神宗萬曆二十一年二月，京察竣。
三月己未，刑科給事中劉道隆論吏部稽勳司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊于庭，臺省交謫。而吏部曲為解，僅議一職方主事袁黃非體。上責吏部回奏，尚書孫鑨言：「淳熙臣鄉人，安貧好學，非有先容之助。于庭任西事有功，尚書石星亦言之，臣不忍以功為罪。且既命議覆，自有異同。惟各原其心，求歸於當。若知其無罪，以科、道之言而去之。昧心欺君，臣不能為。」上以不引罪，奪俸三月，考功郎中趙南星鎸三秩調外，淳熙等並罷。劉道隆以不指名，亦奪俸。鑨乞休，不許。鑨復奏曰：「人臣之罪，莫大於專權，國家之禍，莫烈於朋黨。夫權者，人主之操柄，人臣所司謂之職掌。吏部以用人為職，進退去留屬焉，然必請旨而後行，則權固有在，不可得專也。今以留二庶僚為專權，則無往非端矣。以留二京職為結黨，則無往非黨矣。臣任使不效，徒潔身而去，俾專權結黨之說終不明於世，將來者且以臣為口實，又大罪也。」因請乞骸骨歸。先是，內計去留，先白閣臣。鑨及南星力矯之，王錫爵不悅。鑨既被譴，都察院左僉都御史王汝訓，通政使魏允貞，大理寺少卿曾乾亨，禮部郎中于孔兼，員外郎陳泰來，主事顧允成、張納陛、賈巖，國子助教薛敷教俱論救。禮部郎中何喬遠、主事洪啟睿複合疏言之。孔兼、允成、敷教俱謫外。
甲子，禮部員外郎陳泰來疏曰：「臣通籍十七年，四歷京察。部權自高拱、張居正以來，尚書惟張瀚、嚴清，選郎惟孫鑨、陳有年頗能自立，餘則唯唯呐呐，濫觴於楊巍，而掃地於劉希孟、謝廷寀。今復借拾遺熒惑聖怒，即去時之故智，將來必挈權以阿閣臣，而後為不專權；必植黨以附閣臣，而後為不結黨。」上怒，降泰來。
癸未，左都御史李世達請宥泰來等。不聽。南星、淳熙、于庭、黃各削籍。
四月辛丑，吏部尚書孫鑨罷。
九月，吏部右侍郎趙用賢罷。先是，用賢為檢討，生女三月，中書舍人吳之佳約以幣。及用賢諫張居正奪情削籍，之佳為御史，過吳門，用賢往餞，不為禮，因反幣，終字女蔣氏。之佳子鎮亦他娶，不相及也。用賢負氣節，素不為王錫爵所善。鎮訟之，罷用賢，之佳亦降。戶部郎中楊應宿議趙用賢絕婚非是。行人高攀龍申救，得罪諸臣，語侵閣臣，指應宿為諂諛，應宿遂吁攀龍，並及吏部文選郎劉四科、趙南星、顧憲成等。錫爵封應宿疏上。
閏十一月甲午，行人高攀龍上言：「大臣則孫鑨、李世達、趙用賢去，小臣則趙南星、陳泰來、顧允成、薛敷教、張納陛、于孔兼、賈巖斥。近李楨、曾乾亨復乞歸，選司孟孔鯉又削籍矣。中外不曰輔臣不附已，則曰近侍不利用正人。果謂出於聖怒，則諸臣自化鯉而外，未見忤旨，何以皆至罷斥也？皇上有去邪之果斷，而左右反得行其媢嫉之私，皇上有容言之盛心，而臣下反遺以拒諫之誚，為聖德累不小。」
丙申，都察院左都御史孫丕揚覈：「楊應宿激而嫚罵，高攀龍疏而易言。」命降應宿湖廣按察司經歷，攀龍揭陽縣典史。仍諭建言諸臣：「時事艱難，不求理財、足兵、實政，乃誣造是非。部院公論所出，今後務持平核實。」
二十二年正月丁亥，吏部推閣臣王家屏、沈鯉、陳有年、沈一貫，左都御史孫丕揚，吏部右侍郎鄧以讚，少詹事馮琦。不允。初，閣臣王家屏以諫冊儲罷歸。至是，上諭有「不拘資品，堪任閣臣」語，吏部遂以家屏等名上。上覽不懌，下旨詰責，以宰相奉特簡，不得專擅。吏部尚書陳有年爭之，以為塚宰總憲廷推，自有故事，王家屏為相有名，若宰相不廷推，將來恐開快捷方式，因乞骸骨。上命馳驛還籍，以孫丕揚代之。
辛卯，以沈一貫、陳於陛為禮部尚書兼東閣大學士，直文淵閣。調文選中顧憲成。給事中盧明陬、逯中立先後疏救，上益怒。憲成削籍，謫明陬、中立按察司知事。
甲午，禮部郎中何喬遠，奏救憲成，謫廣西布政司經歷。先是，國本論起，言者皆以「早建元良」為請。政府惟王家屏與言者合，力請不允，放歸。申時行、王錫爵皆婉轉調護，而心亦以言者為多事。錫爵嘗語憲成曰：「當今所最怪者，廟堂之是非，天下必欲反之。」憲成曰：「吾見天下之是非，廟堂必欲反之耳！」遂不合。然時行性寬平，所斥必旋加拔擢。一貫既入相，以才自許，不為人下。憲成既謫歸，講學於東林，故楊時書院也。孫丕揚、鄒元標、趙南星之流，蹇諤自負，與政府每相持。附一貫者，科、道亦有人。而憲成講學，天下趨之。一貫持權求勝，受黜者身去而名益高。此東林、浙黨所自始也。其後更相傾軋，垂五十年。
二十三年秋七月己卯，巡按直隸御史趙文炳劾吏部文選郎中蔣時馨幸進鬻爵。下廷議，尚書孫丕揚代時馨辨。
丙戌，時馨削籍。時馨貪黷，初知新喻，調嘉魚，遷南京大理寺評事。故為敝衣冠，從鄒元標講學，歷考功、文選二司。及被劾，請廷質。且曰：「戎政、兵部左侍郎沈思孝庇浙江海道丁此呂，避察不得，又求少宰不得，遂同諭德劉應秋、大理右少卿江柬之等，詆李三才授趙文炳冀陷太宰而代之。」上怒其瀆辨。甲午，逮故浙江海道副使丁此呂。蔣時馨既斥，孫丕揚為釁由此呂，沈思孝以此呂建言不宜察。丕揚遂上此呂訪單，貪婪贓跡，雖建言無幸脫理。命逮下獄。對簿之日承服，硃砂牀具等累累。丕揚遂與思孝交惡矣。
八月，沈思孝言：「孫丕揚庇屬負國。」丕揚乞休，不允。
十一月丁丑，工部員外郎岳元聲言：「言官攻言官，大臣攻大臣，不若俱罷之。」
二十四年八月癸亥，大學士張位乞罷，不許。時吏部尚書孫丕揚乞休，疏二十上。言：「權官坐謀，鷹犬效力，義難再留。」以位黨丁此呂、沈思孝也。上責丕揚無大臣體，宜協恭毋相抵牾。
閏八月，吏部尚書孫丕揚、右都御史兼兵部侍郎沈思孝罷。
二十七年五月丁巳，以光祿寺卿李三才為都察院右僉都御史，巡撫鳳陽。
二十九年九月戊午，禮部尚書兼翰林院學士沈鯉、朱賡兼東閣大學士，值文淵閣。時廷推九人，上已點朱國祚、馮琦，而沈一貫密揭二臣年未及艾，曷少需之，先爰立老成者。賡得入。鯉先任禮部，與申時行左，請告，上不許。吏科都給事中陳與郊因疏劾鯉，鯉求去益力。上私語曰：「沈尚書不曉我意。」遂有是命。
三十一年夏四月，楚王華奎與宗人華走氐等相訐，章下禮部。初，楚恭王隆慶初，廢疾薨，遺腹宮人胡氏孳生子華奎、華璧。或云：內官郭綸，以族人如綍奴產子壽兒，及弟如言妾子尤金梅所出，並入宮，長為華奎，次華璧。儀賓汪若泉嘗訐奏，事下撫、按。王妃堅持之，乃寢。華奎既嗣楚，華璧封宣化王。華走氐素強禦，忤王。走氐妻又如言女，知其詳。走氐遂盟宗人二十九人入奏：「楚先王風痹，不能御內，乃令宮婢胡氏詐為身。臨蓐時，抱妃兄王如言子為華奎，又抱妃族王如綍舍人王玉子為華璧，皆出於妻恭人王氏口。王氏，如言女，故知之。二孽皆不宜冒爵。」章入，通政司沈子木持未上。
六月，楚王劾宗人疏亦至。事下部。禮部右侍郎郭正域曰：「王奏華走氐事易竟。華走氐奏王非恭王子，亂皇家世系，事難竟。楚王襲封二十年，何至今始發？而又發於女子骨肉之間？王論華走氐一人，而二十九人同攻王。果有真見，出真情否？王假，則華走氐當別論；王真，則華走氐罪不勝誅。」沈一貫以親王不當勘，但當體訪。正域曰：「正域江夏人，一有偏徇，禍且不測。非勘則楚王跡不白，各宗罪不定。王跡勘，各宗罪，不勘，人於何服！」時正域右宗人，而輔臣沈鯉又右正域。戶部尚書趙世卿、倉場尚書謝傑、祭酒黃汝良皆謂王非假。一時閣、部互相齟齬。給事中姚文蔚劾郭正域故王護衛中人，修怨謀陷王。都察院右都御史溫純劾御史於永清、給事姚文蔚，刺及沈一貫。
九月己巳，刑科都給事中楊應文、給事中錢夢臯各劾郭正域，夢臯並及次輔沈鯉。俱不報。上卒以王為真，而正域罷去。尋楚府東安王英燧、武岡王華增、江夏王華暄等，請復勘假王，不聽。時票楚事皆朱賡，二沈引嫌不出。
十一月，妖書事起，沈一貫疑郭正域為之。錢夢臯遂直指正域，且及輔臣沈鯉。陝西道御史康丕揚將例轉，內監賈忠貞語丕揚，乘妖書可免，丕揚遂起而佐之。後歸獄皦生光，得解。（詳爭國本）
三十三年春正月，考察京官。時主察，當屬吏部左侍郎楊時喬，輔臣沈一貫憚其方嚴，請以兵部尚書蕭大亨主筆。疏上，上以時喬廉直，竟屬之。時喬與都御史溫純力持公道，疏上，留中。
三月辛巳，吏部趨計疏，中旨留被察給事中錢夢臯、御史錢一鯨等。復論：「京察科、道，不稱職者甚眾，豈皆不肖？必有私意。朕不得無疑。」蓋以一貫私人被詰責也。時喬、純言：「察處科、道，萬曆二十一年科七人，道七人。二十七年，科五人，道九人。今議處科四人，道七人，皆參眾矢公。而聖諭嚴切，臣等無狀，宜罷。」上不問。南京總督糧儲尚書王基以拾遺自辨，上特留之。
夏四月，刑科給事中錢夢臯復論楚事，請削前侍郎郭正域籍，並言左都御史溫純黨庇。工科給事中鍾兆斗例轉，亦誣奏純。純乞休。大理少卿徐宗濬、吏部都給事中侯慶遠、御史孔貞一等皆論夢臯違禁妄辨，吏部左侍郎楊時喬亦言之。俱不報。
五月，侯補職方郎中劉元珍劾「沈一貫偏置私人，蒙上箝下。錢夢臯妄奏求容，士林不齒」。一貫、夢臯皆疏辨。夢臯謂元珍為溫純鷹犬。降一級，調極邊。
六月，吏部員外郎賀燦然言：「被察科、道，與溫純皆當去。」南京吏科給事中陳良訓，御史蕭如松、朱吾弼，各論王基、錢夢臯、鍾兆斗必不可留，沈一貫結近侍，陽施陰設。
秋七月，兵部主事龐時雍直攻沈一貫欺罔誤國。於是太子太保都察院左都御史溫純致仕，錢夢臯、鍾兆斗各避疾，京察始得奏。尋謫賀燦然、龐時雍，奪朱吾弼俸，拾遺南京戶部尚書王基免。時有布衣在一貫坐，夢臯戲之曰：「昔之山人，山中之人。今之山人，山外之人。」布衣應聲曰：「昔之給事，給黃門事。今之給事，給相門事。」識者噱之。
三十四年夏六月，吏科給事中陳良訓、御史孫居相劾沈一貫奸貪。大學士沈一貫、沈鯉並致仕。一貫連歲乞休，疏八十上，始允。鯉居位四載，嘗列天戒民窮十事，書之於牌，每入閣，則拜祝之。或讒鯉為咀咒，上命取觀之，曰：「此非咀咒語也。」妖書事起，危甚，賴上知其心，得無恙。及放歸，得旨不如一貫之優。各賜金幣，鯉半之。出都日，猶有讒其衣紅袍閱邊者，中官陳矩為解乃已。孫居相奪歲俸，陳良訓鎸三級調外。
三十五年五月，以禮部左侍郎李廷機、南京禮部右侍郎葉向高為禮部尚書兼東閣大學士，直文淵閣。又諭朱賡召舊輔王錫爵。時顧憲成移書向高言：「近日輔相，以模稜為工，賢否圂淆。」引張禹、胡廣為戒。廷機故出沈一貫門，人多疑之。給事中王元翰、胡忻、曹于汴、宋一韓，御史陳宗契等，交章劾廷機。廷機故清介，而攻之者詆為輦金奧援，御史葉永盛極辨之。廷機伏闕辭，不允。上下旨切責元瀚等。
秋七月，總督漕運李三才請補大僚，選科、道，用廢棄。其論廢棄曰：「諸臣祗以議論意見一觸當路，永棄不收，總之於皇上無忤。今乃假主威以錮諸臣，又借忤主之名以飾主過。負國負君，莫此為甚。」參政姜士昌齎表入京，奏別遺奸，錄遺逸。遺奸指王錫爵、沈一貫。朱賡又曰：「古今稱廉相，必稱唐楊綰、杜黃裳。然二賢皆推賢好士，惟恐不及。而王安石用之，驅逐諸賢，竟以禍宋。」時李廷機有清名，故士昌規及之。賡、廷機上疏辨，降士昌廣西僉事。御史宋燾論救，謫平定州判，加謫士昌興安典史。
三十六年五月，禮部主事鄭振光劾輔臣朱賡、李廷機大罪十有二，指一貫、賡、廷機為過去、現在、未來三身，佈置接受，從風而靡。上以其誣詆，謫普安州判。
九月，先是，王錫爵辭召，手疏言：「皇上於章奏一概留中，特鄙棄之，如禽鳥之音不以入耳，然下以此愈囂。臣謂君父至尊，必自立於無過之地。請幡然降旨，盡除關稅，召還內差，散內庫之有餘，濟邊儲之不足，天下必歡呼踴躍，以頌聖德。留中章疏，亦自有緩急。如推補九卿，以吏部、都察院為先，庶官以科、道為急。科、道考選久停，與其故裁抑，留不肖，以塞賢者之途，孰若稍疏通，簡新進，以決舊日之壅。此今日攬權上策也。」時疏甚密，而都御史李三才鉤得之，泄言於眾，謂錫爵以臺、省為禽獸。於是南京戶科給事中段然首論錫爵與朱賡密揭，擅權亂政。不報。起孫丕揚太子少保、吏部尚書。
十月壬戌，起吏部文選郎中顧憲成為南京光祿少卿，辭不至。丙寅，工科給事中何士晉劾錦衣衛左都督王之楨為輔臣爪牙心腹，亟宜顯斥。禮科給事中張鳳采、刑科都給事中蕭近高、給事中張國儒交章糾王錫爵、朱賡。國儒言：「臺、省五十餘人，共糾朱賡奸狀，而尚書趙世卿曲媚之。」俱不報。
十一月壬子，朱賡卒於官。賡性淳謹，同鄉沈一貫當國，善調護，故妖書、楚獄，其禍不蔓。賡卒，廷機當首揆，言路益攻之。廷機決計不出，葉向高獨相，而攻廷機者未已也，遂移居演象所之尊武廟。乞放，凡五年，至萬曆四十年，始得請。寒暑閉門無履跡。
三十七年春二月丙寅，御史鄭繼芳劾工科右給事中王元翰貪婪不法。元翰亦奏辨，繼芳為王錫爵、申時行吐氣。初，給事中王紹徽善湯賓尹，營入閣甚急，嘗語元翰曰：「公語言妙天下，即一札揚湯君，湯君且為公死，世間如湯君可恃也。」元翰辭焉。紹徽銜之，因嗾繼芳摭元翰。
夏四月，吏科糾擅去諸臣。初，工科給事中孫善繼拜疏竟去，劉道隆繼之，王元翰、顧天峻、李騰芳、陳治則各先後去。命削善繼籍，道隆等各降秩。時南北科、道互相攻詆，至不可問。戶科給事劉文炳請召鄒元標。不報。
十二月乙丑，工部主事邵輔忠論：「總督漕運李三才，結黨遍天下。前圖枚卜，今圖總憲。四岳薦鯀，漢臣諛莽，天下之大可憂也。」時三才需次內臺，輔忠首劾之，繼以御史徐兆魁，三才奏辨。工科給事中馬從龍，御史董兆舒、彭端吾，南京工科給事中金在衡，交章為三才辨。俱不報。三才負才名，初為山東藩臬有聲，民歌思之。撫淮十年，方稅璫橫甚，獨能捕其爪牙，以尺棰斃大盜。三才多取多與，收采物情，用財如流水。顧憲成之左右，譽言日至，憲成信之，亦為游揚。三才嘗晏憲成，止蔬三四色。厥明，盛陳百味，憲成訝而問之。三才曰：「此偶然耳！昨偶乏，即寥寥，今偶有，故羅列。」憲成以此不疑其綺靡。至是，挾縱橫之術，與言者為難，公論詘之。
三十八年五月壬子，吏部主事王三善乞勘李三才。不報。前吏部郎中顧憲成遺書葉向高，謂「三才至廉至淡漠，勤學力行，為古醇儒，當行勘以服諸臣心」。時給事中金士衡、段然力保三才，給事中劉時俊、兵部郎中錢寀爭之，紛如聚訟。
三十九年二月戊子，總督漕運李三才免。
三月，吏部尚書孫丕揚糾御史金明時倡言要挾逃察，命下都察院議處。初，明時巡闕，劾寶坻知縣王淑汴，吏部右侍郎王圖子也。及臨京察，知不免，遂先發攻王圖。御史史記事論之，明時奏辨。主事秦聚奎言：「明時論王圖，在去年十二月。丕揚論明時，在今考察先一日。而卒之明時撓察之疏，杳乎無聞。大臣結黨欺君，天下大勢，趨附秦人，今之丕揚，非復昔之丕揚矣。」於是吏科都給事中曹于汴，御史湯兆京、喬允升，俱以撓察論聚奎、丕揚，奏參聚奎，並以湯賓尹等七人訪單送內閣。閣臣葉向高疏如丕揚指。金明時以不謹免，尋以辨疏犯御諱削籍。
四月庚辰，計疏下，命秦聚奎閒住。南京國子監祭酒湯賓尹，郎中張嘉言，主事徐大化，御史劉國縉、王紹徽、喬應甲、岳和聲，降調有差。
五月，給事中朱一桂、御史徐兆魁疏稱：「顧憲成講學東林，遙執朝政，結淮撫李三才，傾動一時。孫丕揚、湯兆京、丁元薦角勝附和，京察盡歸黨人。」不報。翰林院修撰韓敬疾去。敬先師事湯賓尹，在禮闈，越房拔為第一。敬有時名，而好縱橫之學，恣色貨之好。時攻賓尹，因及敬。
四十年二月癸未，吏部尚書孫丕揚掛冠出都。
四十一年二月辛丑，御史劉廷元劾光祿寺少卿於玉立：「依附東林，風波翻覆，宜顯斥」。不報。
十月，禮科給事中亓詩教言：「今日之爭，始於門戶。門戶始於東林，東林倡於顧憲成，刑部郎中於玉立附焉。憲成自賢，玉立自奸，賢奸各還其人。而奔競招搖，羽翼置之言路，爪牙列在諸曹，關通大內，操縱朝權。顧憲成而在，寧願見之哉？」末刺及葉向高，向高奏辨。
四十二年八月癸卯，大學士葉向高致仕。
十一月，御史劉廷元參李三才占廠、盜皇木，結交內侍起官。御史劉光復、給事中官應震等交章論之。命給事中吳亮嗣往勘，亮嗣報其實，下三才舍人於理，三才尋削籍。
四十五年三月，京察，革刑部主事王之寀職為民，竇子偁、陸大受皆被斥。時葉向高既去，方從哲獨相，庸庸無所短長。吏部尚書鄭繼之主察，徐紹吉、韓濬佐之。之寀初爭挺擊，為韓濬所糾，部處坐以貪污，子偁、大受有清操，持論與之寀合，亦被逐。時上於奏疏，俱留中，無所處分，惟言路一糾，其人自罷去，不待旨也。於是臺、省之勢積重不返，有齊、楚、浙三方鼎峙之名，齊為亓詩教、韓濬、周永春，楚為官應震、吳亮嗣，浙為劉廷元、姚宗文，勢張甚，湯賓尹輩陰為之主。賓尹負才名而淫污，辛亥京察被斥。至是，察典竣，韓濬以問鄉人給事中張華東。華東曰：「王之寀論甚正，何為重處之？」濬驚愕不語。
四十六年十二月，主事鄒之麟奪職閒住。之麟負才名，附給事中亓詩教、韓濬求轉吏部不得，遂訐奏詩教、濬。又擅離任，被斥。
四十七年十二月，會推閣員。禮部左侍郎何宗彥以吏科給事中張廷登不署名，不得預，御史薛敷教、蕭毅中、左光斗、李徵儀、倪應春、彭際遇、張新詔等，交章惜之。而禮科都給事中亓詩教、兵科薛鳳翔又屢駁具如延登指，各歸責於輔臣方從哲。從哲奏辨。俱不報。先是，國本之論起，廟堂益相水火，上頗厭惡之，斥逐相繼，持論者愈堅，乃一切置之高閣。方從哲獨相七年，上喜其無能而安之。山東趙煥為塚宰，詩教又從哲門人，故其勢尤張。已而鄒之麟倡言張鳳翔為選君，必以年例處姚宗文、劉廷元，齊、浙遂離。之麟既被黜，其友夏嘉遇、魏光國、尹嘉賓、鍾惺皆有才名，俱改用。而嘉遇素潔清，亦與眾共擯。趙興邦為兵垣，仍入禮闈，之麟、嘉遇遂糾之，並及詩教。言路合疏糾嘉遇。興邦遽升京卿。御史唐世濟助嘉遇攻興邦，而亓、趙之勢衰。時廷議所喧持者，唯禁道學一事，吏治邊防，俱置不理。
泰昌元年，即萬曆四十八年也。
八月己酉，起鄒元標為大理寺卿。科臣揚上言：「君子小人之進退，關係國家之治亂。然小人不退，則君子不進。」吏部尚書周嘉謨奏列建言得罪諸臣王德完等三十三人。於是王德完、孟養浩、鍾羽正、滿朝薦悉起部、寺諸官。壬戌，以以侍讀學士劉一燝、韓爌為禮部尚書兼東閣大學士，直文淵閣。仍諭內閣，特召舊輔葉向高。初，光宗踐祚，踰月崩，未及用向高等。熹宗既即位，乃遣行人徵之。
十一月，給事中惠世揚遇災陳言，因參大學士孫如游，薦高攀龍、劉宗周、孫居相、劉策、王之寀、陸大受等。
十二月，大學士方從哲致仕。從哲以「紅丸」、「移宮」二案，臺、省交章論之，至是歸。
熹宗天啟元年春正月，兵科給事中楊連予告回籍。漣以「移宮」一案，御史賈繼春侵之，漣因乞歸。（詳三案）
御史馬逢臯上言：「楊漣何罪，無罪即功。功在安社稷，罪在攻大璫。罪璫未誅，而發璫罪者先作楚囚之悲。君子退，則小人進矣。」
二月，御史周宗建上言：「國家之治亂，由於議論之公私。皇祖戊申以後，沈一貫未敗之時，在朝者豈無君子？而一雜以小人，則沈鯉可逐，郭正域可芟，察典可壞，大獄可興。時則有錢夢臯、康丕揚為之首。庚戌、辛亥之交，在朝者豈無君子？而一雜以小人，則大貪之淮撫可保，極險之銓佐可阿，直節可摧，清流可放。時則有史記事、徐縉芳等為之首。壬子、癸丑之交，在朝者豈無君子？而一雜以小人，則學差可擯，考選可排，吏、兵之諸事，可日試以為嘗，考察之把持，可一網以為阱。時則有亓詩教、趙興邦為之首。有如今日，三咨並下，君子進庸矣。而臣竊為先事之慮者，以用人言之，如所引董應舉、高攀龍、史孟麟、李邦華、熊明遇、魏雲中等二十餘人，類皆磊落奇才。如必借此相引，積橫之貪邪，亦思梯架於月旦，窮凶之醜類，尚留春夢於餘灰，將朝廷大公之盛舉，翻作臣子市德之私緣，臣之所謂不得不慮也。以「移宮」言之，如方震孺、毛士龍等十有餘章，闡發既明。在科臣楊漣潔志遠嫌，不難聽召用於他日。臺臣賈繼春實心愛主，何妨付定論於國人。若復侈談羽翼，追憶几筵，欲掃疑端，愈增滋蔓，又臣之所謂不得不慮也。臣請約言之，銓除在真品，毋容夾雜以同升；朝論在輿評，毋輕出言以佐鬥。國家要以邊事為首務，毋自起室內之戈。今日終以君德為大本，毋徒為將順之節。」
三月，起劉宗周禮部主事，王之寀刑部主事，高攀龍光祿寺丞。
八月，給奉聖夫人客氏地。以陵工成，命敘錄魏進忠。御史王心一、馬鳴起，吏科給事侯震暘、倪思輝、朱欽相等，先後糾之。降調有差。
二年春正月，起吏部郎中趙南星為太常寺卿。
三月，禮科惠世揚疏參輔臣沈㴶：「借募兵之名，為護身之術。陰使其黨晏日華潛入大內，誘劉朝等練兵，再見江彬之事。外戚鄭養性厚募死士，有違祖制。」不聽。御史侯震暘亦以劾㴶調外。
六月，刑部尚書王紀奏劾輔臣沈㴶「巧能移人主之視聽，力足倒天下之是非。交結權黨，誅鋤正士。黃臺瓜詞已賦，同文館獄將興」。又曰：「臣指其察京，而㴶不肯受。試取惠世揚、周朝瑞、魏大中、董羽宸等疏，一一讀之。則京之為京，隱括於此矣。」上以煩言責之。㴶尋予告回籍，紀革職為民。
八月，以楊漣為太常寺少卿。兵科給事朱童蒙疏劾都御史鄒元標、副都御史馮從吾建壇講學，醵金立院之非。標等上疏自理，上優詔答之。工科給事郭興治復劾，內有「比擬妖賊」諸語。上責其狂悖，奪俸。於是元標、從吾五疏乞休。元標即移家出城，遂予告，馳驛去。翰林修撰文震孟上言勤政講學之實，留中。庶吉士鄭鄤疏促之，俱降調。太僕少卿滿朝薦上言：「國事顛倒，成於陛下者什之一二，成於當事大臣者十之八九。」疏入，除籍為民。
十一月，以趙南星為都察院左都御史。
十二月，以顧秉謙、魏廣微為大學士，入閣辦事。
三年二月，奪御史周宗建俸。南京御史徐世業劾宗建保舉熊廷弼。宗建疏辨，詞連郭鞏，有「結交宮闈，獻媚進忠」之語。中旨切責。
冬十月，以楊漣為右僉都御史，協理院事。
四年二月，推南京吏部尚書鄒元標，中旨以衰老罷之。
夏四月，吏部尚書趙南星上言：「吏部四司，惟稽勳司一人，餘司皆二人，以稽勳事寡也。然今日之稽勳，皆儲為文選、考功之用，宜就近推補司官，不拘資格，一省不妨二人。」引陸光祖調吏部呂坤、黃克念等同邑同司之例為言。上從之。於是南星調職方司郎中，鄒維璉為稽勳，主外察。維璉與原任主事吳羽文皆江西人，羽文遂拘舊事求去，維璉亦不敢履任。刑科傅櫆疏侵之，羽文求去益堅，維璉亦上疏力辭。櫆復疏以僉都御史左光斗、吏科都給事魏大中交通故內監王安、中書汪文言。詔下文言於獄，嚴訊之。光斗上疏自理，大略謂：「櫆之意，不利於稽勳有鄒維璉，銓司有程國祥，吏垣有魏大中，故欲一網去之。」且指其「冒東廠理刑傅繼教為兄弟，佈置窟穴」。大中亦上疏辨。得旨，命大中赴任供職。御史袁化中、給事中甄淑相繼為光斗辨。大學士葉向高請骸骨，疏曰：「臣十八疏乞歸，皇上維時艱主憂，臣即去何安。顧臣罪戾多矣。即如科臣傅櫆所論，汪文言實臣具題。左光斗、魏大中之善文言，尚屬曖昧，而臣之用文言，則事跡甚明。臣取罪之故，當聽公論，不敢妄辨，以滋紛紜。耿耿愚忠，竊謂言官之訐奏，釁不可開，駕帖之拏人，漸不可長。惟皇上罪臣一人，而稍寬其他，於以釋官府之嫌，消縉紳之禍。」上慰諭留之。已而大中既蒞任，復傳旨詰責大中：「櫆情事未明，何得赴任！」櫆乃上言：「明旨不宜二三，中旨恐開旁竊。」糾近臣以自解。
七月，大學士葉向高予告回籍。向高再入相，政移忠賢。同事者更希意阿旨，向高動即掣肘。楊漣二十四罪疏上，忠賢恨刺骨。御史林汝翥忤璫，群璫圍向高第索之。向高知時不可為，發憤決去。疏三十三上，後得請。左都御史高攀龍糾劾貪污御史崔呈秀，落職回籍。呈秀巡按淮陽，有狼籍聲。吏科都給事魏大中發其饋遺，攀龍因回道考察，劾罷之。已而呈秀以魏璫義子起用。
冬十月朔，有事太廟，輔臣魏廣微不至，魏大中糾其無禮，指稱：「惟奢安不拜正朔。」廣微深銜之，上疏自辨。御史李應升復疏糾之，謂「廣微不可見乃父於地下」。廣微見疏恚甚。廣微父，魏允貞也，嘗為諫官，得罪閣臣去。
降吏科都給事魏大中、吏部員外郎夏嘉遇、御史陳九疇三級，調外。吏部尚趙南星、左都御史高攀龍乞罷，許之。給事中沈惟炳疏救，不允，亦調外。時推山西巡撫，南星以太常卿謝應祥沉靜有為，欲以處之，言於員外夏嘉遇。嘉遇述其意於河南道御史袁化中，化中深然之。及化中途逢大中，告以故。先是，應祥令嘉善，大中知其才守，遂會推焉。陳九疇有私恨，遂論應祥昏耄，大中以門牆私之。互相奏辨，有旨會勘。吏部坐檯臣「論人失實」上，中旨以「比周」切責之，降大中等。於是南星、攀龍皆引罪去。大學士韓爌力救，不聽，引疾歸。已而刑部尚書喬允升，吏部侍郎陳于庭，都御史楊漣、左光斗，太常卿謝應祥，部屬張光前、鄒維璉，科、道袁化中，許譽卿等，一時盡黜，部署皆空。戶科給事中陶崇道上言：「諸臣各執成見，無不異同，尤望皇上盡入陶鎔，化其畛域。而天語頻煩，責以朋比。彼此之互異既章，水火之情形立見。虞廷黜陟，不過賢奸；唐、宋末流，可為殷鑒。」疏入，降調。
十二月，起徐兆魁為吏部左侍郎，朱童蒙、郭允厚、李春煜太僕寺少卿，徐大化、呂雲鵬、孫傑大理寺寺丞，霍維華、郭興治、楊維垣等皆科、道。以御史梁夢環追論，復逮汪文言。自是羅織靡已，楊漣、魏大中相繼斃於獄。御史李蕃疏劾輔臣朱國禎。時韓爌既去，魏廣微未得為首輔，嗾蕃劾之。
五年秋八月，御史張訥請廢天下書院。殺熊廷弼。初，楊、左事起，以「移宮」為案，但屬楊、左，與顧大章等無與也。已，復改為封疆，周朝瑞曾疏薦廷弼，而顧大章與楊維垣相疏辨，與楊、左又無與也。乃以封疆牽入「移宮」，於是一網盡矣。
七年八月，上崩，無嗣，遺命以信王入繼大統。誅魏忠賢、客氏，其黨相繼伏法。
冬十月，吏科都給事中陳爾翼上言：「東林餘孽，遍布長安，每欲因事起釁，憂不在小。乞敕下廠、衛，嚴緝禁之。」上曰：「群臣流品，先帝澄汰已分。朕初御極，嘉與士大夫臻平康之理，毋事揣摩形影，以滋爭競。」
十一月，戶部員外王守履劾崔呈秀，薦舊輔韓爌。上以韓爌清忠有執，下所司知之。
懷宗崇禎元年春正月，翰林院編修倪元璐上言：「臣入都抵抄，凡攻崔、魏者，必引東林為並案。一則曰『邪黨』，再則曰『邪黨』。夫崔、魏而既邪黨矣，向之劾忠賢、論呈秀者，又邪黨乎？虛中言之，東林則亦天下之才藪也。其所宗主者，大都秉清挺之標，而或繩人過刻；樹高明之幟，而或持論太深；此之謂非中行則可，謂之非狂狷則不可。且天下之議論，寧涉假借，而必不可不歸於名義；士人之行已，寧任矯激，而必不可不准諸廉隅。自以假借矯激深咎前人，而彪虎之徒，公然毀裂廉隅，背叛名義矣。連篇頌德，匝地生祠。夫頌德不已，必將勸進；生祠不已，必且嵩呼；而人猶寬之曰『無可奈何』。嗟乎！充一無可奈何之心，又將何所不至哉！議者論以忠厚之心曲原此輩，而獨持已甚之論苛責吾徒，亦所謂悖也。今大獄之後，湯火僅存，恩論酌用。乃任事諸臣，猶以『道學封疆』四字，持為鐵案，深防報復，臣竊以為過計也。水落石出，正人相見，總屬崔、魏之異已，即可化牛、李為同心。況年來借東林以媚崔、魏者，其人自敗，不須東林報復。若其不附崔、魏，又能攻而去之者，其人既已喬岳矣，雖百東林烏能報復哉！臣所謂方隅未化也。
（韓爌清忠有執，聖諭鑒知。而廷議殊有異同，則徒以票擬熊廷弼一事耳。夫封疆失事，累累有徒，而時議獨殺一廷弼，豈平論哉！此爌之所以閣筆也。然廷弼不死於封疆而死於局面，不死於法吏而死於奸▉，則又不可謂後之人能殺廷弼，而爌獨不能殺之也。詞臣文震孟三月居官，昌言獲罪，有人如此，雅謂千秋。而起用之旨再下，悠謬之談日甚，豈以其前兄從龍不逞之事乎？夫賢愚相越，古今多有，不聞柳下惠膺盜跖之誅，司馬牛受向魁之罰，臣所謂正氣未伸也。總之，臣論不主調停，而主別白，不爭二臣之用舍，而爭一日之是非。至於海內講學書院，凡經逆璫矯旨毀拆者，俱宜葺復如故。蓋書院、生祠相為勝負，生祠毀，書院豈不當復哉！」疏入，上不納。御史楊維垣以詞臣持論之偏，疏駁之。元璐復上言：「維垣疏臣持論甚謬，怪臣盛稱東林，以東林之尊李三才而護熊廷弼也。然亦知東林中有首參魏忠賢之楊漣、提問崔呈秀之高攀龍乎？且當時於三才特推其揮霍之略，未嘗不指之為貪。於廷弼特未即西市之誅，未嘗不坐之以辟，則猶未為失論失刑也。今忠賢窮凶極惡，維垣猶曰『廠臣公，廠臣不愛錢，廠臣為國為民』，而何況三才！虎彪結交近侍，律當處斬，初擬止於削奪，維垣不聞駁正，又何況廷弼。而以臣為謬，臣也不受也。維垣又怪臣盛稱韓爌，夫舍爌觸璫嬰禍之跡，加以說情罔利，已非矣。如廷弼特票免一梟，未赦而欲用之也。至廷弼行賄之說，逆璫借為楊、左諸人追贓地耳。維垣奈何尚守是說乎？而以臣為謬，臣不受也。維垣又怪臣盛稱文震孟，夫震孟臣不更論，即如王紀清正著聲，以參沈㴶忤逆璫而譴斥，震孟則以薦王紀而降削，均得罪於逆璫者也。維垣試觀數年來破帽策蹇之輩，較超階躐級之儔，孰為榮辱？自此義不明，於是畏破帽策蹇者相率為頌德生祠，希蟒玉馳驛者，遂呼父呼九千歲而不顧。而以臣為謬，臣不受也。維垣又怪臣盛稱鄒元標，夫謂都門聚講為非宜，則可；謂元標講學有邪謀，則不可。逆璫毀書院，遂正人，箝學士大夫之口。自元標以偽學見驅，而逆璫遂以真儒自命，學宮之席，儼然揖先聖為平交，使元標諸人在，豈遂至此！而以臣為謬，臣不受也。維垣又極力洗髮臣『假借矯激』四字。夫崔、魏之世，人皆任真率性為頌德生祠，使有一人假借而不頌不祠，豈不猶賴是人哉！非謂東林之名義盡假借也。東林自鄒元標、王紀、高攀龍、楊漣外，如顧憲成、趙南星、馮從吾、陳大受、周順昌、魏大中、周起元、周宗建等之真理學、真骨力、真氣節、真清操、真吏治，豈有所矯激假借而然？而曰臣大謬，臣益不受也。維垣以為真小人待其貫滿可攻去之，崔、魏之貫滿久矣，不遇聖明，誰攻去之？維垣終以無可奈何之時，為頌德生祠者解嘲。假令呈秀舞蹈稱臣於逆璫，諸臣亦以為不可異同而舞蹈稱臣奈乎？又令逆璫以兵劫諸臣使從叛逆，諸臣便亦畏而從之，以為適直無可奈何之時乎？維垣又言：『今日之忠直，不當以崔、魏為對案。』臣謂正當以崔、魏為對案也。夫人品試之崔、魏而定矣。有東林之人，為崔、魏所恨，必欲殺之逐之，此正人也。有攻東林之人，雖為崔、魏所借，而勁節不阿，或逐或遠，此亦正人也。以崔、魏定邪正，譬之以明鏡別妍媸。而揭揭代逆璫分謗，臣願維垣之熟計之也。」上是之。）
時元璐屢言事，大學士來宗道常曰：「渠何事多言？吾詞林故事，惟香茗耳！」時謂宗道「清客宰相」。
五月，御史袁弘勳劾大學士劉鴻訓：「一入黃扉，揚揚自得。浹旬之間，革職閒住無虛日。最可異者，楊所修、賈繼春、楊維垣，夾攻表裡之奸，有功無罪而誅鋤禁錮，自三臣始。且軍國大事，未暇平章，惟亟毀《要典》。謂水火玄黃，是書為祟。今毀矣，水火玄黃息耶戰耶？未毀以前，崔、魏借之以空善類；既毀以後，鴻訓又借之以殛忠良。以暴易暴，長此安窮」！鎮撫司僉書張道濬亦訐攻鴻訓。工科給事中顏繼祖爭之，且言：「道濬出位亂政，非重創不止。」御史史範、高捷相繼彈鴻訓，鴻訓尋以事罷歸。
十一月庚申，會推閣員吏部侍郎成基命、禮部侍郎錢謙益等。禮部尚書溫體仁訐謙益，天啟初主試浙江，賄中錢千秋，不宜枚卜。上召廷臣及體仁、謙益於文華殿，質辨良久。上曰：「體仁所參『神奸結黨誰』也？」曰：「謙益黨與甚眾，臣不敢盡言。即枚卜之典，俱自謙益主持。」吏科給事中章允儒曰：「體仁資深望輕，如糾謙益，何不先於枚卜也？」體仁曰：「前猶冷局，今卜相事大，不得不為皇上慎用人耳。」允儒曰：「朋黨之說，小人以陷君子，先朝可鑒。」上叱之，下錦衣衛獄，削籍。禮部以錢千秋試卷呈，上責謙益，引罪而出，旋回籍，除名為民。下千秋於刑部。周延儒曰：「自來會推會議，皆故事，僅一二人主持，餘無所言。即言出，而禍隨之矣。」上大稱善，遂停枚卜，卒用延儒。延儒力援體仁，明年亦入政府。初，延儒以召對稱旨，至是，枚卜，謙益必欲得之，而慮以延儒同推，勢必用延儒，遂力推止之。不知上果意在延儒，不推適滋上疑耳。於是黨同之疑，中於上者深。體仁發難，而延儒助之，謙益不知也。忽蒙召對，謙益自為枚卜定於此日。及入見，方知有體仁疏。體仁與謙益廷辨，體仁言如湧泉，而謙益出不意，頗屈。
二年春正月，定逆案。
召廷臣於文華殿。先是，御史毛九華劾禮部尚書溫體仁有媚璫詩刊本。上問體仁，體仁謂出自錢謙益誣論。又出御史任贊化參體仁疏，其語褻，上不懌，謫贊化於外。御史吳甡言：「因溫體仁前削章允儒，降房可壯、瞿式耜，今又斥任贊化，班行無色。乞召還言官。」不聽。
三年五月，左諭德文震孟上言：「呂純如羅織諸賢，今籍奧援，思借邊才起用。吏部尚書王永光假竊威柄，年例變亂祖制，考選擯斥清才。」疏入，命指實具奏。永光有清執，東林以其異已，給事中張國維、御史毛羽健等交劾之。俱不問。至是，震孟再糾之。
四年春正月，翰林院編修黃道周疏救錢龍錫，調外。初，定魏、崔逆案，輔臣錢龍錫主之。袁崇煥之獄，御史史𡎊力謀借崇煥以報龍錫，因龍錫以囉及諸臣，周延儒、溫體仁主之。欲發自兵部，而尚書梁廷棟不敢任。又上英察，不能遽起大獄也。道周疏上，延儒意稍解。時大學士韓爌亦被劾歸。
二月，給事中葛應鬥糾御史袁弘勳、錦衣衛都督同知張道濬，通賂竊權。命下理。弘勳受參將胡宗明、主事趙建極賄，囑於兵部尚書梁廷棟、吏部尚書王永光。弘勳、道濬，皆永光所任也，俱論戍。刑科給事中吳執御論永光誨貪崇墨，永光罷。
五月，釋故大學士錢龍錫獄，戍定海衛。龍錫出獄，周延儒即過之，極言上怒甚，挽回殊難，龍錫深德之。未幾，溫體仁至，龍錫因述延儒語。體仁曰：「上固不甚怒也。」於是聞者謂體仁質直而延儒虛偽，然亦體仁之巧於擠延儒也。嘉善錢士升為龍錫門生，聞體仁語，頗多之，而輕延儒，體仁遂與相結。
五年春正月，刑科給事中吳執御奏薦黃克纘、劉宗周等，御史吳彥芳奏薦李瑾、李邦華等。上以其朋比，惡之，下彥芳、執御於理。坐上書不以實律，杖為城旦。
六年三月，刑科都給事陳贊化劾大學士周延儒「招權納賄、遊客李元功借叢威人。延儒嘗語去輔李標事云：『上先允放，餘封還原疏，上即改留。頗有回天之力，今上羲皇上人也。』此是何語，豈徒小人之輕泄乎！至指借停刑，以罔賄利，此固通國所共聞也」。且引刑科給事李世祺為證。世祺亦奏延儒有此言。不問。戶科給事中朱文煥亦劾延儒「重荷國恩，毫無補救」。六月，大學士周延儒罷。始，溫體仁與延儒深相結納，延儒力援之以進。至是，體仁將奪其位，太監王坤疏攻延儒，體仁無一語相助。於是陳贊化屢糾延儒，即「羲皇上人」一語，窮究不已。體仁知上意，凡與延儒為難者，必陰助之，而助延儒者皆詘。延儒放歸。
七年三月，召大學士何如寵入朝，在道屢引疾，不許。刑科給事中黃紹傑奏言：「從來君子小人，不能並立。如寵徘徊瞻顧，則次輔溫體仁當知所自處矣。自體仁為相，水旱洊臻，盜賊滿路，燮理固如是乎？秉政既久，窺旨必熱。中外諸臣，承奉其意。用一人，則曰：『此與體仁不合也。』行一事，則曰：『此體仁所不樂也。』凡此，皆召變之由。乞命體仁引咎辭位，以回天心，慰民望。」上責其率妄，調外。
八月甲戌，石廷臣於平臺，問誰堪塚宰總憲者，令各給條對。吏部左侍郎張捷曰：「臣之所舉，與眾不同。」上許之。勳戚在殿西室，文臣在殿東室。捷旁皇四顧，大學士王應熊目屬之，諸臣覺其異。及問所薦，則前兵部呂純如也。時諸臣或舉鄭三俊，勳戚亦如之。或舉唐世濟。捷曰：「總憲世濟可，塚宰非純如不可。」俄入奏，力言純如之長。諸臣以純如列逆案，不可。刑科給事中姜應申言之尤力，捷失色。上問溫體仁，對曰：「謝升可。」上是之。應熊故善周延儒，而純如又與延儒善者，故體仁陰持之。給事中范淑泰、吳甘來交章劾王應熊、張捷同謀黨附，計翻逆案。
乙亥，召南京吏部尚書謝升為吏部尚書，以唐世濟為左都御史。
八年夏六月，刑部主事吳江，給事中何楷、宋學顯，御史張纘曾各劾大學士溫體仁，並及王應熊。初，流盜陷中都，巡撫楊一鵬，巡按吳振纓被劾。而振纓體仁鄉人，曲庇之。時何吾騶亦與應熊不合，錢士升力劑其間，得解。
秋七月，進少詹事文震孟為禮部左侍郎兼東閣大學士。震孟講《春秋》稱旨，既而以疾告，不允。溫體仁語之曰：「行相君矣，何避也！」至是，出特簡入政府。
十一月，大學士何吾騶、文震孟罷。初，吾騶、震孟在直，欲以工科給事許譽卿補南京太常卿，溫體仁與吏部尚書謝升難之。升遂疏糾譽卿。震孟自恃特簡，於體仁無所依附。嘗與體仁論庶吉士鄭鄤當遷除，大拂體仁意。至是，票升疏，止欲奪譽卿俸，體仁不肯。震孟作色擲筆曰：「即削籍無害！」體仁夕揭上，而吾騶、震孟朝罷矣。譽卿擊璫有直聲，沉淪諫垣，十年不調，即是削籍。震孟有時望，入相僅三月而齟齬同官，不竟其用。
逮庶吉士鄭鄤。鄤繼母，大學士吳宗達女弟也。鄤薄於宗達，宗達嘗揭其杖母烝妾。震孟既忤體仁，體仁並恨鄭鄤，即以宗達所揭入告，下獄。
九年二月，吏部尚書謝升疏救陳子壯，不聽。先是，子壯以論宗秩事下獄。（詳崇禎治亂）
巡按蘇、松、常、鎮御史王一鶚奏薦周延儒等，以濫及廢籍，責之。
夏四月，大學士錢士升罷。初，溫體仁深結士升，其入相也，體仁凡有所為，必力推之。如用塚宰謝升、總憲唐世濟，皆體仁意，而士升成之。體仁逐文震孟，頗引士升為主，士升亦助體仁。至是，體仁並欲去士升，因福建右衛經歷吳鯤化訐奏士升弟士晉，即擬嚴旨。仍囑林焊毋泄言，欲借弟以逐其兄也。士升遂引歸。
五月，逮滋陽知縣成德，下錦衣獄。德性剛激，入前大學士文震孟之門。至是，連章攻溫體仁，凡十上，盡發其奸狀。母張氏，伺體仁輿出，輒道詬之。德移獄刑部，戍延綏。
秋七月，國子祭酒倪元璐免。元璐與同邑左庶子丁進不合，嗾誠意伯劉孔昭訐奏也。
十一月，下左都御史唐世濟於獄。世濟以邊才薦故兵部尚書霍維華。上謂維華逆案，世濟蒙蔽，下刑部獄。明年正月，霍維華戍沒。
十年春正月，常熟章從儒訐奏前禮部右侍郎錢謙益、科臣瞿式耜。疏上，溫體仁修郄，逮之下刑部獄，幾殆。謙益嘗作《故太監王安祠記》，曹化淳出王安門，憤其冤，發從儒陰謀，立枷死。謙益等尋得釋。
二月，逮巡按山西御史張孫振。初，提學僉事袁繼咸守官奉公，自書卷外無長物。孫振貪穢不職，誣奏之。貢士衛周祚等訟其冤。命並孫振逮訊。
三月，陸文聲陳「風俗之弊，皆原於士子。太倉庶吉士張溥、前臨川知縣張采，倡復社以亂天下」。命南直提學御史倪元珙核奏。元珙因極言文聲之妄。上責其蒙飾，降光祿寺錄事。溥、采為古學以相砥礪，天下靡然鄉風，不為政府所悅，故朝論必苛及之。時蘇州推官周之夔，亦訐奏溥等樹黨挾持。
夏四月，兵科給事中宋學顯，貴州道御史張盛美俱例轉湖廣、河南參議。撫寧侯朱國弼劾溫體仁，私左都御史唐世濟，逐學顯、盛美。上不聽。又劾體仁受霍維華賂，令唐世濟發端。上慰諭體仁，奪國弼侯爵，世濟亦戍邊。
六月，大學士溫體仁引疾免，賜金幣，遣行人吳本泰護歸。體仁在事，諸臣攻者無虛日。體仁與舉朝為仇，其庇私黨排異己，未嘗有跡，但因事圖之，使若發自上者，而主炳陰為所假，上竟不之疑。
八月，以薛國觀為禮部左侍郎兼東閣大學士。
十月，定東宮官屬。右諭德項煜、編修楊廷麟讓左諭德黃道周。閣臣以道周意見偏，上疏有「不如鄭鄤」之語。寢之。刑科給事中馮元飈言：「道周忠足以動聖鑒，而不能得執政之心，恐天下後世有以議閣臣之得失也。」不聽。已而道周疏劾楊嗣昌奪情，謫外。（詳崇禎治亂）
十一年八月，南京戶科給事張焜芳論前巡鹽兩淮御史史𡎊侵帑三十餘萬。命逮𡎊下刑部。先是，巡鹽御史張錫命憂去，遺課二十一萬。𡎊攝事，盡入其家。檢討楊士聰攻之，𡎊諉橐錫命。時錫命前卒，子沆奏辨，大學士錢士升擬旨罪𡎊。王應熊曰：「史太僕大有才，未易攖也。」擬上，上果不聽。至是，𡎊復奏辨，又發張焜芳朋黨狀，焜芳奪官。
十二年六月，以左懋第、袁愷、陰潤、藺剛中、范士髦為給事中，詹時雨、李近右、汪承詔、張緒論、楊四重為試監察御史，吳昌時等並各部主事。昌時首選吏部。疏上，上自手定先後，示不測。昌時謂薛國觀所為，恨之。
八月，故庶吉士鄭鄤磔於市。先是，中書舍人許曦訐奏鄤不孝瀆倫，與溫體仁疏合。法司定罪擬辟，上命加等。鄤初選庶吉士，有直諫聲，文震孟、黃道周皆與之游。當時欲借鄤以傾震孟、道周，讞駁逾重。而鄤居鄉多不法，遂罹慘禍。
十三年夏四月，巡撫江西右僉都御史解學龍，薦舉布政司都事黃道周。上以道周黨邪亂政，學龍徇私，俱逮下理，廷杖論戍。戶部主事葉廷秀請寬之，並杖削籍。監生涂仲吉上言：「黃道周通籍二十載，半居墳廬。稽古著書，一生學力，止知君親。雖言嘗過戇，而志實忠純。今喘息僅存，猶讀書不倦。此臣不為道周惜，而為皇上天下萬世惜也。昔唐太宗恨魏徵之面折，至欲殺而終不果。漢武帝惡汲黯之直諫，雖遠出而實優容。皇上欲遠法堯、舜，奈何出漢、唐主下！斷不宜以黨人輕議學行才品之臣也。」通政司格之不上，仲吉並劾通政使施邦曜遏抑言路，再救道周。上怒，下獄杖之，論戍。
六月，大學士薛國觀免。初，國觀以溫體仁援，得入閣。同官六人皆罷，獨國觀秉政至首輔，上頗向用之。至是，因擬諭失旨，下五府、九卿議處致仕。刑科給事中袁愷再疏劾之，言：「國觀納賄有據。」並及尚書傅永淳、侍郎蔡奕琛等。遂下鎮撫司訊。初，上召國觀，語及朝士婪賄。對曰：「使廠、衛得人，朝士何敢黷貨！」東廠太監王化民在側，汗出浹背。於是專偵其陰事，以及於敗。國觀既削籍，吏部尚書傅永淳、南京吏部尚書朱繼祚並免。下左副都御史葉有聲於獄，以通賄國觀也。時株連頗眾。
十二月，國觀奏辨。不聽，命入京即訊。
十四年春正月，故大學士薛國觀奏辨刑科給事中袁愷誣劾，出於禮部主事吳昌時之意。上不聽。
夏四月，召前大學士周延儒、張至發、賀逢聖入朝。至發辭不出，逢聖不久以病歸。初，延儒既罷，丹陽監生賀順、虞城侯氏，共斂金，屬太監曹化淳等營復相。至是，得召用，主事吳昌時之力居多，延儒德之。
六月，故刑部右侍郎蔡奕琛在繫上言：「去夏六月，同邑諸生倪襄，贄於庶吉士張溥之門，歸語知縣丁煌，誇溥大力，可立致人禍福，因言及臣旦夕必逮。未幾，而王陛彥果劾臣矣。一里居庶常，結黨昭權，陰握黜陟之柄，豈不異哉！」上令丁煌指證，下倪襄於獄。既而奕琛亦劾張溥，並及故禮部侍郎錢謙益。
八月辛亥，故大學士薛國觀賜死，誅中書舍人王陛彥，各籍其家。初，國觀以王陛彥通賂免官，命伺其邸，則王陛彥至，執下獄。陛彥為吳昌時甥，臨刑呼曰：「此舅氏所作，我若有言，即累名教矣。」時國觀事發於東廠，僉雲昌時實啟其機。
十二月甲子，戌黃道周、解學龍。初，刑部尚書劉澤深擬道周瘴戍，再奏不允。因上言：「道周之罪，前兩疏已嚴矣。至此，惟有論死。死生之際，臣不敢不慎也。自來論死諸臣，非封疆則貪酷，未有以建言誅者。今以此加道周，道周無封疆貪酷之失，而有建言蒙戮之名。於道周得矣，非我皇上覆載之量也。且皇上所疑者黨耳，黨者見諸行事。道周具疏空言，一二臣工，始未嘗不相與也。今且短之，繼而斥之，烏有所謂黨，而煩朝廷之大法耶！去年行刑時，忽奉旨停免。今皇上豈有積恨於道周，萬一轉圜動念，而臣已論定，噬臍何及？敢仍以原擬上。」上從之。
十五年夏四月，宥馬士英，起兵部左侍郎兼右僉都御史，提督鳳陽。士英初撫宣大，以總監王坤論罪。至是，故太常少卿阮大鋮為營救，得起用。
八月，召還黃道周，仍任少詹事。時周延儒承上眷最深，凡上怒莫能回，延儒能談言微中。先是，道周在獄，人謂必不可救。延儒以微詞解之，得減放。至是，上偶言及岳飛，事歎曰：「安得將如岳飛者而用之？」延儒曰：「岳飛自是名將。然其破金人事，史或多溢辭。即如黃道周之為人，傳之史冊，不免曰其不用也，天下惜之。」上默然。甫還宮，即傳旨復官。
十六年三月，改禮部儀制主事吳昌時為吏部文選主事，署郎中事。昌時好結納，通司禮太監王化民等，欲轉銓司。吏部尚書鄭三俊嘗以問鄉人徐石麒，答曰：「君子也。」石麒遂薦於上。蓋石麒畏昌時機深，故譽之，而三俊不知。
例轉給事中范士髦等四人，御史陳藎等六人。故事，例轉科一道二，文選主事吳昌時特廣其數，意脅臺、省，為驅除地也。
夏四月，河南道御史祀彪佳劾吳昌時紊制弄權。山東道御史徐殿臣、賀登選各疏參之。
五月，吏部尚書鄭三俊以薦吳昌時引咎罷，大學士周延儒放歸。給事中郝絅復劾吏部郎中吳昌時、禮部郎中周仲璉「竊權附勢，納賄行私。內閣票擬機密，每事先知。總之，延儒天下之罪人，而昌時、仲璉又延儒之罪人」。御史蔣拱宸、何綸交劾之。
七月乙卯，上自訊昌時於中左門，拷掠至折脛乃止。徵延儒聽勘，延儒先薦大學士王應熊，途中密語，令先抵京。上遣緹騎趨延儒入，偵知之。罷應熊，尋誅昌時，賜延儒死。初，延儒再召時，庶吉士張溥、馬世奇以公論感動之，故其所舉措，盡反前事。向之所排，更援而進之，上亦虛已以聽。溥既沒，世奇遠權勢不入都。延儒左右，皆昌時輩，以至於敗。
倪元路曰：
自神祖中葉以來，三四十年間，朝廷之局凡三變。其始天子靜攝，聽臣工群類之自戰，而不為之理，所謂鼠鬥穴中，將勇者勝耳。故其時其血玄黃，時勝時敗。其既閹寺擅權，宵人處必勝之地，正人亦戢心搏志，而甘處不勝，不敢復言戰。宵人亦不曰戰，直曰禽馘之耳。然其時正人雖嬰禍患，其心愈益喜，曰：「吾君子也。」其後魁柄已振，握照虛公，百爾臣工，皆怵然不敢窮戰，而陰制以謀。故其時氣戰者敗，謀戰者勝，謀陽者敗，謀陰者勝。凡明主所箝撻以繩貪人者，宵人皆借之以穽正人。其正人既禍敗，即無可自解，曰：「吾君子。」其宵人亦不靳歸名君子，而但使其無救於禍敗。宵人正人，皆以不敢言黨而黨愈熾，黨愈熾而國是不可問矣。究之借以朋比，斥為偽學，竄逐禁錮，殆無虛日。予以世患無真品望，不患無真經濟耳！所謂道德事功，垂之竹帛，貞之珉石，蓋概乎未有睹也。嗟乎！此後世之所以衰也。
本章完!