等覆「振紀綱、重詔令」二事，析為八則。疏上，上允行之。兵部覆飭武備事宜：「一議兵，一議將，一議團練鄉兵，一議守城堡，一議整飭京營。」又奏：「大閱之禮，宣宗、英宗嘗行之。恭請親臨較閱，如閣臣所奏。」上曰：「大閱既有祖宗成憲，允宜修舉。其先期整飭，俟明年八月舉行。餘悉如議。」戶部議固邦本，言「財用之當經理者有十，宜嚴法整飭」。上一一允行之。
十二月，廢遼王。大學士張居正故隸遼王尺籍，至憲㸅，頗驕酗，多所凌轢，居正銜之，而又羨其府第壯麗。會告王謀反，刑部訊治。侍郎洪朝選案驗無謀反狀，僅坐以淫酗，憲㸅錮高牆，廢其府，居正攘以為第。後復恚朝選不附反律，謀殺朝選。
三年九月，上大閱於京營教場，敕諭戎政官及諸吏卒。先是，給事中駱問禮言：「大閱非今時所急，不必仰煩聖駕。」居正力持其說，上遂行之。
四年十二月，大學士張居正秩滿，進兼太子太傅、吏部尚書，進少傅，兼建極殿大學士。
六年春正月，進大學士張居正少師。
五月，上不豫。己酉，大漸，召閣臣高拱、張居正、高儀至乾清宮受顧命。上倚坐御榻，皇后及皇貴妃咸侍，東宮立於左。上困甚，太監馮保宣顧命曰：「朕嗣統方六年，今疾甚，殆不起，有負先帝付托。東宮幼沖，以屬卿等。宜協輔，遵守祖制，則社稷功也。」拱等泣拜而出。翼日上崩。
六年甲子，皇太子即位，年始十歲，時太監馮保方居中用事，矯傳大行遺詔云：「閣臣與司禮監同受顧命。」廷臣聞之俱駭。一日，內使傳旨至閣。拱曰：「旨出何人？上沖年，皆若曹所為，吾且逐若曹矣。」內臣還報，保失色，謀逐拱。拱與居正俱負氣不相下，居正乃結保自固。時臺諫交劾保，必欲斥之。而高拱自以與居正及高儀同與凴几，每慷慨收宮府權曰：「老臣謬膺托孤，不敢不竭股肱。凡內降命敕，府部章奏，自合公聽並觀。有傳奉中旨，所司按法覆奏，白老臣折衷之，以復百官總已之義。」拱內慮馮保專恣，與居正、儀謀去之。居正陰泄之保，乃與保謀去拱。
六月既望，庚午昧爽，拱在直，居正引疾。召諸大臣於會極門，促居正至，拱以為且逐保也。保傳皇后、皇貴妃皇帝旨曰：「告爾內閣、五府、六部諸臣。大行皇帝賓天，先一日，召內閣三臣御榻前，同我母子三人，親受遺屬曰：『東宮年少，萊爾輔導。』大學士拱，攬權擅政，奪威福自專，通不許皇帝主管，我母子日夕驚懼。便令回籍閒住，不許停留。爾等大臣，受國厚恩，如何阿附權臣，蔑視幼主！自今宜洗滌忠報，有蹈往轍，典刑處之！」拱即日出朝門，得一牛車，立而附載，緹騎兵番踉蹌追逐，喪厥資斧，大臣去國，以為異聞。拱去，居正為乞馳驛，乃傳歸。而高儀未幾亦卒以病死，居正裒然首輔矣。
辛酉，上御平臺，召張居正慰勞之曰：「皇考屢稱先生忠臣。」居正傾首泣謝曰：「今國家要務，惟在遵守舊制，不必紛更。至於講學親賢，愛民節用，又君道所先，乞聖明留意。」上曰：「善。」隨賜酒饌銀幣。居正既柄政，慨然以天下為己任，中外想望豐采，一意尊主權，課吏實。嘗言：「高皇帝得聖之威者也。世宗能識其意，是以高臥法宮之中，朝委裘而不亂。今上，世宗孫也，奈何不法祖！」具詔草請於上，召群臣廷飭之，百寮惕然。
八月，張居正請開經筵，復請更定常朝日期，御門聽政。俱從之。上遂御文華殿，日講以為常。
十一月，太監崔敏請買金珠寶石。居正上言：「前六月間，奉命停止，今忽有此舉，是前詔不信也。乞暫停之，以蘇民力。」因封還敏疏，遂報罷。十二月，張居正進《帝鑒圖說》。上見捧冊進，喜動顏色，遽起立，命左右展冊。居正從旁指陳大義，上應如響。因即宣付史館，賜居正銀幣。一日，上御文華殿講畢，覽至漢文帝勞軍細柳事。居正因言：「皇上當留意武備。祖宗以武功定天下，承平日久，武備日弛，不可不及早講求也。」上稱善。
甲戌，張居正奏請明年正月上旬，即御殿日講。但先帝喪未期，勿設宴，並免元夕燈火。上曰：「已早停止。每侍聖母膳，甚簡素。或逢節日，具果宴，不設樂。」居正稱善。尋諭光祿卿免節間供應七百餘金。
戊寅，張居正上言：「制敕宜尚簡嚴，近來過為誇侈。臣諛其君，猶謂之佞，況以上諛下乎！乞戒代言諸臣，復古從實，毋壞制體。」從之。
神宗萬曆元年春正月辛卯，命成國公朱希忠、大學士張居正知經筵事。上甚敬禮居正，每日御經筵，居正以詩書入，在文華殿後，張小幄，造膝密語。一日，居正在直廬感病，上御暖閣，親調椒湯賜之。盛暑御講，上就居正立處，令內使搖扇。隆冬進講，以氈片鋪地。
庚子，早朝。上出乾清宮，見一無鬚男子，偽作宦者狀，袖有佩刀，趨走惶遽。左右執之，馮保立鞫之。曰：「南兵王大臣。」問：「奚自？」曰：「自總兵戚繼光來。」保使密報居正。而居正令附保耳曰：「戚公方握南北軍，禁無妄指，可借以除高氏。」保故甘心陳內監洪，已逮洪，錮禁獄，令大臣供之矣。先是，大臣為戚帥三屯營南兵，不遂，流落都下。為人巧捷便佞，一中貴昵之。至是，令稱拱使，改籍武進縣。即令廁卒辛儒，衣大臣蟒袴，予二劍，劍首飾貓精異寶，送繫廠中。入以聞，請究主使人。居正亦上疏如保意。上即付保鞫。保令辛儒屏語大臣曰：「第言高相君怨望，使汝來刺。願先首免罪，即官汝錦衣，賞千金。不然，重搒掠死矣。」因使儒畀大臣金，美飲食之。儒日與大臣狎款，即令誣拱家人為同謀。獄具，保飛發五校械拱僕。而居正前疏傳中外，口語籍籍，謂且逮拱。居正乃密謀於吏部尚書楊博。博曰：「迫之恐起大獄。抑上神聖英銳，持公平察。高公雖粗暴，天日在上，安得有此！」居正面赤不懌。會大理少卿李幼孜者，居正鄉人，亦輿疾告居正曰：「公奈何為此？惡名污青史矣。」居正強應曰：「吾為此事，憂不如死，何謂我為？」居正禁科、道官不得有言。而御史鍾繼英上疏不敢明言，暗指之。居正怒，擬旨詰問。左都御史葛守禮語楊博：「過張公，必諍之。」博曰：「向已告矣。」守禮曰：「輿望屬公，謂公能不殺人媚人耳。大獄將起，公奈何以己告為解？」即共過居正。居正曰：「東廠獄具矣。同謀人至，即疏處之耳。」守禮曰：「守禮敢附亂臣黨耶！願以百口保高公。」居正默不應。博曰：「願相公持公議，扶元氣，廠中寧有良心？倘株連者眾，事更有不可知者。」居正堅不承。博與守禮因歷數先朝政府，同心輔政，及貴溪、分宜、華亭、新鄭遞相傾軋，相名坐損，可為殷鑒。居正憤曰：「二公意我甘心高公耶？」奮入內，取廠中揭帖投博曰：「是何與我？」揭帖有居正竄改四字，曰「歷歷有據」，而居正忘之。守禮識居正手跡，笑而納諸袖。居正覺曰：「彼法理不諳，我為易數字耳。」守禮曰：「機密重情，不即上聞，先政府耶？吾兩人非謂相公甘心高公，以回天非相公不能。」居正揖謝曰：「苟可效，敢不任，第何以善後？」博曰：「相公患不任耳，任則何難善後！須得一有力世家，與國休戚者，乃可委治。」居正悟，始言上前度處之。上即命馮保與左都御史葛守禮、都督朱希孝會審。而希孝懼，與其兄成國公希忠相對泣曰：「誰畫此策也，以覆吾宗。」急詣居正請命。居正曰：「第見塚宰大中丞。」希孝泣謁博，博曰：「欲借公全朝廷宰相體耳，何忍以身家陷公。顧亦何難，公第使善詗校尉入獄，訊刀劍口語所從來，雜高家僕稠眾中，令別識。且問見高公何所？今在何地？立辨矣。」希孝如博言，使善詗校尉密詢大臣何自來？則來自保所，語盡出保口。校尉即告大臣：「入宮謀逆者，法族。奈何甘此？若吐實，或免罪。」大臣茫然哭曰：「始紿我主使者罪大辟，自首無恙，官且賞。豈知當實言。」適高家僕逮至，希孝雜諸校中，令揚色，大臣不辨也。
及會審，風霾大晦，尋雨雹不止。東廠理刑白一清者，謂保初問官二千戶曰：「天意若此，可不畏乎？高相國顧命大臣，本無影響，強我誣之。我輩皆有身家，異日寧免誅僇耶？」皆曰：「馮公已為且詞，固有陰持之者，奈何？」一清曰：「東廠機密重情，安得送閣改乎？」頃之，天稍明，出大臣會問。故事，先雜治。大臣呼曰：「故許我富貴，何雜治也？」馮保即問曰：「誰主使者？」大臣瞪目仰面曰：「爾使我，乃問也？」保氣奪，強再問：「爾言高相國，何也？」曰：「汝教我，我則豈識高相國？」希孝復詰其蟒袴刀劍，曰：「馮家僕辛儒所予。」保益懼。希孝曰：「爾欲污獄使耶！」遂罷。保密飲大臣生漆酒，瘖之，而內以拱行刺事上聞。有殷內監者，年七十餘，奏上曰：「高拱故忠臣，何為有此？」隨顧保曰：「高鬍子是正直人。張居正故懷忮刻，必殺之。我輩內官，何須助彼！」保大沮。而內監張宏亦力言不可。於是上下刑部擬罪，竟論大臣斬。拱被居正齮齕，杜門屏居。仕宦中州者，不敢過新鄭，率枉道他去。
六月，張居正上言：「稽劾章奏，隨事考成，有遷延隱蔽者，即舉劾。」上從之。
冬十月，上御文華殿，張居正進講，言及宋仁宗不喜珠飾。上曰：「賢臣為寶，珠玉何益！」居正曰：「明君貴五穀而賤珠玉，五穀養人，珠玉饑不可食，寒不可衣。」上曰：「然。宮人好冶妝，朕歲賜未嘗不節省。」居正曰：「皇上言及此，社稷生靈之福也。」上又曰：「秦始皇銷兵，梃可傷人，何銷兵為？」居正曰：「人君佈德修政，以結民心為本。天下之患，每出所防之外。秦亡於戍卒，故天時不如地利，地利不如人和。」上曰：「然，人定真能勝天也。」
二年春正月，大學士張居正請上引見廉能官，仿祖宗午朝之儀。從之。甲午，上御皇極門，引見朝覲清廉卓異浙江布政使謝鵬舉等二十五人，特加獎勵。各賜金幣，並宴。張居正進《講章疏》，略曰：「義理必時習而後能悅，學問必溫故而知新。臣今將今歲所進講章，重複刪定《大學》一冊，《虞書》一冊，《通鑑》四冊，進呈睿覽。雖淺近之言，然亦行遠登高之一助。」
四川西南都蠻平。初，隆慶時，都蠻作亂，張居正薦曾省吾往討之。省吾有偉略。而四川總兵劉顯以在閩事被彈，居正曰：「臨敵易將，兵家所忌。倘蜀事不效，當並閩事逮治之。」於是顯奮不顧身，受省吾方略，以平蠻自效。凡六閱月，諸寨悉平，俘蠻長三十六人，拓地四百里。
上御文華殿講畢，問建文果出亡否？張居正曰：「國史不載。但故老相傳，披緇雲遊，題詩於田州，有『流落江湖四十秋』之句。」上太息，命錄詩進。居正曰：「此亡國之事，不足觀也。」請錄《皇陵碑》及高皇《御制集》以上，見創業之艱，聖謨之盛。明日，輔臣進《皇陵碑》。上覽畢，謂居正曰：「朕覽碑，讀之數過，不覺感傷欲泣。」居正曰：「祖宗當日艱難，蓋以天心為心，故能創制顯庸。皇上以聖祖之心為心，乃能永保洪業。」因述聖祖微時事及即位勤儉。上愴然曰：「朕敢不黽勉法祖，然尚賴先生輔導也。」
秋九月辛巳，刑部請錄囚，慈聖太后欲停之。上問張居正，對曰：「春生秋殺，天道之常。皇帝即位以來，停刑者再矣。稂莠不除，反害嘉禾，兇惡不去，反害良民。」上為請，太后從之。
十二月壬子，張居正率大臣上御屏。屏繪天下疆域及職官姓名，用浮帖以便更換。上命設於文華殿後，時加省覽。閏十二月丁亥，上御書「弼予一人，永保天命」，賜張居正。明日，居正侍，進諫曰：「帝王之學，當務其大。自堯、舜至唐、宋賢主，皆修德行政，治世安民，不以一藝。漢成帝知音律，能吹簫度曲；梁武帝、陳後主、隋煬帝、宋徽宗皆能文，善書畫，無救於亂亡。則君德之大，豈沾沾一藝哉！」他日，上日講畢，問居正：「元夕煙火鼇山，祖制乎？」曰：「非也。成化間，以奉母后，時多諫阻。今新政宜裁。」上曰：「然。」居正曰：「明年雖禫，繼此當大婚，又皇弟潞王出閣，諸公主釐降，所費甚煩，宜預節省。」上曰：「朕極知民窮。」居正請減元日賜賚，上大然之。上又嘗語輔臣曰：「昨日禁中花盛開，侍母后賞宴甚歡。」蓋指慈寧也。居正奏曰：「仁聖太后處多時寂寞，惟皇上念之。」起還宮，白慈聖，即自駕往迎仁聖過大內，賞花傳觴，歡宴而罷。
三年夏五月，大學士張居正上言：「近郡縣入學大濫，宜敕學臣量加裁省。並敕吏部，凡所在督學臣，非方正勿遣。」遼東告警，上深以為憂。張居正對曰：「暑月非北騎狂逞之時，必無慮。」既而薊遼總兵戚繼光報稱：「諸部解散無警。」居正因上疏論邊事曰：「昨遼東撫臣張學顏報稱：『寇眾二十餘萬謀犯遼東，前鋒已抵大寧。』皇上面諭臣，臣已面奏，料其無事。今據總兵戚繼光報稱：『寇久解散。』臣又使人於宣府密偵西人青把都動靜，則把都在巢駐牧，未嘗東行。遼東所報，皆屬虛聲。臣等因此，反切憂慮。夫兵家之要，必知彼已，審虛實，而後可以待敵取勝。今無端聽一訛言，倉皇失措，則是彼己虛實茫然不知，其與『風聲鶴唳，草木皆兵』者何異。敵情狡詐，萬一彼常以虛聲恐我，使我驚惶疲於奔命，久之懈弛不備，然後卒然而至，措手不及。是在彼反得先聲後實，多方以誤之之策。而在我顧犯不知彼己，百戰百敗之道。他日邊臣失事，必由於此。故臣等不以寇之不來為喜，而深以邊臣不知敵情為慮也。兵部以居中調度為職，猶貴審察機宜，沈謀果斷，乃能折衝樽俎，坐而制勝。今一聞奏報，便爾張皇，事已之後，又寂無語。徒使君父焦勞於上，以憂四方。豈僅以題覆公牘，謂已畢本兵之事耶！乞傳諭兵部，詰以寇情虛實之由，使之知警。並請賑各邊饑卒。」俱從之。
八月，張居正請增閣臣，許之。即日進吏部左侍郎張四維為禮部尚書，入東閣。故事，入閣者，止曰「同某人辦事」。至是，上手注：「隨元輔入閣辦事。」四維恂恂若屬吏矣。
十一月，張居正上《郊祀圖考》，為書三冊。首敘分合沿革之由，次具壇壝陳設，次列儀注樂章。大意遵高皇定制，歲一合祀，奉二祖並配。上褒答之。
四年春正月，御史劉臺劾大學士張居正專擅威福，如逐大學士高拱，私贈成國公朱希忠王爵，引用張四維、張瀚為黨，斥逐言官餘懋學、傅應楨，罔上行私，橫黷無厭。居正怒甚。見上辭政，曰：「臣之所處者，危地也。言者以為擅作威福，而臣之所行，正威福也。將巽順以悅下耶？則負國。竭公以事上耶？無以逃端擅之譏。」伏地不肯起。上下御座，手掖之曰：「先生起，朕當責臺以謝先生。」詔下臺獄，杖之百，遠戍之。時議藉藉，居正不自安，復具疏為解，免杖，奪職為民。然心終恨之，後竟置之死。
三月戊戌，上御文華殿，言及唐玄宗於勤政樓宴安祿山。上曰：「樓名勤政，而佚樂何也？」張四維曰：「玄宗開元之治有三代風，至天寶荒佚，乃致播遷。」居正曰：「無論往代，我世宗皇帝初年，西苑建無逸殿，省耕勸農。末年崇尚玄修，不復臨幸，治平之業亦寢。故《大寶箴》云：『民懷其始，未保其終。』」上嘉納之。
五月辛酉，上視朝，張居正等請覽奏章時，閱聖祖所親批疏稿為法。上曰：「然。」居正因簡內閣所藏聖祖手諭六十三道、御制四十四道、聖旨並帖共七十道上之。
秋七月丁酉，張居正上言：「致治之道，莫要於安民。安民之法，莫重於守令。守土牧民者，削下奉上以希聲譽，奔走趨承以求薦，舉徵發期會以完簿書，苟且草率以逭罪責，其實心愛民者，未嘗概見。明春外計考察，舉錯乃向背所繫，惟以安靜宜民為最。虛文矯飾，雖浮譽素隆，當列下考。」居正又請行考成法，有司以徵解為殿最。於是奉行者，督責小民，不勝樸楚，相率為怨言，然賦以時起。居正上言：「近者仰賴皇上愛人節用，京、通儲粟，足支八年，太倉銀庫，所積尚少。宜將明年漕糧量折十三，足國裕民，一舉兼得。」上從之。時府庫充溢，太僕寺亦積金四百餘萬。
冬十月丙子，進張居正左柱國太傅，仍加伯爵。敕曰：「先生親受先朝顧命，輔朕沖年。今四海昇平，實賴匡弼。精忠大勳，言不能殫。惟我祖宗列聖，佑爾子孫，與國咸休。欽哉！」居正固辭伯爵，許之。
山東撫按劾昌邑知縣孫鳴鳳貪賄。上怒甚，欲遣逮。張居正曰：「貪人固當盡治，但故事俱下臺訊。」上曰：「然。鳴鳳之婪，乃出進士乎？」居正曰：「此人惟恃進士，故爾恣肆。若乙科明經，尚有畏忌。今後用人，但問功能，不可拘資格。」上深然之。
十二月，上御文華殿，舉袍示輔臣曰：「此何色也？」居正以為青。上曰：「紫也，久而色渝。」居正曰：「紫易渝。昔皇祖不尚袨服，御衣敝甚始易，享國長久，未必不由此。願皇上以皇祖為法，節一衣，民間有數十人得其暖者；輕一衣，民間有數十人受其寒者，不可不念也。」時左右亦言民窮，至鬻妻子應上供。上深然之。
五年春正月庚午，上御文華殿。大學士張居正言：「殿之東堂，祀伏羲以下數聖君，皇上所當法也。法古聖，惟在省覽章奏。日閱一二，講明國事，則他年躬攬萬機無難矣。」上嘉納之。
五月戊申，諭修慈慶、慈寧南宮。張居正言：「兩宮於萬曆二年落成，今壯麗如故，足以娛聖母。乃欲壞其已成，更加藻飾，非所急也。請輟工。」從之。
嶺西羅旁平。羅旁據山海間，驚江急峽，巖壑險絕，諸瑤窟穴其中，前代不入版籍。國初，甫一定之。世宗朝，諸瑤轉相寇掠，不可撲滅。督撫殷正茂既討平惠、潮寇，上疏言羅旁當誅。廷議不能決。居正毅然言當誅，舉兵部尚書凌雲翼，請賜璽書，屬之討賊。雲翼瀕行，居正謂之曰：「雖鞭之長，不及馬腹。即今兩廣諸瑤，雖所在都有，然乘間竊發，要當審所緩急耳。」雲翼既至，部諸路兵號三十萬，八道並進。剋木衣山，破諸峒五百六十有四，俘斬四萬二千有奇，拓地數百里，置郡縣。捷聞，賜賚有差。先是，四方多草竊，有司秘不以聞。張居正特嚴其禁。匿盜者，雖循吏必黜。得盜即報決。有司凜凜，盜亦衰止。閏八月丁亥，上視朝。張居正因言：「近因陰雨，朝講暫輟。恐中外不知，謂皇上勤學漸不如初。願日慎一日，非有他事及風雨不得輟。」上深然之。
九月，上諭停刑，蓋慈聖太后以大婚期近也。居正上言：「春生秋殺，天道所以運行；雨露霜雪，萬物因之發育。明王奉若天道，刑賞予奪，皆奉天意以行事。若棄有德而不用，釋有罪而不誅，則刑賞失中，慘舒異用矣。且臣近詳閱所開諸犯，皆逆天悖理，其所戕害，含冤蓄憤。聖主明王不為一泄，彼以其怨恨冤苦之氣鬱而不散，或上蒸為妖沴氛祲之變，下或致凶荒疫癘之疾，則其為害又不止一人一家也。請俟明年吉典告成，然後概免一年。」從之。
己卯，張居正父喪訃至，上以手諭宣慰，視粥止哭，絡繹道路，又與三宮賻贈甚厚，然亦無意留之。所善同年李幼孜等倡奪情之說，於是居正惑之，乃外乞守制，示意馮保，使勉留焉。
冬十月，居正再上疏乞終制，不允。乃請在官守制，不造朝，許之。居正既父喪奪情，吉服視事。編修吳中行、檢討趙用賢因星變陳言。刑部員外艾穆、主事沈思孝合疏言「居正忘親貪位」，居正大怒。時大宗伯馬自強曲為營解，居正跪而以一手捻鬚曰：「公饒我，公饒我！」掌院學士王錫爵逕造喪次，為之解。居正曰：「聖怒不可測。」錫爵曰：「即聖怒，亦為公。」語未訖，居正屈膝於地，舉手索刃作刎頸狀曰：「爾殺我，爾殺我。」錫爵大驚，趨出。
十月二十二日，中行等四人同時受杖。中行、用賢即日驅出國門，人不敢候視。許文穆方以庶子充日講，鎸玉杯一，曰：「斑斑者何？卞生淚。英英者何？藺生氣。追追琢琢永成器。」以贈中行。鎸犀杯一，曰：「文羊一角，其理沈黝。不惜剖心，寧辭碎首。黃流在中，為君子壽。」以贈用賢。穆、思孝復加鐐鎖，且禁獄。越三日，始僉解發戍，為更慘毒。時鄒元標觀政刑部，憤甚，視四人杖畢而疏上。越三日，受杖，謫戍貴州都勻衛。
罷吏部尚書張瀚。先是，瀚為南京工部尚書，廷推吏部，瀚名第三。以居正言，上越次用之。居正以為德，希瀚報。奪情議起，遂邀中旨，屬瀚留居正。居正亦自牘，風之使留已。瀚若不喻其意者，謂：「政府奔喪，當以殊典卹之，宗伯事也，何關吏部？」居正乃令所善客說瀚。瀚不聽，又不欲顯居其名，乃偕三尚書密晤居正，動以微言。居正大不悅，於是有詔切責瀚，謂瀚奉諭不復，無人臣禮。是時，廷臣爭惴栗，各倡保留之議。瀚拊膺太息曰：「三綱淪矣！」居正益怒，嗾臺省劾之，以為昏耄，勒令致仕。
丙午，上戒諭群臣曰：「奸臣小人，藐朕沖年，忌憚元輔。乃借綱常之說，肆為誣論。欲使朕孤立於上，得以任意自恣。茲已薄處，如或黨奸懷邪，必罪不宥。」時言奪情者得罪，都人士皆憤怒。作謗書懸長安門，謂居正且反。上聞之，故宣諭於朝，謗議稍息。己而召居正於平臺，慰諭甚至，即日入直。初，居正喪次，凡閣中事，令吏齎奏就擬處分。手詔稱元輔，稱太師，稱先生，皆盡古師臣之禮。
十一月癸丑朔，以星變考察群臣。始張居正自矯飾，雖或任情，而英敏善斷，中外群譽之，居正亦自負不世出。迨劉臺論居正得罪，志意漸恣。至是，益知天下不見與，思威權劫之矣。
令天下度田。國初，天下土田八百五十萬頃。至後漸減，歲久滋偽。豪民有田不賦，貧民曲輸為累。民窮逃亡，故額頓減。張居正請料田，凡莊田、民田、職田，蕩地、牧地，皆就疆理無有隱。其撓法者，下詔切責之。
六年春正月，將舉大婚，首輔張居正充納采問名副使。給事中李淶疏言：「居正有服制，不宜與執事，乞改命。」上不允。以聖母諭諭居正，遂從吉。
三月甲寅，張居正乞歸治葬，許之。辭朝，上召見於平臺，勞諭之曰：「朕不能捨先生，恐重傷先生懷，是以忍而允所請。雖然，國事至重，朕將焉依！」居正奏言：「皇上大婚之後，宜撙節愛養，留心萬機。」因伏地而哭。上亦為之哽咽墮淚，曰：「先生雖行，國事尚宜留心。」乃賜銀印，曰「帝賚忠良」，令得密封言事。進辭兩宮，各賜贐金，慰諭有加。
庚辰，遼東再奏大捷，上歸功張居正，使使馳諭，俾定爵賞以聞。召趣還朝，居正以母老，俟秋上道。命錦衣歸馳趣之。六月乙未，張居正還朝，上召見於文華西室。問沿途所見，稼穡何如？民生何如？邊事何如？居正對甚悉。上大悅，賜休沐十日。
十二月，命纂《宗藩要例書》，頒示諸王。先是，世宗朝公族繁盛，國用困竭，以故頗知損抑。至是，居正等念諸藩裁削，非天子親親意，乃略舉事例未當者十一條，請敕禮官集議，著為令。諸藩於是感激親上，而厚薄親疏有體矣。
七年二月，上患疹，慈聖太后命僧於戒壇設法度眾。張居正上言：「戒壇奉皇祖之命，禁止至今。以當時僧眾數萬，恐生變敗俗也。今豈宜又開此端？聖躬違豫，惟告謝郊廟社稷，斯名正言順，神人胥悅，何必開戒壇而後為福哉！」事遂寢。
二月，河工成。先是，淮安有水患，河決入淮。淮勢不敵，淮揚咸為巨浸，直逼泗洲，患近陵寢。上以問張居正，因上言：「故河道都御史潘季馴可使。」乃降璽書，即其家拜都御史，使持節治河。一切假以便宜久任，帑藏不問出入。諸奉行不及事者，下詔獄鞫治之。於是當事者日夜焦勞，蓋踰年而堤成，轉漕無患。
三月，上疹愈，徵光祿寺十萬金。張居正上言：「財賦有限，費用無窮。使積貯空虛，不幸有四方水旱之災，疆場意外之變，可為寒心。此後望力加撙節，若再徵金，臣等不敢奉詔矣。」時上漸備六宮，太倉所儲，屢有宣進。居正上戶部所進御覽錢糧數目，請置之坐隅，時賜省覽，量入為出。因言：「萬曆初年，所入四百三十五萬有奇。六年，所入僅三百五十五萬有奇，則已少八十餘萬矣。五年，歲出四百四十九萬有奇，則已多四十餘萬矣。夫歲出則浮於前，歲入則損於前，此不可不留心也。《王制》量入為出，計三年之出，必有一年之餘而後可。況財用止有此數，設法巧取，不能增多。惟加意撙節，則用自足。」上嘉納之。
夏四月，上以內庫缺錢，賞賚不足，命部鑄大錢以進。張居正上言：「先朝鑄錢呈式，非供上用也。萬曆二年，進錢一千萬，其後歲半之，己非本意。若闕錢鑄進，是以外府之儲取供內府，大失舊制矣。」上從之，乃罷鑄錢。
癸卯，張居正上《肅雝殿箴》，命書於御屏。
五月，封遼東總兵李成梁為寧遠伯。張居正言：「成梁屢立戰功，忠勇為一時冠，加以顯秩，此鼓勵將士之法也。」己而成梁使使饋以金，居正曰：「而主以百戰得功勳，我受其金，是得罪高皇帝也。」卻不受。
七月甲子，給事顧九思、王道成等以江南水災，請罷浙、直織造內臣。上以示張居正，居正奏民重困，宜召還孫隆。上曰：「彼織幣且完，當俟來春耳。」居正曰：「地方多一事，則有一事之擾；寬一分，則受一分之惠。災地疲民，不堪催督，暫去之，俟稍稔可復也。」上從之。時給事中李淶請卹江南水災，並言四事。上怒其譏訕。居正曰：「水災請卹，亦言官之常。雖或觸忤，恐傷聖度。」上意乃解。
冬十月，薊遼總督梁夢龍報土蠻大舉入寇。張居正奏言：「臣諭邊臣，如敵騎入，勿輕戰，堅壁清野。野無所掠，彼將自阻。請令夢龍駐永平，戚繼光駐一片石。伺間邀擊。」上善之。既而土蠻以四萬騎犯前屯，梁夢龍、李成梁率兵禦卻之。
十二月，張居正服闋，召見於平臺。
八年春正月己未，先是，永豐梁汝元聚徒講學，吉水羅巽亦與之游。汝元揚言：「張居正專政，當入都頌言逐之。」居正微聞其語，授指有司捕治之。己，湖廣、貴州界獲妖人曾光，竄入汝元、巽姓名，云謀不軌。汝元、巽俱先死，湖廣守臣具爰書下法司訊之，並曾光亦非真也，第據律論罪。
三月，大學士張居正具疏乞休。再上，上慰留懇切。最後，手書傳慈聖口諭：「張先生受先帝付托，豈忍言去！俟輔爾至三十，卻再審處，讓後人非晚也。」居正因復就職。
甲子，賜進士張懋修等三百人及第、出身有差。懋修兄敬修，亦成進士，得禮部主事。俱居正子。
八月戊子，刑部侍郎劉一儒移書張居正曰：「竊聞論治功者貴精明，論治體者尚渾厚。自明公輔政，立省成之典，復久任之規，申考憲之條，嚴遲限之罰。大小臣工，鰓鰓奉職，治功既精明矣。愚所過慮者：政嚴則苛，法密則擾。今綜覆既詳，弊端剔盡。而督責復急，人情不堪，非所以培元氣而養敦渾之體也。昔臯陶以寬簡贊帝舜，姬公以惇大告成王，淪洽當代，矩矱後世，願明公法之。」居正得書不懌。
十一月戊寅，上以夜宴，惑於內侍孫海客等，撻二內使幾斃。慈聖太后聞之，切責上，令取《霍光傳》入覽。上悔悟，降孫海客等。明日，上諭閣臣：「朕在沖年，自多過愆，惟藉諸先生力諫，使朕為堯、舜之君。」張居正因奏：「諸內臣老成廉慎者存之，諂佞放恣者汰之。皇上亦宜痛改，戒宴飲以重起居，專精神以廣繼嗣，節賞賚以省浮費，卻玩好以定心志，親萬機以明庶政，勤講學以資治理，端趨向以肅士風，則聖德愈光矣。」上深嘉納之。
十二月甲辰，張居正請屬儒臣，以累朝《寶訓》、《實錄》，分四十餘則：「曰創業艱難，曰勵精圖治，曰勤學，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰謹祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宮闈，曰教儲貳，曰睦宗藩，曰親賢臣，曰去好邪，曰納諫，曰守法，曰敬戒，曰務實，曰正紀綱，曰審官，曰久任，曰重守令，曰馭近習，曰待外戚，曰重農，曰興教化，曰明賞罰，曰信詔令，曰謹名分，曰卻貢獻，曰慎賞賚，曰甘節儉，曰慎刑獄，曰褒功德，曰屏異端，曰飭武備，曰禦寇盜。」仍敕次第進呈，俟明年開講。其諸司章奏切要者，即講畢面裁。時上留意翰墨，居正以為筆札小技，非君德治道所繫，故有是請。上嘉納之。
九年春正月，大學士張居正請令翰林分番入直，應和文章。或令侍上清燕，質問經義，陳說治理，如唐、宋故事。夏四月辛亥，上御文華殿，張居正以給事中傅作舟疏進覽云：「今江北淮、鳳及江南蘇、松連被災傷，民多乏食，至以樹皮充饑。或相聚為盜，大有可憂。」上曰：「淮、鳳頻年告災，何也？」居正對曰：「此地從來多荒少熟，元末之亂，皆起於此，今當破格賑之。」上曰：「然。」居正極言：「今有司負職，如積穀一事，屢旨申飭，竟成虛文。」上作色曰：「有司忽民，宜重處之。」居正曰：「以後犯者當如聖諭。」又曰：「江南、北旱，河南風災，畿內不雨，勢將蠲賑。惟皇上量入為出，加意撙節。如宮費及服御，可減者減之，賞賚可裁者裁之。至若施捨緇黃，不如予吾赤子也。」上曰：「然。今宮費俱節，賞賚不溢。」居正曰：「皇上謂從舊，亦近例耳。如今年暫行，明年即為例，非祖制也。臣不敢遠引，如皇祖用度最繁，然內帑尚有餘積。隆慶初庫貯尚有餘萬，今歲入百二十萬，猶稱乏。惟皇上省察。」上是之。
十一月，張居正一品考滿，賜金幣及酒果甚厚。手敕褒諭，有「精忠大勳，言不能盡，官不能酬」之語。加上柱國、太師，支伯爵俸。居正固辭，允之。
十年二月丁酉，大學士張居正上言：「安民之道，在察其疾苦。今尚有一事為民害者，帶徵稅糧也。夫百姓財力有限，一歲之入，僅足供一歲。不幸歲歉，目前尚不能辨，豈復有餘力更完累歲積逋乎！有司避責，往往將今年所徵抵完舊逋。即今歲所欠，又為將來帶徵矣。況徵輸額緒繁多，年分淆雜，小民竭脂膏，胥吏飽谿壑。甚者，不肖有司因而漁獵。夫與其朘民以實奸貪之橐，孰若盡蠲以施曠蕩之恩。乞諭戶部，核萬曆七年以前積負，悉行蠲免。將見年正額，責令盡完。在百姓易辦，在有司易徵，是官民兩利也。」上從之。詔下，中外大悅。
三月丁卯，張居正有疾，求私宅票擬。從之。
六月甲午，居正以疾再乞休，不允。上以細務委張四維，大事即居正家平章。以遼左大捷，斬速把孩功，進張居正太師。
甲辰，上遣司禮太監賚手敕諭張居正曰：「聞先生糜飲不進，朕心憂慮。國家大事，當一一為朕言之。」居正力疾疏謝，並上密奏，薦禮部尚書潘晟、吏部左侍郎餘有丁。明日，上即命二人入閣。
丙午，大學士張居正卒。上震悼輟朝，遣司禮太監張誠監護喪事，賜賻甚厚。兩宮太后及中宮，俱賜金幣。賜祭十六壇，贈上柱國，諡文忠。居正性深沈機警，多智數。為史官時，嘗潛求國家典故，及時務之切要者者剖晰之，遇人多所咨詢。及攬大政，登首輔，慨然有任天下之志。勸上力行祖宗法度，上亦悉心聽納。十年來海內肅清。用李成梁、戚繼光，委以北邊，壤地千里，荒外警南。蠻累世負固者，次第遣將削平之。力籌富國，太倉粟可支十年，冏寺積金，至四百餘萬。成君德，抑近幸，嚴考成，核名實，清郵傳，核地畝，一時治績炳然。惜其褊衷多忌，剛愎自用。初入政府，即以私憾廢遼王。久直信任，奸佞好諛成風。六曹之長，咸唯唯聽命。至章疏不敢斥名，第稱元輔。始譽以伊、周，漸進以五臣，且諛之舜、禹，居正亦恬然居之。而中允高啟愚至以「舜亦以命禹」題試士，當時目為勸進。居正卒，餘威尚在，言官奏事，尚稱先太師。方奪情時，威權震主。上雖虛己以聽，而內顧不堪。身死未幾，遂遭削奪，並籍其家，子孫皆不保云。初，上在講筵，讀《論語》「色勃如也」，誤讀作「背」字。居正忽從旁厲聲曰：「當作『勃』字。」上悚然而驚，同列皆失色。上由此憚之。及居正卒後蒙禍，時比之霍氏之驂乘。
御史郭維賢疏薦吳中行等降調，然上意已漸移。御史楊寅秋劾王國光。罷之。發馮保南京閒住。吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝、王用汲、余懋學、朱鴻謨、趙應元、傅應禎、趙世卿、鄒元標俱復官。會潞王昏禮，所需朱寶未備，太后間以為言。上曰：「辦此不難，年來廷臣無恥，盡獻張、馮二家耳。」太后曰：「已抄沒矣，必可得。」上曰：「保黠猾，盡竊而逃。」自此內中「張先生」、「張太岳」稱謂，絕以為諱。而籍沒之舉，亦胎於此。
十二年，上從遼府次妃王氏奏請，籍沒張居正家，其產不及嚴嵩二十分之一。株連頗多，荊、川騷動。上曰：「遼府廢革，既奉先帝宸斷，又無應繼之人，著推舉親枝，以本爵奉祀，仍准王歸葬。原封抱養子述璽，准依親居住，給興庶糧二百石，本折中半支。王氏從厚，援徽府例贍養。張居正誣蔑親藩，箝制言官，蔽塞朕聰。私占廢遼地畝，假以丈量遮飾，騷動海內。專權亂政，罔上負恩，謀國不忠。本當斲棺戮屍，念效勞有年，姑免盡法。伊屬張居易、張嗣修、張順、張書，俱令煙瘴地面充軍。」
谷應泰曰：
聞之《虞書》良弼，義取協恭；《秦誓》介臣，都無他技。蓋下吏奉職，乃在才具，而端揆裁物，則在度量；卿貳奔奏，不越章程，而宰相坐論，必資道術也。矧承平之相，與創制異；衝人之相，與長君異。周公以惇大告成王，韓琦以才偏貶公著。凡以養蒙作聖，不專在於宣之綜核，明之察察耳。世稱張居正相業，譽者或許其乾略，毀者僅惡其專恣。然予以皆非事實，真知居正者也。考居正大節，特傾危陗刻，忘生背死之徒耳。而其他緣飾以儒術，炫耀以智數，譬之楊子艾牆高基下，陽處父華而不實。求其論思密勿之地，表帥百寮之間，此實難矣。
方夫穆宗凴几，顯帝沖齡，居正、拱、儀同受顧命，而內臣馮保竊叢於側。斯時逐刁之議未行，弔讓之謀潛固。賣交附璫，漏言市重。彼商鞅之因景監，相如之藉繆賢。揆之結主，固如是乎？卒之會極傳宣，新鄭被斥。而馮保以快已之怨者，即以酬次輔之恩。居正以去保之疾者，還以固綸扉之寵。鬻權誇毗，若互市然。及乎九齡遠引，頤浩外徙，始乃宮府交通，更唱迭和。馮倚執政則言路無憂，張恃中涓即主恩罔替。以故扇殿清暑，鋪氈禦寒，居正所蒙，壹皆媚璫之力也。至於犯蹕具獄，詞連拱奴，謀發宰臣，風生內侍，苟非天變見於上，公議格於下，則上官黠詐，立碎奉車，易之飛文，赤誅魏氏。居正之包藏禍心，傾危同列，真狗彘不食其餘矣。若夫父喪奪情，太阿不釋，李幼孜倡之於外，馮保應之於內。而居正貌乞持服，心冀慰留，無魯伯禽之東郊不啟，蹈翟方進之脫衰視事。語云：「求忠於孝。」又云：「移孝作忠。」居正其無人心者乎？何相倍之戾也！矧乃三月歸葬，六月還朝。宰我之意，惟在短喪；曹瞞之心，恐失兵柄。而且吳中行、趙用賢俱以星變陳言，艾穆、沈思孝、鄒元標各以忘親入告，乃復橫被鎖鐐，咸加杖戍。又且論死劉臺，瘦斃士期。錫爵以刎頸驚奔，張瀚以拊膺被斥。雖王巨君之芟除忤恨，梁將軍之收拷太史，淫刑以逞，不是過也。又況懋修、敬修，非列巍科，則躋清秩。是豈向、歆之學冠於漢廷，抑亦京、縧之派相援宋室乎？蓋至身死踰年，遼妃訴闕。而東園秘器，甫賜泉門；緹騎金吾，旋圍府第。匪漢元虧師傅之恩，亦田蚡貽滅族之釁也。
乃論者以居正之為相也，進《四書經解》而聖學修明，進《皇陵碑》、《帝鑒圖》而治具克舉，請詞林入直而清燕無荒，請宮費裁省而國用以裕，任曾省吾、劉顯而都蠻悉平，用李成梁、戚繼光而邊陲坐拓，厥罪雖彰，功亦不泯焉然。予以居正救時似姚崇，褊礉則似趙普，專政似霍光，剛鷙則類安石。假令天假之年，長轡獲騁，則吏道雜而多端，治術疵而不醇。斯豈貞觀之房、杜，而元佑之司馬乎？更可異者，自居正以錢穀為考成，而神宗中葉大啟礦稅。居正以名法為科條，而神宗末造叢脞萬機。嗚呼！手實之禍，萌自催科，申、商之後，流為清靜，則猶居正之貽患也。
本章完!